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- EMDB-4532: Human post-catalytic spliceosome (P complex), focused refinement ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4532
タイトルHuman post-catalytic spliceosome (P complex), focused refinement on DHX8
マップデータ
試料Human post-catalytic P complex spliceosome
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Fica SM / Oubridge C / Wilkinson ME / Newman AJ / Nagai KN
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: A human postcatalytic spliceosome structure reveals essential roles of metazoan factors for exon ligation.
著者: Sebastian M Fica / Chris Oubridge / Max E Wilkinson / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai /
要旨: During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a ...During exon ligation, the spliceosome recognizes the 3'-splice site (3'SS) of precursor messenger RNA (pre-mRNA) through non-Watson-Crick pairing with the 5'SS and the branch adenosine, in a conformation stabilized by Prp18 and Prp8. Here we present the 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of a human postcatalytic spliceosome just after exon ligation. The 3'SS docks at the active site through conserved RNA interactions in the absence of Prp18. Unexpectedly, the metazoan-specific FAM32A directly bridges the 5'-exon and intron 3'SS of pre-mRNA and promotes exon ligation, as shown by functional assays. CACTIN, SDE2, and NKAP-factors implicated in alternative splicing-further stabilize the catalytic conformation of the spliceosome during exon ligation. Together these four proteins act as exon ligation factors. Our study reveals how the human spliceosome has co-opted additional proteins to modulate a conserved RNA-based mechanism for 3'SS selection and to potentially fine-tune alternative splicing at the exon ligation stage.
日付登録: 2019年1月3日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2019年5月15日 / マップ公開: 2019年5月15日 / 更新: 2019年5月15日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.025
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.2 Å/pix.
x 410 pix.
= 492. Å
1.2 Å/pix.
x 410 pix.
= 492. Å
1.2 Å/pix.
x 410 pix.
= 492. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.08708665 - 0.1541328
平均 (標準偏差)-0.000030058103 (±0.002890318)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 492.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.21.21.2
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z492.000492.000492.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-0.0870.154-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Human post-catalytic P complex spliceosome

全体名称: Human post-catalytic P complex spliceosome / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Human post-catalytic P complex spliceosome

タンパク質名称: Human post-catalytic P complex spliceosome / 組換発現: No
分子量理論値: 3.0 MDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1 mg/mL / pH: 7.9
凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %
詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane..

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 130000.0 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1500.0 - 3500.0 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 156809
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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