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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4799 | |||||||||
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タイトル | B.subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex | |||||||||
マップデータ | Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lytvynenko I / Paternoga H / Thrun A / Balke A / Mueller T / Nagler K / Chiang CH / Tsaprailis G / Anders S / Maupin-Furlow JA ...Lytvynenko I / Paternoga H / Thrun A / Balke A / Mueller T / Nagler K / Chiang CH / Tsaprailis G / Anders S / Maupin-Furlow JA / Bischofs I / Spahn CMT / Joazeiro CAP | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Alanine Tails Signal Proteolysis in Bacterial Ribosome-Associated Quality Control. 著者: Iryna Lytvynenko / Helge Paternoga / Anna Thrun / Annika Balke / Tina A Müller / Christina H Chiang / Katja Nagler / George Tsaprailis / Simon Anders / Ilka Bischofs / Julie A Maupin-Furlow ...著者: Iryna Lytvynenko / Helge Paternoga / Anna Thrun / Annika Balke / Tina A Müller / Christina H Chiang / Katja Nagler / George Tsaprailis / Simon Anders / Ilka Bischofs / Julie A Maupin-Furlow / Christian M T Spahn / Claudio A P Joazeiro / 要旨: In ribosome-associated quality control (RQC), Rqc2/NEMF closely supports the E3 ligase Ltn1/listerin in promoting ubiquitylation and degradation of aberrant nascent-chains obstructing large (60S) ...In ribosome-associated quality control (RQC), Rqc2/NEMF closely supports the E3 ligase Ltn1/listerin in promoting ubiquitylation and degradation of aberrant nascent-chains obstructing large (60S) ribosomal subunits-products of ribosome stalling during translation. However, while Ltn1 is eukaryote-specific, Rqc2 homologs are also found in bacteria and archaea; whether prokaryotic Rqc2 has an RQC-related function has remained unknown. Here, we show that, as in eukaryotes, a bacterial Rqc2 homolog (RqcH) recognizes obstructed 50S subunits and promotes nascent-chain proteolysis. Unexpectedly, RqcH marks nascent-chains for degradation in a direct manner, by appending C-terminal poly-alanine tails that act as degrons recognized by the ClpXP protease. Furthermore, RqcH acts redundantly with tmRNA/ssrA and protects cells against translational and environmental stresses. Our results uncover a proteolytic-tagging mechanism with implications toward the function of related modifications in eukaryotes and suggest that RQC was already active in the last universal common ancestor (LUCA) to help cope with incomplete translation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4799.map.gz | 94.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4799-v30.xml emd-4799.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4799_fsc.xml | 12.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4799.png | 22.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4799 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4799 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex
全体 | 名称: Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex
超分子 | 名称: Bacillus subtilis 50S subunit-nascent chain-tRNA complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
組換発現 | 生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
分子量 | 理論値: 25 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |