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万見
- EMDB-4409: Large subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4409
タイトルLarge subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
マップデータLarge subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.0 Å
データ登録者Waltz F / Nguyen T / Arrive M / Bochler A / Chicher J / Hammann P / Kuhn L / Quadrado M / Mireau H / Hashem Y / Giege P
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Small is big in Arabidopsis mitochondrial ribosome.
著者: Florent Waltz / Tan-Trung Nguyen / Mathilde Arrivé / Anthony Bochler / Johana Chicher / Philippe Hammann / Lauriane Kuhn / Martine Quadrado / Hakim Mireau / Yaser Hashem / Philippe Giegé /
要旨: Mitochondria are responsible for energy production through aerobic respiration, and represent the powerhouse of eukaryotic cells. Their metabolism and gene expression processes combine bacterial-like ...Mitochondria are responsible for energy production through aerobic respiration, and represent the powerhouse of eukaryotic cells. Their metabolism and gene expression processes combine bacterial-like features and traits that evolved in eukaryotes. Among mitochondrial gene expression processes, translation remains the most elusive. In plants, while numerous pentatricopeptide repeat (PPR) proteins are involved in all steps of gene expression, their function in mitochondrial translation remains unclear. Here we present the biochemical characterization of Arabidopsis mitochondrial ribosomes and identify their protein subunit composition. Complementary biochemical approaches identified 19 plant-specific mitoribosome proteins, of which ten are PPR proteins. The knockout mutations of ribosomal PPR (rPPR) genes result in distinct macroscopic phenotypes, including lethality and severe growth delay. The molecular analysis of rppr1 mutants using ribosome profiling, as well as the analysis of mitochondrial protein levels, demonstrate rPPR1 to be a generic translation factor that is a novel function for PPR proteins. Finally, single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reveals the unique structural architecture of Arabidopsis mitoribosomes, characterized by a very large small ribosomal subunit, larger than the large subunit, bearing an additional RNA domain grafted onto the head. Overall, our results show that Arabidopsis mitoribosomes are substantially divergent from bacterial and other eukaryote mitoribosomes, in terms of both structure and protein content.
履歴
登録2018年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月21日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2019年1月23日-
現状2019年1月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0224
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4409.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4409.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Large subunit of Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0224 / ムービー #1: 0.0224
最小 - 最大-0.021896617 - 0.059966736
平均 (標準偏差)0.00094733405 (±0.0081598405)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.22.22.2
M x/y/z170170170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z374.000374.000374.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS170170170
D min/max/mean-0.0220.0600.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome

全体名称: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome

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超分子 #1: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome

超分子名称: Arabidopsis thaliana mitochondrial ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 3.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 24000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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