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万見
- EMDB-4376: Tomogram obtained for control yeast cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4376
タイトルTomogram obtained for control yeast cells
マップデータTomogram obtained for control yeast cells
試料
  • 細胞: Control yeast cell
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Pfeffer S / Engel BD / Schaffer M
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: mTORC1 Controls Phase Separation and the Biophysical Properties of the Cytoplasm by Tuning Crowding.
著者: M Delarue / G P Brittingham / S Pfeffer / I V Surovtsev / S Pinglay / K J Kennedy / M Schaffer / J I Gutierrez / D Sang / G Poterewicz / J K Chung / J M Plitzko / J T Groves / C Jacobs-Wagner ...著者: M Delarue / G P Brittingham / S Pfeffer / I V Surovtsev / S Pinglay / K J Kennedy / M Schaffer / J I Gutierrez / D Sang / G Poterewicz / J K Chung / J M Plitzko / J T Groves / C Jacobs-Wagner / B D Engel / L J Holt /
要旨: Macromolecular crowding has a profound impact on reaction rates and the physical properties of the cell interior, but the mechanisms that regulate crowding are poorly understood. We developed ...Macromolecular crowding has a profound impact on reaction rates and the physical properties of the cell interior, but the mechanisms that regulate crowding are poorly understood. We developed genetically encoded multimeric nanoparticles (GEMs) to dissect these mechanisms. GEMs are homomultimeric scaffolds fused to a fluorescent protein that self-assemble into bright, stable particles of defined size and shape. By combining tracking of GEMs with genetic and pharmacological approaches, we discovered that the mTORC1 pathway can modulate the effective diffusion coefficient of particles ≥20 nm in diameter more than 2-fold by tuning ribosome concentration, without any discernable effect on the motion of molecules ≤5 nm. This change in ribosome concentration affected phase separation both in vitro and in vivo. Together, these results establish a role for mTORC1 in controlling both the mesoscale biophysical properties of the cytoplasm and biomolecular condensation.
履歴
登録2018年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2018年7月25日-
現状2018年7月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4376.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1006.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram obtained for control yeast cells
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度
最小 - 最大-0.5804143 - 1.0953014
平均 (標準偏差)-0.000067609064 (±0.0871946)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ924924309
Spacing924924309
セルA: 12640.32 Å / B: 12640.32 Å / C: 4227.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.6813.6813.68
M x/y/z924924309
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12640.32012640.3204227.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS924924309
D min/max/mean-0.5801.095-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Control yeast cell

全体名称: Control yeast cell
要素
  • 細胞: Control yeast cell

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超分子 #1: Control yeast cell

超分子名称: Control yeast cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10 seconds blot time, blot force 10.
詳細Control yeast cell thinned by focused ion beam milling
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.3 nA / 集束イオンビーム - Dose rate: 3.3 / 集束イオンビーム - 時間: 3500 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 92 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 10000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: 3.3E14. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER ...集束イオンビーム - 詳細: 3.3E14. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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