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- EMDB-4472: Cryo-SOFI enabling low-dose super-resolution correlative light an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4472
タイトルCryo-SOFI enabling low-dose super-resolution correlative light and electron cryo-microscopy
マップデータLow-magnification tomogram for correlation with cryoSOFI data.
試料
  • 細胞: XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2
生物種Rattus (クマネズミ属)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Moser F / Prazak V / Mordhorst V / Andrade AM / Baker LA / Hagen C / Grunewald K / Kaufmann R
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Cryo-SOFI enabling low-dose super-resolution correlative light and electron cryo-microscopy.
著者: Felipe Moser / Vojtěch Pražák / Valerie Mordhorst / Débora M Andrade / Lindsay A Baker / Christoph Hagen / Kay Grünewald / Rainer Kaufmann /
要旨: Correlative light and electron cryo-microscopy (cryo-CLEM) combines information from the specific labeling of fluorescence cryo-microscopy (cryo-FM) with the high resolution in environmental context ...Correlative light and electron cryo-microscopy (cryo-CLEM) combines information from the specific labeling of fluorescence cryo-microscopy (cryo-FM) with the high resolution in environmental context of electron cryo-microscopy (cryo-EM). Exploiting super-resolution methods for cryo-FM is advantageous, as it enables the identification of rare events within the environmental background of cryo-EM at a sensitivity and resolution beyond that of conventional methods. However, due to the need for relatively high laser intensities, current super-resolution cryo-CLEM methods require cryo-protectants or support films which can severely reduce image quality in cryo-EM and are not compatible with many samples, such as mammalian cells. Here, we introduce cryogenic super-resolution optical fluctuation imaging (cryo-SOFI), a low-dose super-resolution imaging scheme based on the SOFI principle. As cryo-SOFI does not require special sample preparation, it is fully compatible with conventional cryo-EM specimens, and importantly, it does not affect the quality of cryo-EM imaging. By applying cryo-SOFI to a variety of biological application examples, we demonstrate resolutions up to ∼135 nm, an improvement of up to three times compared with conventional cryo-FM, while maintaining the specimen in a vitrified state for subsequent cryo-EM. Cryo-SOFI presents a general solution to the problem of specimen devitrification in super-resolution cryo-CLEM. It does not require a complex optical setup and can easily be implemented in any existing cryo-FM system.
履歴
登録2018年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2019年3月20日-
現状2019年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 708.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Low-magnification tomogram for correlation with cryoSOFI data.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 46.2 Å
密度
最小 - 最大-14832.860000000000582 - 6635.067399999999907
平均 (標準偏差)16.667002 (±240.935869999999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-173-16943
サイズ1515149582
Spacing1495151582
セルA: 69069.0 Å / B: 69993.0 Å / C: 3788.4001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z46.246.246.2
M x/y/z1495151582
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z69069.00069993.0003788.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-169-17343
NC/NR/NS1495151582
D min/max/mean-14832.8606635.06716.667

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2

全体名称: XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2
要素
  • 細胞: XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2

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超分子 #1: XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2

超分子名称: XC (rous sarcoma) cell transiently expressing Lifeact-Dendra2
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus (クマネズミ属) / 組織: muscle

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DMEM 10% fetal bofine serum
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細XC (rous sarcoma) cell transiently expressing mClover-TOM20
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 6.03 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3836 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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