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万見
- EMDB-4938: C.elegans NAC-ribosomal 60S complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4938
タイトルC.elegans NAC-ribosomal 60S complex
マップデータ
試料
  • 複合体: C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit
    • タンパク質・ペプチド: Nascent chain associated complex subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Nascent chain associated complex subunit beta
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Kobayashi K / Jomaa A / Ban N
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
Swiss National Science Foundation51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Early Scanning of Nascent Polypeptides inside the Ribosomal Tunnel by NAC.
著者: Martin Gamerdinger / Kan Kobayashi / Annalena Wallisch / Stefan G Kreft / Carolin Sailer / Renate Schlömer / Nadine Sachs / Ahmad Jomaa / Florian Stengel / Nenad Ban / Elke Deuerling /
要旨: Cotranslational processing of newly synthesized proteins is fundamental for correct protein maturation. Protein biogenesis factors are thought to bind nascent polypeptides not before they exit the ...Cotranslational processing of newly synthesized proteins is fundamental for correct protein maturation. Protein biogenesis factors are thought to bind nascent polypeptides not before they exit the ribosomal tunnel. Here, we identify a nascent chain recognition mechanism deep inside the ribosomal tunnel by an essential eukaryotic cytosolic chaperone. The nascent polypeptide-associated complex (NAC) inserts the N-terminal tail of its β subunit (N-βNAC) into the ribosomal tunnel to sense substrates directly upon synthesis close to the peptidyl-transferase center. N-βNAC escorts the growing polypeptide to the cytosol and relocates to an alternate binding site on the ribosomal surface. Using C. elegans as an in vivo model, we demonstrate that the tunnel-probing activity of NAC is essential for organismal viability and critical to regulate endoplasmic reticulum (ER) protein transport by controlling ribosome-Sec61 translocon interactions. Thus, eukaryotic protein maturation relies on the early sampling of nascent chains inside the ribosomal tunnel.
履歴
登録2019年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月14日-
マップ公開2019年8月14日-
更新2019年9月18日-
現状2019年9月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4938.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4938.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.048 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.131196 - 0.34256294
平均 (標準偏差)0.0028869053 (±0.023641583)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 355.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z355.840355.840355.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1310.3430.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit

全体名称: C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit
要素
  • 複合体: C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit
    • タンパク質・ペプチド: Nascent chain associated complex subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Nascent chain associated complex subunit beta

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超分子 #1: C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit

超分子名称: C.elegans NAC in complex with ribosomal 60S subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: Nascent chain associated complex subunit alpha

分子名称: Nascent chain associated complex subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTGSTETRQK EVKEPQVDVS DDSDNEAVEQ ELTEEQRRVA EAAGLGDHID KQAKQSRSEK KARKLFSKLG LKQVTGVSRV CIRKSKNILF VINKPDVFKS PGSDTYIIFG EAKIEDLTQH AQMSAIENLK PTREAPQLKT VEEDENEDVE EDSTGIEEKD IELVISQANT ...文字列:
MTGSTETRQK EVKEPQVDVS DDSDNEAVEQ ELTEEQRRVA EAAGLGDHID KQAKQSRSEK KARKLFSKLG LKQVTGVSRV CIRKSKNILF VINKPDVFKS PGSDTYIIFG EAKIEDLTQH AQMSAIENLK PTREAPQLKT VEEDENEDVE EDSTGIEEKD IELVISQANT TRNKAIRALK EADNDIVNAI MSLTM

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分子 #2: Nascent chain associated complex subunit beta

分子名称: Nascent chain associated complex subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDSKAIAERI KKLQAQQEHV RIGGKGTPRR KKKVIHKTAA ADDKKLQSNL KKLSVTNIPG IEEVNMIKDD GTVIHFNNPK VQTSVPANTF SVTGSADNKQ ITEMLPGILN QLGPESLTHL KKLANNVTKL GPDGKGEDED VPELVGDFDA ASKNETKADE Q

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43971

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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