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- EMDB-4728: Cryo-EM structure of a poly(A) RNP bound to the Pan2-Pan3 deadenylase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4728
タイトルCryo-EM structure of a poly(A) RNP bound to the Pan2-Pan3 deadenylase
マップデータin publication (see figure S4): Map1, "full/complete map"
試料
  • 複合体: Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA
    • 複合体: Pan2-Pan3
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
    • 複合体: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
      • タンパク質・ペプチド: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: poly(A) RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ribonuclease inhibitor activity / PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / poly(U) RNA binding / regulation of translational initiation ...regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / ribonuclease inhibitor activity / PAN complex / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / poly(A) binding / postreplication repair / poly(U) RNA binding / regulation of translational initiation / Translation initiation complex formation / intracellular non-membrane-bounded organelle / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA transport / molecular condensate scaffold activity / mRNA 3'-UTR binding / promoter-specific chromatin binding / P-body / 転写後修飾 / cytoplasmic stress granule / nucleic acid binding / リボソーム / protein kinase activity / ribonucleoprotein complex / DNA修復 / mRNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / : / PABP, RNA recognition motif 2 ...PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / Pan3 pseudokinase domain / Pan3 Pseudokinase domain / PAN2, UCH domain / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2 / : / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / PAN2 N-terminal / : / PABP, RNA recognition motif 2 / Polyadenylate binding protein, human types 1, 2, 3, 4 / Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein / Poly-adenylate binding protein, unique domain / Poly(A)-binding protein C-terminal (PABC) domain profile. / C-terminal domain of Poly(A)-binding protein. Present also in Drosophila hyperplastics discs protein. / PABC (PABP) domain / エキソヌクレアーゼ / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA認識モチーフ / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear / PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Schaefer IB / Conti E
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Molecular Basis for poly(A) RNP Architecture and Recognition by the Pan2-Pan3 Deadenylase.
著者: Ingmar B Schäfer / Masami Yamashita / Jan Michael Schuller / Steffen Schüssler / Peter Reichelt / Mike Strauss / Elena Conti /
要旨: The stability of eukaryotic mRNAs is dependent on a ribonucleoprotein (RNP) complex of poly(A)-binding proteins (PABPC1/Pab1) organized on the poly(A) tail. This poly(A) RNP not only protects mRNAs ...The stability of eukaryotic mRNAs is dependent on a ribonucleoprotein (RNP) complex of poly(A)-binding proteins (PABPC1/Pab1) organized on the poly(A) tail. This poly(A) RNP not only protects mRNAs from premature degradation but also stimulates the Pan2-Pan3 deadenylase complex to catalyze the first step of poly(A) tail shortening. We reconstituted this process in vitro using recombinant proteins and show that Pan2-Pan3 associates with and degrades poly(A) RNPs containing two or more Pab1 molecules. The cryo-EM structure of Pan2-Pan3 in complex with a poly(A) RNP composed of 90 adenosines and three Pab1 protomers shows how the oligomerization interfaces of Pab1 are recognized by conserved features of the deadenylase and thread the poly(A) RNA substrate into the nuclease active site. The structure reveals the basis for the periodic repeating architecture at the 3' end of cytoplasmic mRNAs. This illustrates mechanistically how RNA-bound Pab1 oligomers act as rulers for poly(A) tail length over the mRNAs' lifetime.
履歴
登録2019年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月29日-
マップ公開2019年5月29日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r5k
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈in publication (see figure S4): Map1, "full/complete map"
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.056 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.012846572 - 0.051474016
平均 (標準偏差)0.00014905825 (±0.0026519466)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 304.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0561.0561.056
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.128304.128304.128
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0130.0510.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4728_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: in publication (see figure S4): Map3, "map focused...

ファイルemd_4728_additional_1.map
注釈in publication (see figure S4): Map3, "map focused on RNase/RRM1 - RRM2 interaction"
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: in publication (see figure S4): Map2, "map focused...

ファイルemd_4728_additional_2.map
注釈in publication (see figure S4): Map2, "map focused on recognition of Pab1 - Pab1 oligomerisation"
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: independent halfmap 1 used for postprocessing of Map1

ファイルemd_4728_half_map_1.map
注釈independent halfmap_1 used for postprocessing of Map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: independent halfmap 2 used for postprocessing of Map1

ファイルemd_4728_half_map_2.map
注釈independent halfmap_2 used for postprocessing of Map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA

全体名称: Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA
要素
  • 複合体: Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA
    • 複合体: Pan2-Pan3
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
      • タンパク質・ペプチド: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3
    • 複合体: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
      • タンパク質・ペプチド: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: poly(A) RNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA

超分子名称: Ternary Complex of Pan2-Pan3, Pab1 and poly(A) RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量理論値: 498 KDa

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超分子 #2: Pan2-Pan3

超分子名称: Pan2-Pan3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear

超分子名称: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #4: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2

分子名称: PAN2-PAN3 deadenylation complex catalytic subunit PAN2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: poly(A)-specific ribonuclease
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 127.186602 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNNWQHFFNN PVDLSEHLKK PYFRFDNRDK EITAISFDEK ANLIWSGDSY GCISSYDPTF QLYTRYRGHI GGNSVKDILS HRDGILSIS EDSLHFANRR GVTKLNLTSI DIAAFSELNT MCYSPHSLKN NIYCGGDNTN WGIASIDLNR GCLDSLLNYS S KVKLMCSN ...文字列:
MNNWQHFFNN PVDLSEHLKK PYFRFDNRDK EITAISFDEK ANLIWSGDSY GCISSYDPTF QLYTRYRGHI GGNSVKDILS HRDGILSIS EDSLHFANRR GVTKLNLTSI DIAAFSELNT MCYSPHSLKN NIYCGGDNTN WGIASIDLNR GCLDSLLNYS S KVKLMCSN NKVLSIGRQT GTVDLLDPTS NRTIKSFNAH SASISAMDLR DNTLVTVGKS KRFYNLYADP FVNVYDLRTM RQ LPPVSFS KGTTMGSGGA DFVQLHPLLP TVMIVASSSG SFDFIDLSNP TLRTQYVHPC QSIKKLCLSP NGDVLGILEA DNH LDTWRR SSNNMGMFTN TPEMLAYPDY FNDITSDGPI SVDDETYPLS SVGMPYYLDK LLSAWPPVVF KSEGTIPQLT GKSP LPSSG KLKSNLAVIS SQNEKLSTQE FPLLRYDRTK YGMRNAIPDY VCLRDIRKQI TSGLETSDIQ TYTSINKYEV PPAYS RLPL TSGRFGTDNF DFTPFNNTEY SGLDPDVDNH YTNAIIQLYR FIPEMFNFVV GCLKDENFET TLLTDLGYLF DMMERS HGK ICSSSNFQAS LKSLTDKRQL ENGEPQEHLE EYLESLCIRE SIEDFNSSES IKRNMPQKFN RFLLSQLIKE EAQTVNH NI TLNQCFGLET EIRTECSCDH YDTTVKLLPS LSISGINKTV IKQLNKKSNG QNILPYIEYA MKNVTQKNSI CPTCGKTE T ITQECTVKNL PSVLSLELSL LDTEFSNIRS SKNWLTSEFY GSIIKNKAVL RSTASELKGT SHIFKYELNG YVAKITDNN NETRLVTYVK KYNPKENCFK WLMFNDYLVV EITEEEALKM TYPWKTPEII IYCDAEELRK PFFSVDTYSI NYDILFRDYF ANGIRDTAR REYKLLTHDE APKSGTLVAI DAEFVSLQSE LCEIDHQGIR SIIRPKRTAL ARISIIRGEE GELYGVPFVD D YVVNTNHI EDYLTRYSGI LPGDLDPEKS TKRLVRRNVV YRKVWLLMQL GCVFVGHGLN NDFKHININV PRNQIRDTAI YF LQGKRYL SLRYLAYVLL GMNIQEGNHD SIEDAHTALI LYKKYLHLKE KAIFEKVLNS VYEEGRAHNF KVPETSKG

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分子 #2: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear

分子名称: Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 64.778363 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPDSMADITD KTAEQLENLN IQDDQKQAAT GSESQSVENS SASLYVGDLE PSVSEAHLYD IFSPIGSVSS IRVCRDAITK TSLGYAYVN FNDHEAGRKA IEQLNYTPIK GRLCRIMWSQ RDPSLRKKGS GNIFIKNLHP DIDNKALYDT FSVFGDILSS K IATDENGK ...文字列:
GPDSMADITD KTAEQLENLN IQDDQKQAAT GSESQSVENS SASLYVGDLE PSVSEAHLYD IFSPIGSVSS IRVCRDAITK TSLGYAYVN FNDHEAGRKA IEQLNYTPIK GRLCRIMWSQ RDPSLRKKGS GNIFIKNLHP DIDNKALYDT FSVFGDILSS K IATDENGK SKGFGFVHFE EEGAAKEAID ALNGMLLNGQ EIYVAPHLSR KERDSQLEET KAHYTNLYVK NINSETTDEQ FQ ELFAKFG PIVSASLEKD ADGKLKGFGF VNYEKHEDAV KAVEALNDSE LNGEKLYVGR AQKKNERMHV LKKQYEAYRL EKM AKYQGV NLFVKNLDDS VDDEKLEEEF APYGTITSAK VMRTENGKSK GFGFVCFSTP EEATKAITEK NQQIVAGKPL YVAI AQRKD VRRSQLAQQI QARNQMRYQQ ATAAAAAAAA GMPGQFMPPM FYGVMPPRGV PFNGPNPQQM NPMGGMPKNG MPPQF RNGP VYGVPPQGGF PRNANDNNQF YQQKQRQALG EQLYKKVSAK TSNEEAAGKI TGMILDLPPQ EVFPLLESDE LFEQHY KEA SAAYESFKKE QEQQTEQA

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分子 #4: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3

分子名称: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 53.218609 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHSLLQYHIS LYAPEQPSSL KSLLKPNERS ADQLFIPNNI REDLTKKNLS ILQVFPSSGK VIPSIVQDYF NLVPLNFNNN DFLNKTTLF KVFSNYDGKA YVLKRLPNID KSMNPNKISK IYQIWSKINC TNLIKFRDIF QTTKFGNLSI CLVFDYYPNS L SLYDYHFV ...文字列:
MHSLLQYHIS LYAPEQPSSL KSLLKPNERS ADQLFIPNNI REDLTKKNLS ILQVFPSSGK VIPSIVQDYF NLVPLNFNNN DFLNKTTLF KVFSNYDGKA YVLKRLPNID KSMNPNKISK IYQIWSKINC TNLIKFRDIF QTTKFGNLSI CLVFDYYPNS L SLYDYHFV NFPKFPITNN YLWIYLVQLT NVINSIHSQN LSIGNTLNWR KVLITGDPGR IKLSHCNFMD LLFNDDTDTV VS SGGSTIE GQQQLDYKYL GELLFNLSIN IENSNNNTAP KEYRLEEITP QSIDDMRQID DKFKDVLKYL ISDNGDSKKS IHD LTSHFY DKMFMVLESS QTYTEYMESV LSRELENGRL FRLVNKLNCI FGRIESRIDI NWSESGTKFP IILFYDYVFH QVDS NGKPI MDLTHVLRCL NKLDAGIQEK LMLVTPDELN CIIISYKQLK DLIESTFRSI TQA

+
分子 #5: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3

分子名称: PAN2-PAN3 deadenylation complex subunit PAN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 77.906688 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDKINPDWAK DIPCRNITIY GYCKKEKEGC PFKHSDNTTA TTINDVPPPI DVGEATTPTM TSVPKFNAKV SASFTPMTVG SDSLTTVTN TTSAATNATG NIAMAATSAT ASTVNPMINP IVNSSLVNNN NNNSNISISI PTTASSSNYD PFNAPIFTPS S TSSIHTNA ...文字列:
MDKINPDWAK DIPCRNITIY GYCKKEKEGC PFKHSDNTTA TTINDVPPPI DVGEATTPTM TSVPKFNAKV SASFTPMTVG SDSLTTVTN TTSAATNATG NIAMAATSAT ASTVNPMINP IVNSSLVNNN NNNSNISISI PTTASSSNYD PFNAPIFTPS S TSSIHTNA NAHSFPFPSI ANSGGININA TDDNSNNMSM ANNVPPPMQP PPIESSNLKY PRIYPPPHSL LQYHLYAPEQ PS SLKSLLK PNERSADQLF IPNNIREDLT KKNLSILQVF PSSGKVIPSI VQDYFNLVPL NFNNNDFLNK TTLFKVFSNY DGK AYVLKR LPNIDKSMNP NKISKIYQIW SKINCTNLIK FRDIFQTTKF GDLSICLVFD YYPNSLSLYD YHFVNFPKFP ITNN YLWIY LVQLTNVINS IHSQNLSIGN TLNWRKVLIT GDPGRIKLSH CNFMDLLFND DTDTVVSSGG STIEGQQQLD YKYLG ELLF NLSINIENSN NNTAPKEYRL EEITPQSIDD MRQIDDKFKD VLKYLISDNG DSKKSIHDLT SHFYDKMFMV LESSQT YTE YMESVLSREL ENGRLFRLVN KLNCIFGRIE SRIDINWSES GTKFPIILFY DYVFHQVDSN GKPIMDLTHV LRCLNKL DA GIQEKLMLVT PDELNCIIIS YKELKDLIES TFRSITQHHH HHHHHHH

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分子 #3: poly(A) RNA

分子名称: poly(A) RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 29.583547 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA A

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 気圧: 0.022 kPa
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6463 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2141230
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: prepared using sxviper (Penczek et al., 1994)
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-1)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 30000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0-beta-1) / 使用した粒子像数: 29165

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 45.7
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6r5k:
Cryo-EM structure of a poly(A) RNP bound to the Pan2-Pan3 deadenylase

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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