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万見
- EMDB-4510: Cryo em structure of the Listeria stressosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4510
タイトルCryo em structure of the Listeria stressosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Listeria Stressosome
    • タンパク質・ペプチド: RsbR
生物種Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス) / Listeria monocytogenes EGD-E (リステリア・モノサイトゲネス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Williams AH / Redzej A
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The cryo-electron microscopy supramolecular structure of the bacterial stressosome unveils its mechanism of activation.
著者: Allison H Williams / Adam Redzej / Nathalie Rolhion / Tiago R D Costa / Aline Rifflet / Gabriel Waksman / Pascale Cossart /
要旨: How the stressosome, the epicenter of the stress response in bacteria, transmits stress signals from the environment has remained elusive. The stressosome consists of multiple copies of three ...How the stressosome, the epicenter of the stress response in bacteria, transmits stress signals from the environment has remained elusive. The stressosome consists of multiple copies of three proteins RsbR, RsbS and RsbT, a kinase that is important for its activation. Using cryo-electron microscopy, we determined the atomic organization of the Listeria monocytogenes stressosome at 3.38 Å resolution. RsbR and RsbS are organized in a 60-protomers truncated icosahedron. A key phosphorylation site on RsbR (T209) is partially hidden by an RsbR flexible loop, whose "open" or "closed" position could modulate stressosome activity. Interaction between three glutamic acids in the N-terminal domain of RsbR and the membrane-bound mini-protein Prli42 is essential for Listeria survival to stress. Together, our data provide the atomic model of the stressosome core and highlight a loop important for stressosome activation, paving the way towards elucidating the mechanism of signal transduction by the stressosome in bacteria.
履歴
登録2018年12月30日-
置き換え2019年9月11日ID: EMD-4509
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月11日-
マップ公開2019年9月11日-
更新2019年9月11日-
現状2019年9月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4510.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズ
XYZ
EMDB情報410410410
CCP4マップ ヘッダ情報410410410
EM Navigator ムービー #11.061.061.06
密度
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.10136106 - 0.20301498
平均 (標準偏差)0.00033036378 (±0.0052886796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 168100.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z410410410
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168100.000168100.000168100.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-0.1010.2030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Listeria Stressosome

全体名称: Listeria Stressosome
要素
  • 複合体: Listeria Stressosome
    • タンパク質・ペプチド: RsbR

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超分子 #1: Listeria Stressosome

超分子名称: Listeria Stressosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: The subcomponents are, RsbR, RsbR and he RsbT.
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス)
株: EGD-e
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Bl21
分子量実験値: 1.8 MDa

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分子 #1: RsbR

分子名称: RsbR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Listeria monocytogenes EGD-E (リステリア・モノサイトゲネス)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MYKDFANFIR TNKADLLNDW MNEMEKQSDQ LINDIAKEAM YEETSKEFVD LIVSNVTENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGW PIHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW E KTVSIQKS ALQELSAPLL PIFEKISVMP ...文字列:
MYKDFANFIR TNKADLLNDW MNEMEKQSDQ LINDIAKEAM YEETSKEFVD LIVSNVTENG SKFNEKLDDF AEKVVHLGW PIHFVTTGLR VFGLLVYTAM RDEDLFLKRE EKPEDDAYYR FETWLSSMYN KVVTAYADTW E KTVSIQKS ALQELSAPLL PIFEKISVMP LIGTIDTERA KLIIENLLIG VVKNRSEVVL IDITGVPVVD TM VAHHIIQ ASEAVRLVGC QAMLVGIRPE IAQTIVNLGI ELDQIITTNT MKKGMERALA LTNREIVEKE G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 2.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 100000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 78000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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