[日本語] English
万見
- EMDB-4598: Rhodopsin-Gi protein complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4598
タイトルRhodopsin-Gi protein complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein alpha subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein beta/gamma subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
    • 複合体: antibody FAB fragment Fab16
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment heavy chain
    • 複合体: Rhodopsinロドプシン
      • タンパク質・ペプチド: Rhodopsinロドプシン
  • リガンド: RETINALレチナール
機能・相同性
機能・相同性情報


Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod photoreceptor outer segment / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / podosome assembly / Olfactory Signaling Pathway / absorption of visible light / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / rod photoreceptor outer segment / rod bipolar cell differentiation / sperm head plasma membrane / podosome assembly / Olfactory Signaling Pathway / absorption of visible light / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / opsin binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / G protein-coupled photoreceptor activity / photoreceptor inner segment membrane / rhodopsin mediated signaling pathway / 11-cis retinal binding / eye photoreceptor cell development / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / detection of temperature stimulus involved in thermoception / outer membrane / arrestin family protein binding / photoreceptor cell maintenance / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / response to light stimulus / phototransduction / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / G-protein alpha-subunit binding / regulation of cAMP-mediated signaling / D2 dopamine receptor binding / G protein-coupled serotonin receptor binding / regulation of mitotic spindle organization / cellular response to forskolin / sperm midpiece / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 視覚 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein localization / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / response to peptide hormone / microtubule cytoskeleton organization / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / sensory perception of taste / GPER1 signaling / GDP binding / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / cell-cell junction / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / 遺伝子発現 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / 細胞皮質 / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / cell population proliferation
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit ...Rhodopsin, N-terminal / Amino terminal of the G-protein receptor rhodopsin / ロドプシン / Opsin / Visual pigments (opsins) retinal binding site / Visual pigments (opsins) retinal binding site. / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1 / ロドプシン / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Bovine (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å
データ登録者Tsai C-J / Marino J / Adaixo RJ / Pamula F / Muehle J / Maeda S / Flock T / Taylor NMI / Mohammed I / Matile H ...Tsai C-J / Marino J / Adaixo RJ / Pamula F / Muehle J / Maeda S / Flock T / Taylor NMI / Mohammed I / Matile H / Dawson RJP / Deupi X / Stahlberg H / Schertler GFX
資金援助 スイス, 5件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030_153145 スイス
Swiss National Science Foundation160805 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_173335 スイス
Swiss National Science FoundationNCCR TransCure スイス
Swiss Nanoscience InstituteA13.12 NanoGhip スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the rhodopsin-Gαi-βγ complex reveals binding of the rhodopsin C-terminal tail to the gβ subunit.
著者: Ching-Ju Tsai / Jacopo Marino / Ricardo Adaixo / Filip Pamula / Jonas Muehle / Shoji Maeda / Tilman Flock / Nicholas Mi Taylor / Inayatulla Mohammed / Hugues Matile / Roger Jp Dawson / Xavier ...著者: Ching-Ju Tsai / Jacopo Marino / Ricardo Adaixo / Filip Pamula / Jonas Muehle / Shoji Maeda / Tilman Flock / Nicholas Mi Taylor / Inayatulla Mohammed / Hugues Matile / Roger Jp Dawson / Xavier Deupi / Henning Stahlberg / Gebhard Schertler /
要旨: One of the largest membrane protein families in eukaryotes are G protein-coupled receptors (GPCRs). GPCRs modulate cell physiology by activating diverse intracellular transducers, prominently ...One of the largest membrane protein families in eukaryotes are G protein-coupled receptors (GPCRs). GPCRs modulate cell physiology by activating diverse intracellular transducers, prominently heterotrimeric G proteins. The recent surge in structural data has expanded our understanding of GPCR-mediated signal transduction. However, many aspects, including the existence of transient interactions, remain elusive. We present the cryo-EM structure of the light-sensitive GPCR rhodopsin in complex with heterotrimeric Gi. Our density map reveals the receptor C-terminal tail bound to the Gβ subunit of the G protein, providing a structural foundation for the role of the C-terminal tail in GPCR signaling, and of Gβ as scaffold for recruiting Gα subunits and G protein-receptor kinases. By comparing available complexes, we found a small set of common anchoring points that are G protein-subtype specific. Taken together, our structure and analysis provide new structural basis for the molecular events of the GPCR signaling pathway.
履歴
登録2019年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月6日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qno
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4598.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4598.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.050998867 - 0.12045996
平均 (標準偏差)0.00039033938 (±0.0034118635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 280.54 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z338338338
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.540280.540280.540
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS338338338
D min/max/mean-0.0510.1200.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16

全体名称: Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16
要素
  • 複合体: Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein alpha subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein beta/gamma subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
    • 複合体: antibody FAB fragment Fab16
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment light chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab antibody fragment heavy chain
    • 複合体: Rhodopsinロドプシン
      • タンパク質・ペプチド: Rhodopsinロドプシン
  • リガンド: RETINALレチナール

+
超分子 #1: Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16

超分子名称: Rhodopsin-Gi complex bound with antibody fragment Fab16
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量実験値: 170 KDa

+
超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein alpha subunit

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein alpha subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

+
超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein beta/gamma subunit

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein beta/gamma subunit
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #4: antibody FAB fragment Fab16

超分子名称: antibody FAB fragment Fab16 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: hybrid (その他)

+
超分子 #5: Rhodopsin

超分子名称: Rhodopsin / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.182078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MKKHHHHHHH HHHENLYFQG GSMGCTLSAE DKAAVERSKM IDRNLREDGE KAAREVKLLL LGAGESGKST IVKQMKIIHE AGYSEEECK QYKAVVYSNT IQSIIAIIRA MGRLKIDFGD SARADDARQL FVLAGAAEEG FMTAELAGVI KRLWKDSGVQ A CFNRSREY ...文字列:
MKKHHHHHHH HHHENLYFQG GSMGCTLSAE DKAAVERSKM IDRNLREDGE KAAREVKLLL LGAGESGKST IVKQMKIIHE AGYSEEECK QYKAVVYSNT IQSIIAIIRA MGRLKIDFGD SARADDARQL FVLAGAAEEG FMTAELAGVI KRLWKDSGVQ A CFNRSREY QLNDSAAYYL NDLDRIAQPN YIPTQQDVLR TRVKTTGIVE THFTFKDLHF KMFDVGGQRS ERKKWIHCFE GV TAIIFCV ALSDYDLVLA EDEEMNRMHE SMKLFDSICN NKWFTDTSII LFLNKKDLFE EKIKKSPLTI CYPEYAGSNT YEE AAAYIQ CQFEDLNKRK DTKEIYTHFT CATDTKNVQF VFDAVTDVII KNNLKDCGLF

+
分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 37.41693 KDa
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

+
分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(T) subunit gamma-T1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 8.556918 KDa
配列文字列:
MPVINIEDLT EKDKLKMEVD QLKKEVTLER MLVSKCCEEF RDYVEERSGE DPLVKGIPED KNPFKELKGG CVIS

+
分子 #4: Fab antibody fragment light chain

分子名称: Fab antibody fragment light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.309551 KDa
組換発現生物種: hybrid (その他)
配列文字列: MRCLAEFLGL LVLWIPGAIG DIVMTQATSS VPVTPGESVS ISCRSSKSLL HSNGNTYLYW FLQRPGQSPQ LLIYRMSNLA SGVPDRFSG SGSGTAFTLT ISRLEAEDVG VYYCMQHLEY PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC F LNNFYPKD ...文字列:
MRCLAEFLGL LVLWIPGAIG DIVMTQATSS VPVTPGESVS ISCRSSKSLL HSNGNTYLYW FLQRPGQSPQ LLIYRMSNLA SGVPDRFSG SGSGTAFTLT ISRLEAEDVG VYYCMQHLEY PLTFGAGTKL ELKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC F LNNFYPKD INVKWKIDGS ERQNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE C

+
分子 #5: Fab antibody fragment heavy chain

分子名称: Fab antibody fragment heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.558902 KDa
組換発現生物種: hybrid (その他)
配列文字列: MDSRLNLVFL VLTLKGVQCD VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SAKTTPPSVY PLAPGCGDTT G SSVTLGCL ...文字列:
MDSRLNLVFL VLTLKGVQCD VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS SAKTTPPSVY PLAPGCGDTT G SSVTLGCL VKGYFPESVT VTWNSGSLSS SVHTFPALLQ SGLYTMSSSV TVPSSTWPSQ TVTCSVAHPA SSTTVDKKLE PS GPISTIN PC

+
分子 #6: Rhodopsin

分子名称: Rhodopsin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: mutant N2C/M257Y/D282C / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: retina
分子量理論値: 39.040527 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCGTEGPNFY VPFSNKTGVV RSPFEAPQYY LAEPWQFSML AAYMFLLIML GFPINFLTLY VTVQHKKLRT PLNYILLNLA VADLFMVFG GFTTTLYTSL HGYFVFGPTG CNLEGFFATL GGEIALWSLV VLAIERYVVV CKPMSNFRFG ENHAIMGVAF T WVMALACA ...文字列:
MCGTEGPNFY VPFSNKTGVV RSPFEAPQYY LAEPWQFSML AAYMFLLIML GFPINFLTLY VTVQHKKLRT PLNYILLNLA VADLFMVFG GFTTTLYTSL HGYFVFGPTG CNLEGFFATL GGEIALWSLV VLAIERYVVV CKPMSNFRFG ENHAIMGVAF T WVMALACA APPLVGWSRY IPEGMQCSCG IDYYTPHEET NNESFVIYMF VVHFIIPLIV IFFCYGQLVF TVKEAAAQQQ ES ATTQKAE KEVTRMVIIY VIAFLICWLP YAGVAFYIFT HQGSCFGPIF MTIPAFFAKT SAVYNPVIYI MMNKQFRNCM VTT LCCGKN PLGDDEASTT VSKTETSQVA PA

+
分子 #8: RETINAL

分子名称: RETINAL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: RET
分子量理論値: 284.436 Da
Chemical component information

ChemComp-RET:
RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium choloride

詳細: The detergent lauryl-maltose neopentyl glycol (LMNG) was used before the last purification step by gel filtration. In the gel filtration, detergent-free buffer was used.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The sample was monodisperse.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 15.0 µm / 倍率（補正後）: 165000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 15.0 µm / 倍率（公称値）: 165000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 93.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3200 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 580000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cryosparc v1 Ab Initio
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 115000
詳細super resolution mode

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6fuf

,

1got

,

6qnk

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6qno:
Rhodopsin-Gi protein complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る