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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4756 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1-pre state) | |||||||||
マップデータ | Subtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1-pre state) | |||||||||
試料 |
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生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeffer S / Mahamid J / Albert S / Plitzko JM | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2019 タイトル: A cryo-FIB lift-out technique enables molecular-resolution cryo-ET within native Caenorhabditis elegans tissue. 著者: Miroslava Schaffer / Stefan Pfeffer / Julia Mahamid / Stephan Kleindiek / Tim Laugks / Sahradha Albert / Benjamin D Engel / Andreas Rummel / Andrew J Smith / Wolfgang Baumeister / Juergen M Plitzko / 要旨: Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows ...Cryo-focused ion beam milling of frozen-hydrated cells has recently provided unprecedented insights into the inner space of cells. In combination with cryo-electron tomography, this method allows access to native structures deep inside cells, enabling structural studies of macromolecules in situ. However, this approach has been mainly limited to individual cells that can be completely vitrified by plunge-freezing. Here, we describe a preparation method that is based on the targeted extraction of material from high-pressure-frozen bulk specimens with a cryo-gripper tool. This lift-out technique enables cryo-electron tomography to be performed on multicellular organisms and tissue, extending the range of applications for in situ structural biology. We demonstrate the potential of the lift-out technique with a structural study of cytosolic 80S ribosomes in a Caenorhabditis elegans worm. The preparation quality allowed for subtomogram analysis with sufficient resolution to distinguish individual ribosomal translocation states and revealed significant cell-to-cell variation in ribosome structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4756.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4756-v30.xml emd-4756.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4756.png | 79.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4756 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of cytosolic ribosomes after cryo-FIB lift-out (p1-pre state) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-...
全体 | 名称: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1-pre state) |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-...
超分子 | 名称: Cytosolic ribosome in the native cellular environment after cryo-FIB lift-out from C. elegans (p1-pre state) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.3 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN 詳細: The sample was high pressure frozen in a BAL-TEC HPM 100 high-pressure freezer.. |
詳細 | Adult C. elegans worms. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
抽出 | トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 13688 / ソフトウェア: (名称: IMOD, PyTom) |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 2862 |