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- EMDB-4409: Large subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 4409
タイトルLarge subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
マップデータLarge subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
試料Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome:
由来Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 16Å分解能
データ登録者Waltz F / Nguyen T / Arrive M / Bochler A / Chicher J / Hammann P / Kuhn L / Quadrado M / Mireau H / Hashem Y / Giege P
引用ジャーナル: Nat Plants / : 2019
タイトル: Small is big in Arabidopsis mitochondrial ribosome.
著者: Florent Waltz / Tan-Trung Nguyen / Mathilde Arrivé / Anthony Bochler / Johana Chicher / Philippe Hammann / Lauriane Kuhn / Martine Quadrado / Hakim Mireau / Yaser Hashem / Philippe Giegé
日付登録: 2018年11月12日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年11月21日 / マップ公開: 2019年1月23日 / 最新の更新: 2019年1月23日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_4409.map.gz (map file in CCP4 format, 19653 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
170 pix
2.2 Å/pix.
= 374. Å
170 pix
2.2 Å/pix.
= 374. Å
170 pix
2.2 Å/pix.
= 374. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面のレベル:0.0224 (by author), 0.0224 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.021896617 - 0.059966736
平均 (標準偏差)0.00094733405 (0.0081598405)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions170170170
Origin0.00.00.0
Limit169.0169.0169.0
Spacing170170170
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z170170170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.000374.000374.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS170170170
D min/max/mean-0.0220.0600.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome

全体名称: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome

タンパク質名称: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome / 組換発現: No
由来生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.6
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277.15 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 3.5 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 59000.0 X (公称値) / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: -600.0 - -4500.0 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 24000
3次元再構成分解能: 16 Å / 分解能の算定法: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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