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- EMDB-4958: Negative stain EM 3D reconstruction of the UvrA-UvrB-DNA complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4958
タイトルNegative stain EM 3D reconstruction of the UvrA-UvrB-DNA complex.
マップデータNegative stain EM 3D reconstruction of UvrA-UvrB-DNA complex.
試料
  • 複合体: UvrA-UvrB-DNA complex.
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Swuec P / Renault L / Costa A
資金援助 ポーランド, 英国, 4件
OrganizationGrant number
European Research Council81500 and 261351 ポーランド
Medical Research Council (United Kingdom)FC001065 英国
Cancer Research UKFC001065 英国
Wellcome TrustFC001065 英国
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst) / : 2020
タイトル: A combined structural and biochemical approach reveals translocation and stalling of UvrB on the DNA lesion as a mechanism of damage verification in bacterial nucleotide excision repair.
著者: Marcin Jaciuk / Paolo Swuec / Vineet Gaur / Joanna M Kasprzak / Ludovic Renault / Mateusz Dobrychłop / Shivlee Nirwal / Janusz M Bujnicki / Alessandro Costa / Marcin Nowotny /
要旨: Nucleotide excision repair (NER) is a DNA repair pathway present in all domains of life. In bacteria, UvrA protein localizes the DNA lesion, followed by verification by UvrB helicase and excision by ...Nucleotide excision repair (NER) is a DNA repair pathway present in all domains of life. In bacteria, UvrA protein localizes the DNA lesion, followed by verification by UvrB helicase and excision by UvrC double nuclease. UvrA senses deformations and flexibility of the DNA duplex without precisely localizing the lesion in the damaged strand, an element essential for proper NER. Using a combination of techniques, we elucidate the mechanism of the damage verification step in bacterial NER. UvrA dimer recruits two UvrB molecules to its two sides. Each of the two UvrB molecules clamps a different DNA strand using its β-hairpin element. Both UvrB molecules then translocate to the lesion, and UvrA dissociates. The UvrB molecule that clamps the damaged strand gets stalled at the lesion to recruit UvrC. This mechanism allows UvrB to verify the DNA damage and identify its precise location triggering subsequent steps in the NER pathway.
履歴
登録2019年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2019年5月22日-
更新2019年12月4日-
現状2019年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4958.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain EM 3D reconstruction of UvrA-UvrB-DNA complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.73 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0285 / ムービー #1: 0.0285
最小 - 最大-0.05472279 - 0.078293614
平均 (標準偏差)-0.00041212118 (±0.005489853)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 458.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.732.732.73
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.640458.640458.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0550.078-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : UvrA-UvrB-DNA complex.

全体名称: UvrA-UvrB-DNA complex.
要素
  • 複合体: UvrA-UvrB-DNA complex.

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超分子 #1: UvrA-UvrB-DNA complex.

超分子名称: UvrA-UvrB-DNA complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 23547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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