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万見
- EMDB-4757: Subtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-ou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4757
タイトルSubtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1 state)
マップデータSubtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1 state)
試料
  • 複合体: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1 state)
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.8 Å
データ登録者Pfeffer S / Mahamid J / Albert S / Plitzko JM
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationExcellence Clusters CIPSM ドイツ
German Research FoundationSFB 1035 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2019
タイトル: A cryo-FIB lift-out technique enables molecular-resolution cryo-ET within native Caenorhabditis elegans tissue.
著者: Miroslava Schaffer / Stefan Pfeffer / Julia Mahamid / Stephan Kleindiek / Tim Laugks / Sahradha Albert / Benjamin D Engel / Andreas Rummel / Andrew J Smith / Wolfgang Baumeister / Juergen M Plitzko /
要旨: Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows ...Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows access to native structures deep inside cells, enabling structural studies of macromolecules in situ. However, this approach has been mainly limited to individual cells that can be completely vitrified by plunge-freezing. Here, we describe a preparation method that is based on the targeted extraction of material from high-pressure-frozen bulk specimens with a cryo-gripper tool. This lift-out technique enables cryo-electron tomography to be performed on multicellular organisms and tissue, extending the range of applications for in situ structural biology. We demonstrate the potential of the lift-out technique with a structural study of cytosolic 80S ribosomes in a Caenorhabditis elegans worm. The preparation quality allowed for subtomogram analysis with sufficient resolution to distinguish individual ribosomal translocation states and revealed significant cell-to-cell variation in ribosome structure.
履歴
登録2019年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2020年1月22日-
現状2020年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1 state)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-0.42414463 - 1.1281656
平均 (標準偏差)0.017515251 (±0.15866923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 437.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.760437.760437.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.4241.1280.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-...

全体名称: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1 state)
要素
  • 複合体: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1 state)

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超分子 #1: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-...

超分子名称: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1 state)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細: The sample was high pressure frozen in a BAL-TEC HPM 100 high-pressure freezer..
詳細Adult C. elegans worms.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 13688 / ソフトウェア: (名称: IMOD, PyTom)
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 4895

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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