[日本語] English
- EMDB-4480: CI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4480
タイトルCI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2
マップデータFocused refinement around complex I peripheral arm
試料
  • 複合体: Ovine mitochondrial SC I+III2
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 6種
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport ...NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / 電子伝達系 / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ATP synthesis coupled electron transport / respirasome / ATP metabolic process / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / regulation of mitochondrial membrane potential / ミトコンドリア / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 概日リズム / fatty acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / protein-containing complex binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 ...Complex1_LYR-like / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B14.5a (Complex I-B14.5a) / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / ETC complex I subunit conserved region / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH ubiquinone oxidoreductase, F subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Acyl carrier protein (ACP) / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Thioredoxin-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ) / Sheep (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Letts JA / Sazanov LA
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number
European Research Council701309 オーストリア
引用ジャーナル: Mol Cell / : 2019
タイトル: Structures of Respiratory Supercomplex I+III Reveal Functional and Conformational Crosstalk.
著者: James A Letts / Karol Fiedorczuk / Gianluca Degliesposti / Mark Skehel / Leonid A Sazanov /
要旨: The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We ...The mitochondrial electron transport chain complexes are organized into supercomplexes (SCs) of defined stoichiometry, which have been proposed to regulate electron flux via substrate channeling. We demonstrate that CoQ trapping in the isolated SC I+III limits complex (C)I turnover, arguing against channeling. The SC structure, resolved at up to 3.8 Å in four distinct states, suggests that CoQ oxidation may be rate limiting because of unequal access of CoQ to the active sites of CIII. CI shows a transition between "closed" and "open" conformations, accompanied by the striking rotation of a key transmembrane helix. Furthermore, the state of CI affects the conformational flexibility within CIII, demonstrating crosstalk between the enzymes. CoQ was identified at only three of the four binding sites in CIII, suggesting that interaction with CI disrupts CIII symmetry in a functionally relevant manner. Together, these observations indicate a more nuanced functional role for the SCs.
履歴
登録2018年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6q9d
  • 表面レベル: 0.14
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused refinement around complex I peripheral arm
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.14 / ムービー #1: 0.14
最小 - 最大-0.36786753 - 1.4292165
平均 (標準偏差)-0.00002810240 (±0.014591322)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 560.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z560.000560.000560.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.3681.429-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_4480_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 1

ファイルemd_4480_half_map_1.map
注釈Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 2

ファイルemd_4480_half_map_2.map
注釈Focused refinement around complex I peripheral arm. Half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
試料の構成要素

+
全体 : Ovine mitochondrial SC I+III2

全体名称: Ovine mitochondrial SC I+III2
要素
  • 複合体: Ovine mitochondrial SC I+III2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S7
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit V3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Acyl carrier protein
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDEフラビンモノヌクレオチド
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

+
超分子 #1: Ovine mitochondrial SC I+III2

超分子名称: Ovine mitochondrial SC I+III2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
詳細: Complex I membrane arm focused refinement from ovine respiratory SC I+III2
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac / Organelle: Mitochondria / 細胞中の位置: Mitochondrial inner membrane
分子量理論値: 1.4 MDa

+
分子 #1: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADHデヒドロゲナーゼ
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 48.678281 KDa
配列文字列: FSGDTTAPKK TSFGSLKDED RIFTNLYGRH DWRLKGAQSR GDWYKTKEIL LKGPDWILGE VKTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDG RPKYLVVNAD EGEPGTCKDR EIIRHDPHKL VEGCLVGGRA MGARAAYIYI RGEFYNEASN LQVAIREAYE A GLIGKNAC ...文字列:
FSGDTTAPKK TSFGSLKDED RIFTNLYGRH DWRLKGAQSR GDWYKTKEIL LKGPDWILGE VKTSGLRGRG GAGFPTGLKW SFMNKPSDG RPKYLVVNAD EGEPGTCKDR EIIRHDPHKL VEGCLVGGRA MGARAAYIYI RGEFYNEASN LQVAIREAYE A GLIGKNAC GSGYDFDVFV VRGAGAYICG EETALIESIE GKQGKPRLKP PFPADVGVFG CPTTVANVET VAVSPTICRR GG AWFASFG RERNSGTKLF NISGHVNNPC TVEEEMSVPL KELIEKHAGG VTGGWDNLLA VIPGGSSTPL IPKSVCETVL MDF DALIQA QTGLGTAAVI VMDRSTDIVK AIARLIEFYK HESCGQCTPC REGVDWMNKV MARFVRGDAR PAEIDSLWEI SKQI EGHTI CALGDGAAWP VQGLIRHFRP ELEERMQRFA QQHQARQAAS

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 23.840428 KDa
配列文字列: GAGGALFVHR DTPKNNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD ...文字列:
GAGGALFVHR DTPKNNPETP FDFTPENYKR IEAIVKNYPE GHKAAAVLPV LDLAQRQNGW LPISAMNKVA EILQVPPMRV YEVATFYTM YNRKPVGKYH IQVCTTTPCM LRNSDSILEA IQKKLGIKVG ETTPDKLFTL IEVECLGACV NAPMVQINDN Y YEDLTPKD IEEIIDELKA GKIPKPGPRS GRFSCEPAGG LTSLTEPPKG PGFGVQAGL

+
分子 #3: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 77.031156 KDa
配列文字列: TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG ...文字列:
TATAASNLIE VFVDGQSVMV EPGTTVLQAC EKVGMQIPRF CYHERLSVAG NCRMCLVEIE KAPKVVAACA MPVMKGWNIL TNSEKTKKA REGVMEFLLA NHPLDCPICD QGGECDLQDQ SMMFGSDRSR FLEGKRAVED KNIGPLVKTI MTRCIQCTRC I RFASEIAG VDDLGTTGRG NDMQVGTYIE KMFMSELSGN IIDICPVGAL TSKPYAFTAR PWETRKTESI DVMDAVGSNI VV STRTGEV MRILPRMHED INEEWISDKT RFAYDGLKRQ RLTEPMVRNE KGLLTHTTWE DALSRVAGML QSCQGNDVAA IAG GLVDAE ALIALKDLLN RVDSDTLCTE EVFPTAGAGT DLRSNYLLNT TIAGVEEADV VLLVGTNPRF EAPLFNARIR KSWL HNDLK VALIGSPVDL TYRYDHLGDS PKILQDIASG SHPFSQVLQE AKKPMVVLGS SALQRNDGAA ILAAVSNIAQ KIRTS SGVT GDWKVMNILH RIASQVAALD LGYKPGVEAI RKNPPKMLFL LGADGGCVTR QDLPKDCFIV YQGHHGDVGA PIADVI LPG AAYTEKSATY VNTEGRAQQT KVAVMPPGLA REDWKIIRAL SEIAGMTLPY DTLDQVRNRL EEVSPNLVRY DDVEGAN YF QQASELSKLV NQQLLADPLV PPQLTIKDFY MTDSISRASQ TMAKCVKAVT EGAHAVEEPS IC

+
分子 #4: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone ox...

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2,NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 49.193273 KDa
配列文字列: ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF ...文字列:
ARQWQPDVEW AEQYGGAVMY PTKETAHWKP PPWNDVDPPK DTLVSNLTLN FGPQHPAAHG VLRLVMELSG EMVRKCDPHI GLLHRGTEK LIEYKTYLQA LPYFDRLDYV SMMCNEQAYS LAVEKLLNIQ PPPRAQWIRV LFGEITRLLN HIMAVTTHAL D IGAMTPFF WMFEEREKMF EFYERVSGAR MHAAYVRPGG VHQDLPLGLM DDIYEFSKNF SLRIDELEEM LTNNRIWRNR TV DIGVVTA EDALNYGFSG VMLRGSGIQW DLRKTQPYDV YDQVEFDVPI GSRGDCYDRY LCRVEEMRQS IRIISQCLNK MPP GEIKVD DAKVSPPKRA EMKTSMESLI HHFKLYTEGY QVPPGATYTA IEAPKGEFGV YLVSDGSSRP YRCKIKAPGF AHLA GLDKM SKGHMLADVV AIIGTQDIVF GEVDR

+
分子 #5: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 26.441793 KDa
配列文字列: ESASADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFSELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPVES SVSVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL ...文字列:
ESASADTRPT VRPRNDVAHK QLSAFGEYVA EILPKYVQQV QVSCFSELEI CIHPDGVIPV LTFLRDHSNA QFKSLADLTA VDIPTRQNR FEIVYNLLSL RFNSRIRVKT YTDELTPVES SVSVYKAANW YEREIWDMFG VFFANHPDLR RILTDYGFEG H PFRKDFPL SGYVELRYDD EVKRVVAEPV ELAQEFRKFD LNSPWEAFPA YRQPPESLKL EAGDKKPEAK

+
分子 #6: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S7

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.104531 KDa
配列文字列:
PSSTQPAVSQ ARAVVPKPAA LPSSRGEYVV AKLDDLINWA RRSSLWPMTF GLACCAVEMM HMAAPRYDMD RFGVVFRASP RQSDVMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVVSMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG I LQLQKKIK REKRLRIWYR R

+
分子 #7: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 20.219947 KDa
配列文字列:
TYKYVNLREP SMDMKSVTDR AAQTLLWTEL IRGLGMTLSY LFREPATINY PFEKGPLSPR FRGEHALRRY PSGEERCIAC KLCEAVCPA QAITIEAEPR ADGSRRTTRY DIDMTKCIYC GFCQEACPVD AIVEGPNFEF STETHEELLY NKEKLLNNGD K WEAEIAAN IQADYLYR

+
分子 #8: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit V3

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit V3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 8.423314 KDa
配列文字列:
SAESGKNEKG LPPNPKKQSP PKKPASAAPT EPFDNTTYKN LQHHDYSTYT FLDLNLDLSK FRMPQPSSGR ESPRH

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.651796 KDa
配列文字列:
GVRTSPTGEK VTHTGQVYDD EDYRRVRFVG RQKEVNENFA IDLIAEQPVS QVGSRVISCD GGGGALGHPR VYINLDKETK TGTCGYCGL QFRQQHH

+
分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 15.3753 KDa
配列文字列:
AQDQTRDTQL ITVDEKLDIT TLTGVPEEHI KTRKARIFVP ARNNMQSGVN NTKKWKMEFD TRERWENPLM GWASTADPLS NLVLTFSTK EDAIAFAEKN GWSYDVEERK VPKPKSKSYG ANFSWNKRTR VSTK

+
分子 #11: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 38.660488 KDa
配列文字列: LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYLVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRNK AVGEKEVRET F PEATIIKP ...文字列:
LHHAVIPHGK GGRSSVSGIV ATVFGATGFL GRYLVNHLGR MGSQVIVPYR CEPYDTMHLR PMGDLGQIIF MDWNGRDKDS IRRAVEHSN VVINLVGREW ETKNFDFEDV FVKIPQAIAQ VSKEAGVEKF IHISHLNADI KSSSKYLRNK AVGEKEVRET F PEATIIKP ADIFGREDRF LNYFANIRWF GGVPLISLGK KTVKQPVYIV DVTKGIINAI KDPDARGKTF AFVGPNRYLL FD LVQYVFA VAHRPFLPYP MPHFAYRWIG RLFEISPFEP WTTRDKVERI HTTDRTLPHL PGLEDLGVQA TPLELKAIEV LRR HRTYRW LSSEIEDVQP AK

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.966627 KDa
配列文字列:
AAAAAIRGVR GKLGLREIRI HLCQRSPGSQ GVRDFIEKRY VELKKANPDL PILIRECSDV QPKLWARYAF GQEKNVSLNN FSADQVTRA LENVLSSKA

+
分子 #13: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 13.156311 KDa
配列文字列:
AGLLKKTTGL VGLAVCETPH ERLKILYTKI LDVLGHIPKN AAYRKYTEQI TNEKLSIVKA EPDVKKLEEQ LQGGQIEEVI LQAENELSL ARKMIQWKPW EPLVEEPPAS QWKWPI

+
分子 #14: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6

分子名称: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 14.923245 KDa
配列文字列:
AASGLRQAAV AASTSVKPIF SRDMNEAKRR VRELYRAWYR EVPNTVHLFQ LDISVKQGRD KVREMFKKNA HVTDPRVVDL LVIKGKMEL EETINVWKQR THVMRFFHET EAPRPKDFLS KFYVGHDP

+
分子 #15: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 12.399201 KDa
配列文字列:
ASATRLIQGL RNWASGRDLQ AKLQLRYQEI SKRTQPPPKL PVGPSHRLSN NYYCARDGRR EAMPPSIVMS SQKVLVAGKP AESSAVAAS EKKAVSPAPP IKRWELSQDE PYL

+
分子 #16: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 17.115508 KDa
配列文字列:
MELLQVLKRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG KNTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT VKPPTARKFI WTNHKFNLSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

+
分子 #17: Acyl carrier protein

分子名称: Acyl carrier protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 10.119541 KDa
配列文字列:
SDAPPLTLEG IKDRVLYVLK LYDKIDPEKL SVNSHFMKDL GLDSLDQVEI IMAMEDEFGF EIPDIDAEKL MCPQEIVDYI ADKKDVYE

+
分子 #18: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13
タイプ: protein_or_peptide / ID: 18
詳細: This is a focused refinement so only the N-terminal part of this subunit is present in the map.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sheep (ヒツジ) / 器官: Heart / 組織: Cardiac
分子量理論値: 16.635264 KDa
配列文字列:
AASKVKQDMP PVGGYGPIDY KRNLPRRGLS GYSMFAVGIG ALLFGYWSMM RWNRERRRLQ IEDFEARIAL MPLLQAEKDR RVLQMLREN LEEEATIMKD VPGWKVGESV FHTTRWVTPM MGELYGLRTG EEILSSTYGF IWYT

+
分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 6 / : SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #20: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / : FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN / フラビンモノヌクレオチド

+
分子 #21: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 2 / : FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #22: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / : ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #23: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / : NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

+
分子 #24: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 1 / : ZMP
分子量理論値: 568.704 Da
Chemical component information

ChemComp-ZMP:
S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] tetradecanethioate

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称
0.25 MNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
0.02 MHEPES
0.02 %Brij-35

詳細: 250 mM NaCl, 20 mM HEPES, pH 7.7, 0.02% Brij-35
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting for 30 seconds at 4 degrees Celsius, 95% humidity and flash freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1854 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 400000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 178121
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90
得られたモデル

PDB-6q9d:
CI Peripheral Arm focused refinement from Ovine respiratory SC I+III2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る