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- EMDB-4484: Correlative FM and ET of GFP-Bax in HCT116 cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4484
タイトルCorrelative FM and ET of GFP-Bax in HCT116 cells
マップデータReconstructed tomogram of mitochondria in Bax/Bak double knockout HCT116 cells stably expressing GFP-Bax following treatment with ABT-737.
試料
  • 細胞: Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing GFP-Bax
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Ader NR / Hoffmann PC / Ganeva I / Borgeaud AC / Wang C / Youle RJ / Kukulski W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular and topological reorganizations in mitochondrial architecture interplay during Bax-mediated steps of apoptosis.
著者: Nicholas R Ader / Patrick C Hoffmann / Iva Ganeva / Alicia C Borgeaud / Chunxin Wang / Richard J Youle / Wanda Kukulski /
要旨: During apoptosis, Bcl-2 proteins such as Bax and Bak mediate the release of pro-apoptotic proteins from the mitochondria by clustering on the outer mitochondrial membrane and thereby permeabilizing ...During apoptosis, Bcl-2 proteins such as Bax and Bak mediate the release of pro-apoptotic proteins from the mitochondria by clustering on the outer mitochondrial membrane and thereby permeabilizing it. However, it remains unclear how outer membrane openings form. Here, we combined different correlative microscopy and electron cryo-tomography approaches to visualize the effects of Bax activity on mitochondria in human cells. Our data show that Bax clusters localize near outer membrane ruptures of highly variable size. Bax clusters contain structural elements suggesting a higher order organization of their components. Furthermore, unfolding of inner membrane cristae is coupled to changes in the supramolecular assembly of ATP synthases, particularly pronounced at membrane segments exposed to the cytosol by ruptures. Based on our results, we propose a comprehensive model in which molecular reorganizations of the inner membrane and sequestration of outer membrane components into Bax clusters interplay in the formation of outer membrane ruptures.
EDITORIAL NOTE: This article has been through an editorial process in which the authors decide how to respond to the issues raised during peer review. The Reviewing Editor's assessment is that all ...EDITORIAL NOTE: This article has been through an editorial process in which the authors decide how to respond to the issues raised during peer review. The Reviewing Editor's assessment is that all the issues have been addressed (see decision letter).
履歴
登録2018年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月13日-
マップ公開2019年2月13日-
更新2019年2月13日-
現状2019年2月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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emd_4484.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Reconstructed tomogram of mitochondria in Bax/Bak double knockout HCT116 cells stably expressing GFP-Bax following treatment with ABT-737.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 11.02 Å
密度
最小 - 最大-32767.0 - 13636.0
平均 (標準偏差)358.648300000000006 (±301.690999999999974)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-88
サイズ20482048176
Spacing20482048176
セルA: 22568.96 Å / B: 22568.96 Å / C: 1939.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z11.02000048828111.02000048828111.02
M x/y/z20482048176
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z22568.96122568.9611939.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-88
NC/NR/NS20482048176
D min/max/mean-32767.00013636.000358.648

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing G...

全体名称: Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing GFP-Bax
要素
  • 細胞: Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing GFP-Bax

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超分子 #1: Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing G...

超分子名称: Bax/Bak Double knockout HCT116 (homo sapiens) stably expressing GFP-Bax
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cryofixation of cell was performed 3 h after treatment ABT-737.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: DMEM
詳細: DMEM, high glucose, GlutaMAX, pyruvate (Thermo 31996) medium supplemented with 10% heat-inactivated FBS (Gibco 10270), 10 mM HEPES, and 1x NEAA (Thermo 11140)
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: 0.008% uranyl acetate in acetone
糖包埋材質: Lowicryl HM20
詳細: We use a temperature-controlling Leica AFS2 with FSP. FS is performed at -90 degrees C for 24-36 h in 0.008 percent (w/v) uranyl acetate in glass-distilled acetone. The temperature is then ...詳細: We use a temperature-controlling Leica AFS2 with FSP. FS is performed at -90 degrees C for 24-36 h in 0.008 percent (w/v) uranyl acetate in glass-distilled acetone. The temperature is then increased to -45 C (5 degrees C/h). Next, the samples are washed three times with acetone and infiltrated with increasing concentrations (10 percent , 25 percent, 50 percent, 75 percent, 2 h each) of Lowicryl HM20 in acetone. During the final mix, the temperature is raised to -35 degrees C (2.5 degree C/h). The temperature is then raised further to -25 degrees C (2.5 degrees C/h), while 100 percent Lowicryl is exchanged three times in 4 h steps with agitation. Then, UV light is applied for 24 h to initialize Lowicryl polymerization. The temperature is then raised to 20 degrees C (5 degrees C/h). At this point, samples can be taken out of the AFS2, but we wait at least 2 days before removing blocks from the plastic wheel to ensure complete polymerization.
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: HPF is accomplished using a Leica HPM100 in the provided temperature- and humidity-controlled chamber. To high-pressure freeze cells, we use a carrier method described in the manual for the ...詳細: HPF is accomplished using a Leica HPM100 in the provided temperature- and humidity-controlled chamber. To high-pressure freeze cells, we use a carrier method described in the manual for the Leica EM HPM100 CLEM 3 mm system for HPF of sapphire disks. In brief, carriers are assembled as follows between two plastic half cylinders: (1) 6 mm copper gold-plated support ring in a 6 mm CLEM middle plate, (2) a 3 mm sapphire (cells up), (3) a 3 mm spacer ring, (4) a clean sapphire, and (5) a 6 mm cover ring.. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Leica EM HP100. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Ultracut E Microtome (Reichert)
ウルトラミクロトーム - 温度: 296 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 300 nm
位置合わせマーカーManufacturer: Agar Scientific Ltd. / 直径: 20 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
詳細ET was done in STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder (Model 2020; Fischione Instruments) at a 1.1nm pixel size with a camera length of 200 mm.
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 1000.0 e/Å2
詳細: ET was done in STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder (Model 2020; Fischione Instruments) at a 1.1nm pixel size with a camera length of 200 mm. [NOTE: ...詳細: ET was done in STEM mode on an axial brightfield detector with a high-tilt tomography holder (Model 2020; Fischione Instruments) at a 1.1nm pixel size with a camera length of 200 mm. [NOTE: Electron dose unknown. Value specified here is a dummy]
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo (ver. 4.10.20) / 詳細: 222 tilted images used from two axies / 使用した粒子像数: 222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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