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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4581 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of inner kinetochore CCAN complex with mask1 | ||||||||||||
マップデータ | Map of CCAN with mask1 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly ...negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / spindle pole body / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / meiotic cell cycle / chromosome segregation / 動原体 / 細胞分裂 / structural molecule activity / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan K / Yang J / Zhang Z / McLaughlin SH / Chang L / Fasci D / Heck AJR / Barford D | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure of the inner kinetochore CCAN complex assembled onto a centromeric nucleosome. 著者: Kaige Yan / Jing Yang / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Leifu Chang / Domenico Fasci / Ann E Ehrenhofer-Murray / Albert J R Heck / David Barford / 要旨: In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized ...In eukaryotes, accurate chromosome segregation in mitosis and meiosis maintains genome stability and prevents aneuploidy. Kinetochores are large protein complexes that, by assembling onto specialized Cenp-A nucleosomes, function to connect centromeric chromatin to microtubules of the mitotic spindle. Whereas the centromeres of vertebrate chromosomes comprise millions of DNA base pairs and attach to multiple microtubules, the simple point centromeres of budding yeast are connected to individual microtubules. All 16 budding yeast chromosomes assemble complete kinetochores using a single Cenp-A nucleosome (Cenp-A), each of which is perfectly centred on its cognate centromere. The inner and outer kinetochore modules are responsible for interacting with centromeric chromatin and microtubules, respectively. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae inner kinetochore module, the constitutive centromere associated network (CCAN) complex, assembled onto a Cenp-A nucleosome (CCAN-Cenp-A). The structure explains the interdependency of the constituent subcomplexes of CCAN and shows how the Y-shaped opening of CCAN accommodates Cenp-A to enable specific CCAN subunits to contact the nucleosomal DNA and histone subunits. Interactions with the unwrapped DNA duplex at the two termini of Cenp-A are mediated predominantly by a DNA-binding groove in the Cenp-L-Cenp-N subcomplex. Disruption of these interactions impairs assembly of CCAN onto Cenp-A. Our data indicate a mechanism of Cenp-A nucleosome recognition by CCAN and how CCAN acts as a platform for assembly of the outer kinetochore to link centromeres to the mitotic spindle for chromosome segregation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4581.map.gz | 8.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4581-v30.xml emd-4581.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4581.png | 40.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4581 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of CCAN with mask1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Inner kinetochore CCAN complex
全体 | 名称: Inner kinetochore CCAN complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Inner kinetochore CCAN complex
超分子 | 名称: Inner kinetochore CCAN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-分子 #1: Inner kinetochore subunit IML3
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit IML3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 28.093223 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MPYTWKFLGI SKQLSLENGI AKLNQLLNLE VDLDIQTIRV PSDPDGGTAA DEYIRYEMRL DISNLDEGTY SKFIFLGNSK MEVPMFLCY CGTDNRNEVV LQWLKAEYGV IMWPIKFEQK TMIKLADASI VHVTKENIEQ ITWFSSKLYF EPETQDKNLR Q FSIEIPRE ...文字列: MPYTWKFLGI SKQLSLENGI AKLNQLLNLE VDLDIQTIRV PSDPDGGTAA DEYIRYEMRL DISNLDEGTY SKFIFLGNSK MEVPMFLCY CGTDNRNEVV LQWLKAEYGV IMWPIKFEQK TMIKLADASI VHVTKENIEQ ITWFSSKLYF EPETQDKNLR Q FSIEIPRE SCEGLALGYG NTMHPYNDAI VPYIYNETGM AVERLPLTSV ILAGHTKIMR ESIVTSTRSL RNRVLAVVLQ SI QFTSE |
-分子 #2: Inner kinetochore subunit CHL4
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit CHL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 53.538566 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSNELRLEDN YVPTSDTLVV FKQLMKLPVT VLYDLTLSWF AKFGGSFDGD IYLLTETLDL LIEKGVRRNV IVNRILYVYW PDGLNVFQL AEIDCHLMIS KPEKFKWLPS KALRGDGKPY VVKLQPAKFI ENLQTDLAKI YHCHVYMFKH PSLPVLITRI Q LFDSNNLF ...文字列: MSNELRLEDN YVPTSDTLVV FKQLMKLPVT VLYDLTLSWF AKFGGSFDGD IYLLTETLDL LIEKGVRRNV IVNRILYVYW PDGLNVFQL AEIDCHLMIS KPEKFKWLPS KALRGDGKPY VVKLQPAKFI ENLQTDLAKI YHCHVYMFKH PSLPVLITRI Q LFDSNNLF LSTPNIGSIN KESLYNKLDK FQGKPLISRR PYYVAFPLNS PIIFHSVDKD IYARLVLQSI SRTISERETI IF KPVQKIP VKSIHNIMTL LGPSRFAESM GPWECYASAN FERSPLHDYK KHQGLTGKKV MVREFDDSFL NDDENFYGKE EPE IRRLRL EKNMIKFKGS ANGVMDQKYN DLKEFNEHVH NIRNGKKNED SGEPVYISRY SSLVPIEKVG FTLKNEINSR IITI KLKFN GNDIFGGLHE LCDKNLINID KVPGWLAGEN GSFSGTIMNG DFQREQVAKG GLLENLYFQ |
-分子 #3: Inner kinetochore subunit MCM21
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit MCM21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 43.028879 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSRIDDLQQD IESLLSEINS LEESREKLKA KIKDKRKNEE SANPIVQEFE DLFDQFPQLN NFLFNEHPEL EETDDKDISR AQADIPATP IPYEPKKRAK LENEEILPEQ EWVLKTQPMV QHQMFDPGVA DLLDTDILTS PSKRKRKLKI DDISTSDRSE L EDYIVLEN ...文字列: MSRIDDLQQD IESLLSEINS LEESREKLKA KIKDKRKNEE SANPIVQEFE DLFDQFPQLN NFLFNEHPEL EETDDKDISR AQADIPATP IPYEPKKRAK LENEEILPEQ EWVLKTQPMV QHQMFDPGVA DLLDTDILTS PSKRKRKLKI DDISTSDRSE L EDYIVLEN VYRMFGITFF PLVDPIDLKI KDASGEIFVD REMLGIRLEV FSERTSQFEK PHYVLLKKRI KSNSWFLFKH TI PSFIDVQ GIFDDTNGGL VISHDDAYLF AKRVFLQLVE VQKRRQIFKD LEAKKIIHDL DLDLESSMVS FFVKDIKVEL FVK QNEIVS CSILDDIHDF SQNNKSKWEI ALLGSLDDLE LKLNHSFATI FK |
-分子 #4: Inner kinetochore subunit CTF19
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit CTF19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 42.841113 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS ...文字列: MDFTSDTTNS HDTSNSHLSL EDAVGTHHAG EADVNIDGDE KQQLSLLDDD QVRALKLQEE KDALLTRRNT LLQEIQTYQN ILMKENNSK TKNGDILQND ITQDFLNLIS ISSSNPNSAI SDRKRVERIN GLTNLQKELV TKYDTLPLLN MNLRLSYLRD H TYPHLQVS VQSRDRVHND GIEVLVVNYK FCRNTMNPFE IQFKMFYKFE DSTLLKWEIL RISTNVRLKA KQLLATRNFQ KC LLSLYEF DKIKSKKTGI FQNLINLLKR KTRCYLMNNS DSLIVERVIR EGRLTTIKLQ INFIITMPGE RGKPRNCFLP MSK ISIALW KGGERFNQID LDEICYGLIK EYGVKTGLKE ICNVCLFPDM YAR |
-分子 #5: Inner kinetochore subunit OKP1
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit OKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 47.427246 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET ...文字列: MAADRDNFLQ NIENDSINNG QAMDLSPNRS SSESDSSILM NVNDIKTLRL DVAPEAKSTQ SKKSLFYENS DDAEEGEIEE RTNKEEGQY HHKGSKQLRF EVGKESTGKL QSHLSDGSAT SGEGNVRPWE FRKVIQAEYR ERLPRNYELK HWKKPSKIMI G SILRLLET NTVSALDSVF EKYEKEMNQM THGDNNEVKR IYSKKERLLE IILTKIKKKL RQAKFPSRIS ERDLDIEYIY SK RQFIQNR YSQELQNNER LEAILSREQN LLEETRKLCM NLKTNNKKRL TEKLIQKDLH PVLNKAMEYT YGLESTNGFM HPD GPVTFR NDSHELNLML NDPIKSTADV RLDKEEVLSL LPSLKEYTKK SKELKETMGQ MISDSHEEEI KEVFVPHHES HQDK TEEDI H |
-分子 #6: Inner kinetochore subunit AME1
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit AME1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 37.081246 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK ...文字列: MDRDTKLAFR LRGSHSRRTD DIDDDVIVFK TPNAVYREEN SPIQSPVQPI LSSPKLANSF EFPITTNNVN AQDRHEHGYQ PLDAEDYPM IDSENKSLIS ESPQNVRNDE DLTTRYNFDD IPIRQLSSSI TSVTTIDVLS SLFINLFEND LIPQALKDFN K SDDDQFRK LLYKLDLRLF QTISDQMTRD LKDILDINVS NNELCYQLKQ VLARKEDLNQ QIISVRNEIQ ELKAGKDWHD LQ NEQAKLN DKVKLNKRLN DLTSTLLGKY EGDRKIMSQD SEDDSIRDDS NILDIAHFVD LMDPYNGLLK KINKINENLS NEL |
-分子 #7: Inner kinetochore subunit NKP1
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit NKP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 27.006451 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MTDTYNSISN FIENELTALL SSDDYLMDDL AGELPNEVCR LLKAQVIEKR KDAMSRGKQD LLSKEIYDNE SELRASQSQQ IMELVGDIP KYSLGSELRN RVEGEPQSTS IERLIEDVLK LPQMEVADEE EVEVENDLKV LSEYSNLRKD LILKCQALQI G ESKLSDIL ...文字列: MTDTYNSISN FIENELTALL SSDDYLMDDL AGELPNEVCR LLKAQVIEKR KDAMSRGKQD LLSKEIYDNE SELRASQSQQ IMELVGDIP KYSLGSELRN RVEGEPQSTS IERLIEDVLK LPQMEVADEE EVEVENDLKV LSEYSNLRKD LILKCQALQI G ESKLSDIL SQTNSINSLT TSIKEASEDD DISEYFATYN GKLVVALEEM KLLLEEAVKT FGNSPEKREK IKKILSELKK |
-分子 #8: Inner kinetochore subunit NKP2
分子 | 名称: Inner kinetochore subunit NKP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 17.877033 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MNSEQLLHNY VSDSLLTTLI SFQEFKQQLQ SYTSDEQQLQ HWYELLQARD ARVTSELEAR IKQFFITLRS RLLRFLESEQ LSHSLSLET LIDALYKIND LLQQRLQILD DAIQEKTSEL AEFENMVRSP SAGDNAIPGL LQIIQSYINL LEEN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 32.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Reconstruction using SIMPLE_prime |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 465029 |