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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4711 | |||||||||
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タイトル | Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 4 | |||||||||
マップデータ | LSD/NPAC(214-225)/nucleosome: class 4 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.23 Å | |||||||||
データ登録者 | Marabelli C / Pilotto S / Chittori S / Subramaniam S / Mattevi A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019 タイトル: A Tail-Based Mechanism Drives Nucleosome Demethylation by the LSD2/NPAC Multimeric Complex. 著者: Chiara Marabelli / Biagina Marrocco / Simona Pilotto / Sagar Chittori / Sarah Picaud / Sara Marchese / Giuseppe Ciossani / Federico Forneris / Panagis Filippakopoulos / Guy Schoehn / Daniela ...著者: Chiara Marabelli / Biagina Marrocco / Simona Pilotto / Sagar Chittori / Sarah Picaud / Sara Marchese / Giuseppe Ciossani / Federico Forneris / Panagis Filippakopoulos / Guy Schoehn / Daniela Rhodes / Sriram Subramaniam / Andrea Mattevi / 要旨: LSD1 and LSD2 are homologous histone demethylases with opposite biological outcomes related to chromatin silencing and transcription elongation, respectively. Unlike LSD1, LSD2 nucleosome-demethylase ...LSD1 and LSD2 are homologous histone demethylases with opposite biological outcomes related to chromatin silencing and transcription elongation, respectively. Unlike LSD1, LSD2 nucleosome-demethylase activity relies on a specific linker peptide from the multidomain protein NPAC. We used single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM), in combination with kinetic and mutational analysis, to analyze the mechanisms underlying the function of the human LSD2/NPAC-linker/nucleosome complex. Weak interactions between LSD2 and DNA enable multiple binding modes for the association of the demethylase to the nucleosome. The demethylase thereby captures mono- and dimethyl Lys4 of the H3 tail to afford histone demethylation. Our studies also establish that the dehydrogenase domain of NPAC serves as a catalytically inert oligomerization module. While LSD1/CoREST forms a nucleosome docking platform at silenced gene promoters, LSD2/NPAC is a multifunctional enzyme complex with flexible linkers, tailored for rapid chromatin modification, in conjunction with the advance of the RNA polymerase on actively transcribed genes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4711.map.gz | 61.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4711-v30.xml emd-4711.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4711.png | 119.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4711 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4711 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | LSD/NPAC(214-225)/nucleosome: class 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome
全体 | 名称: LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome
超分子 | 名称: LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Xenopus laevis histones recombinantly expressed. Alkylated K4C-C110A H3. 601 Widom DNA sequence. Human LSD2 Human NPAC |
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由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
分子量 | 実験値: 290 KDa |
-分子 #1: LSD2
分子 | 名称: LSD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: PLGSRKCEKA GCTATCPVCF ASASERCAKN GYTSRWYHLS CGEHFCNECF DHYYRSHKDG YDKYTTWKKI WTSNGKTEPS PKAFMADQQ LPYWVQCTKP ECRKWRQLTK EIQLTPQIAK TYRCGMKPNT AIKPETSDHC SLPEDLRVLE VSNHWWYSML I LPPLLKDS ...文字列: PLGSRKCEKA GCTATCPVCF ASASERCAKN GYTSRWYHLS CGEHFCNECF DHYYRSHKDG YDKYTTWKKI WTSNGKTEPS PKAFMADQQ LPYWVQCTKP ECRKWRQLTK EIQLTPQIAK TYRCGMKPNT AIKPETSDHC SLPEDLRVLE VSNHWWYSML I LPPLLKDS VAAPLLSAYY PDCVGMSPSC TSTNRAAATG NASPGKLEHS KAALSVHVPG MNRYFQPFYQ PNECGKALCV RP DVMELDE LYEFPEYSRD PTMYLALRNL ILALWYTNCK EALTPQKCIP HIIVRGLVRI RCVQEVERIL YFMTRKGLIN TGV LSVGAD QYLLPKDYHN KSVIIIGAGP AGLAAARQLH NFGIKVTVLE AKDRIGGRVW DDKSFKGVTV GRGAQIVNGC INNP VALMC EQLGISMHKF GERCDLIQEG GRITDPTIDK RMDFHFNALL DVVSEWRKDK TQLQDVPLGE KIEEIYKAFI KESGI QFSE LEGQVLQFHL SNLEYACGSN LHQVSARSWD HNEFFAQFAG DHTLLTPGYS VIIEKLAEGL DIQLKSPVQC IDYSGD EVQ VTTTDGTGYS AQKVLVTVPL ALLQKGAIQF NPPLSEKKMK AINSLGAGII EKIALQFPYR FWDSKVQGAD FFGHVPP SA SKRGLFAVFY DMDPQKKHSV LMSVIAGEAV ASVRTLDDKQ VLQQCMATLR ELFKEQEVPD PTKYFVTRWS TDPWIQMA Y SFVKTGGSGE AYDIIAEDIQ GTVFFAGEAT NRHFPQTVTG AYLSGVREAS KIAAF |
-分子 #2: NPAC
分子 | 名称: NPAC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DPHFHHFLLS QT |
-分子 #3: H3
分子 | 名称: H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA |
-分子 #4: H4
分子 | 名称: H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRD AVTYTEHAKR KTVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG |
-分子 #5: H2A
分子 | 名称: H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAVR NDEELNKLLG GVTIAQGGVL PNIQSVLLPK K TESAKSAK SK |
-分子 #6: H2B
分子 | 名称: H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.87 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE | |||||||||
詳細 | LSD2/NPAC(214-225)/nucleosome was monodisperse (gel filtration peak isolation and concentration in buffer described. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 0.00305 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0007 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2078 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 490558 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 13798 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |