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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4698 | |||||||||
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タイトル | Mouse apoferritin from data collected at liquid helium temperatureフェリチン | |||||||||
マップデータ | Mouse apoferritin from data collected at liquid helium temperatureフェリチン | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfeil-Gardiner O / Mills DJ / Vonck J / Kuehlbrandt W | |||||||||
引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019 タイトル: A comparative study of single-particle cryo-EM with liquid-nitrogen and liquid-helium cooling. 著者: Olivia Pfeil-Gardiner / Deryck J Mills / Janet Vonck / Werner Kuehlbrandt / 要旨: Radiation damage is the most fundamental limitation for achieving high resolution in electron cryo-microscopy (cryo-EM) of biological samples. The effects of radiation damage are reduced by liquid- ...Radiation damage is the most fundamental limitation for achieving high resolution in electron cryo-microscopy (cryo-EM) of biological samples. The effects of radiation damage are reduced by liquid-helium cooling, although the use of liquid helium is more challenging than that of liquid nitrogen. To date, the benefits of liquid-nitrogen and liquid-helium cooling for single-particle cryo-EM have not been compared quantitatively. With recent technical and computational advances in cryo-EM image recording and processing, such a comparison now seems timely. This study aims to evaluate the relative merits of liquid-helium cooling in present-day single-particle analysis, taking advantage of direct electron detectors. Two data sets for recombinant mouse heavy-chain apoferritin cooled with liquid-nitrogen or liquid-helium to 85 or 17 K were collected, processed and compared. No improvement in terms of resolution or Coulomb potential map quality was found for liquid-helium cooling. Interestingly, beam-induced motion was found to be significantly higher with liquid-helium cooling, especially within the most valuable first few frames of an exposure, thus counteracting any potential benefit of better cryoprotection that liquid-helium cooling may offer for single-particle cryo-EM. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4698.map.gz | 19.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4698-v30.xml emd-4698.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4698_fsc.xml | 6.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4698.png | 219.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4698 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mouse apoferritin from data collected at liquid helium temperature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : apoferritin
全体 | 名称: apoferritinフェリチン |
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要素 |
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-超分子 #1: apoferritin
超分子 | 名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.7 µm / 倍率(補正後): 44642 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.2 mm / 倍率(公称値): 30000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: HELIUM |
温度 | 最低: 17.0 K / 最高: 17.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 233 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |