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- EMDB-4328: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4328
タイトルStructure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (Map 1)
マップデータFor optimal visualization of all tRNA and eIF2, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level
試料
  • 複合体: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
    • 複合体: Ribosomeリボソーム
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 34種
    • 複合体: tRNA転移RNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: initiation factorsInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • 複合体: initiation factorsInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
    • 複合体: mRNA伝令RNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / incipient cellular bud site ...formation of translation initiation ternary complex / methionyl-initiator methionine tRNA binding / eukaryotic initiation factor eIF2 binding / Recycling of eIF2:GDP / ABC-family proteins mediated transport / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / incipient cellular bud site / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / protein-synthesizing GTPase / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / GDP-dissociation inhibitor activity / regulation of translational initiation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / translation initiation factor binding / negative regulation of translational initiation / translational initiation / translation initiation factor activity / GTPase activator activity / cytosolic ribosome / cytosolic ribosome assembly / rRNA processing / ribosomal small subunit assembly / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G, N-terminal / eIF3G, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 N-terminus / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / Translation initiation factor IF2/IF5 / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / IF2a, S1-like domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / : / Ribosomal protein S12e / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e, conserved site / : / S27a-like superfamily / S1 domain profile. / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Small ribosomal subunit protein eS32A / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 5 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Yeast (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Llacer JL / Hussain T / Gordiyenko Y / Ramakrishnan V
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184332 英国
FEBS 英国
Wellcome TrustWT096570 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Translational initiation factor eIF5 replaces eIF1 on the 40S ribosomal subunit to promote start-codon recognition.
著者: Jose Luis Llácer / Tanweer Hussain / Adesh K Saini / Jagpreet Singh Nanda / Sukhvir Kaur / Yuliya Gordiyenko / Rakesh Kumar / Alan G Hinnebusch / Jon R Lorsch / V Ramakrishnan /
要旨: In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) ...In eukaryotic translation initiation, AUG recognition of the mRNA requires accommodation of Met-tRNA in a 'P' state, which is antagonized by the factor eIF1. eIF5 is a GTPase activating protein (GAP) of eIF2 that additionally promotes stringent AUG selection, but the molecular basis of its dual function was unknown. We present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of a yeast 48S pre-initiation complex (PIC), at an overall resolution of 3.0 Å, featuring the N-terminal domain (NTD) of eIF5 bound to the 40S subunit at the location vacated by eIF1. eIF5 interacts with and allows a more accommodated orientation of Met-tRNA. Substitutions of eIF5 residues involved in the eIF5-NTD/tRNA interaction influenced initiation at near-cognate UUG codons and the closed/open PIC conformation in vitro, consistent with direct stabilization of the codon:anticodon duplex by the wild-type eIF5-NTD. The present structure reveals the basis for a key role of eIF5 in start-codon selection.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月24日-
登録2018年3月12日-
マップ公開2018年12月5日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fyy
  • 表面レベル: 0.12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4328.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈For optimal visualization of all tRNA and eIF2, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12 / ムービー #1: 0.12
最小 - 最大-0.64531404 - 1.1565818
平均 (標準偏差)0.00001956177 (±0.03683345)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 402.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z402.000402.000402.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.6451.1570.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4328_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4328_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...

全体名称: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
要素
  • 複合体: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
    • 複合体: Ribosomeリボソーム
      • RNA: 18S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S1
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F09812p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0D08305p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0D10659p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E23673p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B08173p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A10483p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F18040p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F07843p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01474p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01562p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A07194p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F25542p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B11231p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B06182p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E12277p
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41-Aリボソーム
    • 複合体: tRNA転移RNA
      • RNA: tRNAi
    • 複合体: initiation factorsInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit AEIF3
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit BEIF3
      • タンパク質・ペプチド: eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit GEIF3
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit IEIF3
    • 複合体: initiation factorsInitiation factor
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 1A
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 5
    • 複合体: mRNA伝令RNA
      • RNA: mRNA (31-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: METHIONINEメチオニン
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

+
超分子 #1: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 ...

超分子名称: Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#47
分子量理論値: 1.8 MDa

+
超分子 #2: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4-#37
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)

+
超分子 #3: tRNA

超分子名称: tRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: initiation factors

超分子名称: initiation factors / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #39-#41, #43-#47
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #5: initiation factors

超分子名称: initiation factors / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #38, #42
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
超分子 #6: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: tRNAi

分子名称: tRNAi / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.799072 KDa
配列文字列:
AGCGCCGU(1MG)(2MG) CGCAG(H2U)GGAA GCGC(M2G)CAGGG CUCAU(T6A)ACCC UGAU(7MG)(H2U)(5MC) (5MC)U CGGAUCG(1MA)AA CCG(RIA)GCGGCG CUACCA(UNK)

+
分子 #2: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)
分子量理論値: 579.454875 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA (PSU)UUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAA UU ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA (PSU)UUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAA UU CUAGAGCUAA UACAUGCUUA AAAUCUCGAC CCUUUGGAAG AGAUGUAUUU AUUAGAUAAA AAAUCAAUGU CUUCGGAC U CCUUGAUGAU UCAUAAUAAC UUUUCGAAUC GCAUGGCCUU GUGCUGGCGA UGGUUCAUUC AAAUUUCUGC CCUAUCAAC UUUCGAUGGU AGGAUAGUGG CCUACCAUGG UUUCAACGGG UAACGGGGAA UAAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCUAAUUCA GGGAGGUAG(PSU) GACAAUA AA UAACGAUACA GGGCCCAUUC GGGUCUUGUA AUUGGAAUGA GUACAAUGUA AAUACCUUAA CGAGGAACAA CUGGAGGG C AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAGUA GCGUAUAUUA AAGUUGUUGC AGUUAAAAAG CUCGUAGUU GAACUUUGGG UCUGGUUGUC CGGUCCGACU UUAUGUCGCG CACGGUUUUU CAACCGGAUC UUUCCUUCUG GCUAACCUGU ACUCCUUGU GGGUGCAGGC GAACCAGGAC UUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUG(PSU)UCAAA GCAGGCGAAA GCUCGAA UA UAUUAGCAUG GAAUAAUGGA AUAGGACGUU UGGUUCUAUU UUGUUGGUUU CUAGGACCAU CGUAAUGAUU AAUAGGGA C GGUCGGGGGC AUCAGUAUUC AAUUGUCAGA GGUGAAAUUC UUGGAUUUAU UGAAGACUAA CUACUGCGAA AGCAUUUGC CAAGGACGUU UUCAUUAAUC AAGAACGAAA GUUAGGGGAU CGAAGAUGA(PSU) CAGAUAC(5MC)GU CGUAGUCUUA AC CAUAAAC UAUGCCGACU AGGGAUCGGG UGGUGUUUUU CUUAUGACCC ACUCGGCACC UUACGAGAAA UCAAAGUCUU UGG GUUCUG GGGGGAGUAU GGUCGCAAGG CUGAAACUUA AAGGAAUUGA CGGAAGGGCA CCACCAGGAG UGGAGCCUGC GGCU UAAUU UGAC(C4J)CAACA CGGGGAAACU CACCAGGUCC AGACACAAUA AGGAUUGACA GAUUGAGAGC UCUUUCUUGA U UUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCCGUUCU UAGU(PSU)GGUGG AGUGAUUUGU CUGCUUAAUU GCGAUAACGA ACGAGACC U UAACCUACUA AAUAGGGUUG CUGGCACUUG CCGGUUGACU CUUCUUAGAG GGACUAUCGG UUUCAAGCCG AUGGAAGUU UGAGGCAAUA ACA(2MG)GUCUGU GAUGCCCUUA GACGUUCUGG GCCGCACGCG CGCUACACUG ACGGAGCCAG CGAGUA CAA CCUUGGCCGA GAGGUCUGGG UAAUCUUGUG AAACUCCGUC GUGCUGGGGA UAGAGCAUUG UAAUUAUUGC UCUUCAA C(2MG) AG(7MG)AAUUCCU AGUAAGCGCA AGUCAUCAGC UUGCGUUGAU UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCG (5MC)CC GUCGCUAGUA CCGAUUGAAU GGCUUAGUGA GGCCUCAGGA UUUGCUUAGA GAAGGGGGCA ACUCCAUCUC AGA GCGAAG AAUCUGGUCA AACUUGGUCA UUUAGAGGAA CUAAAAGUCG UAACAAGGUU UCCGUAGGUG A(MA6)CCUGCGGA AGGAUCAUU A

+
分子 #3: mRNA (31-MER)

分子名称: mRNA (31-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.344964 KDa
配列文字列:
GGGCUCUCUU CUCUCUCUAA CUAUAAAAAU GUCUCUUCUC UCUCUCGAU

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S0

分子名称: 40S ribosomal protein S0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 28.264525 KDa
配列文字列: MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH ...文字列:
MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH SIGLIWYLLA REVLRLRGAL PDRTQPWAIM PDLYFYRNPE EIEQQTAEEE AVASGEQTEE AVDATEEQTE AA EWAEEGQ AQEEEWN

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S1

分子名称: 40S ribosomal protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 29.013678 KDa
配列文字列: M(AYA)VGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGS EDH SFRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYA QS ...文字列:
M(AYA)VGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGS EDH SFRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYA QS SHIRQIRKVI SEILTREVQN STLAQLTSKL IPEVINKEIE NATKDIFPLQ NVHIRKVKLL KQPKFDLGSL LSLHGEAS A EEKGKKVAGF KDEILETV

+
分子 #6: KLLA0F09812p

分子名称: KLLA0F09812p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 27.649979 KDa
配列文字列: MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG ...文字列:
MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG SVSVRLIPAP RGSGIVASPA VKKLMQLAGV EDVYTSSTGS TRTLENTLKA AFVAIGNTYG FLTPNLWEVQ AL TPSPMDV YADYATASKK KL

+
分子 #7: KLLA0D08305p

分子名称: KLLA0D08305p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 26.300535 KDa
配列文字列: MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ...文字列:
MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ETATRHVLLR QGVLGIKVKI MKDPSRNTSG PKALPDAVTI IEPKEEEPVL EPSVKDYRPT EPVEAAESA

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 29.617514 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ...文字列:
MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ITDFIKFDTG KLVYVTGGRN LGRVGTIVHR ERHEGGFDLV HIKDSLENTF VTRLNNVFVI GEPGRPWISL PK GKGIKLT ISEERDRRRA QHGL

+
分子 #9: KLLA0D10659p

分子名称: KLLA0D10659p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 25.385975 KDa
配列文字列: MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR ...文字列:
MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR RVNQSIALLT IGAREAAFRN IKTIAETLAE ELINAAKGSS TSYAIKKKDE LERVAKSNR

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 26.970391 KDa
配列文字列: MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS ...文字列:
MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR QQKSLKIKNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEVRK RRASSLKA

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 21.735297 KDa
配列文字列: MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES ...文字列:
MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES FQAVYNKLTG KQIVFEIPSE TH

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 22.642727 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA ...文字列:
MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA AISSRPGQSG RCDGYILEGE ELAFYLRRLT AKK

+
分子 #13: KLLA0E23673p

分子名称: KLLA0E23673p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 21.587049 KDa
配列文字列:
MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SARLDAELKL AGEYGLKNKR EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRIGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI SQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LESEKHIDFA R TSPFGGAR PGRVARKRAA AAGGEEADEE

+
分子 #14: KLLA0B08173p

分子名称: KLLA0B08173p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 12.584377 KDa
配列文字列:
MLIPKEDRKK IYQHLFQEGV LVAKKDFNQP KHEEIDTKNL FVIKALQSLT SKGFVKTQFS WQYYYYTLTE EGVVYLREYL NLPEHIFPA TYLAGQSGDQ RPQGKKY

+
分子 #15: KLLA0A10483p

分子名称: KLLA0A10483p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 17.84393 KDa
配列文字列:
MSTELTVQSE RAFQKQPHIF TNPKAKANRK TKRWYKNVGL GFKTPKTAIE GSYIDKKCPF TGLVSIRGKI LTGTVVSTRM HRTIVIRRD YLHYVPKYNR YEKRHKNVPA HVSPAFRVQV GDIVTVGQCR PISKTVRFNV LKVASATGKA NKQFAKF

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 14.466398 KDa
配列文字列:
MSDVEEVQQV PVAELTIEDA LKVVLRTSLV HDGLARGLRE SAKALTRGEG QLAVLVESVT EEAISKLVQG LATENNVPLI KVADAKQLG EWAGLGKIDR DGNARKVVGA SVVVVKNWGA DTQEREILLE HFSQQ

+
分子 #17: KLLA0F18040p

分子名称: KLLA0F18040p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 16.989875 KDa
配列文字列:
MGRMHSKGKG MSSSAIPYSR NAPAWFKGSS DGVVEQIIKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQAKVITGNK ILRILKSNGL APEIPEDLY FLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVSVLPPNW KYESATASAL VN

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 14.530655 KDa
配列文字列:
MANVVQAKDN SQVFGVARIF ASFNDTFVHV TDLSGRETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH IKIRATGGT RSKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

+
分子 #19: KLLA0F07843p

分子名称: KLLA0F07843p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 15.986796 KDa
配列文字列:
MSEAAAPRKR SFKTYSYKGV DLEKLLEMPT EDFVKLAPAR VRRKFARGLS EKPAGLMKKL RAAKLSAPEN EKPAVVRTHL RNMIIVPEM IGSVVGVYNG KVFNQVEIRP EMVGHYLGEF SITYTPVRHG RAGATTSRFI PLR

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 15.874531 KDa
配列文字列:
MSTVPSVQTF GKKKSATAVA HVKAGKGLIK VNGSPITLVQ PEILRFKVYE PLLLVGLDKF ANIDIRVKVT GGGHVSQVYA IRQAIAKGL VAYHQKFVDE QSKNELKKAF TSYDRTLLIA DSRRPEPKKF GGRGARSRFQ KSYR

+
分子 #21: KLLA0B01474p

分子名称: KLLA0B01474p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 15.722216 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK RASKALIEKY YPKLTMDFQT NKRLCDEIAT IQSKRLRNKI AGYTTHLMKR IQKGPVRGIS FKLQEEERER KDQYVPDVS ALDLSHSNDV LNVDTQTAEL VNSLGLKLPL SVSSVSAVRD RRFRKRN

+
分子 #22: KLLA0B01562p

分子名称: KLLA0B01562p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 17.084602 KDa
配列文字列:
MSLVVQEQGS FQHILRLLNT NVDGNINVVY ALTTIRGVGR RYANLVCKKA DVDLHKRAGE LTQEELERIV QIMQNPTHYK IPAWFLNRQ KDVNDGKDYH SLANNLESKL RDDLERLKKI RSHRGIRHFW GLRVRGQHTK TTGRRRA

+
分子 #23: KLLA0A07194p

分子名称: KLLA0A07194p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 15.87901 KDa
配列文字列:
MPGVSVRDVP AQDFINNYAS FLQRQGKLEV PGYVDIVKTS AGNELPPQDS EGWFYKRAAS VARHIYLRKQ VGVGKLNKLY GGAKNRGVR PHKHVDASGS INRKVLQSLE KLGVVEISPK GGRRISDNGL RDLDRIAAAT LEDEE

+
分子 #24: KLLA0F25542p

分子名称: KLLA0F25542p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 13.337604 KDa
配列文字列:
MSQVEKKSEQ QQEVVIHKIR INLTSTKVKQ LENVSANIIK NAETFKLVKK GPVRLPTKVL KISTRKTPNG EGSKTWDTYE MRIHKRYID LEAPAHIVKR ITQITIEPGV DVEVIIAA

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 9.797949 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKAKDHS SVQINIAQVD EEGRAIPGEY VTYALSGYIR ARGEADDSLN RLAQQDGLLK NVWSYSR

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S22

分子名称: 40S ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 14.645041 KDa
配列文字列:
MTRTSVLADA LNAINNAEKT GKRQVLIRPS SKVIIKFLQV MQKHGYIGEF EYIDDHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRFN VKIADVEKW TANLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEAHRK HVSGKILGFV Y

+
分子 #27: KLLA0B11231p

分子名称: KLLA0B11231p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 16.047897 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAETTYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKIGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 15.194549 KDa
配列文字列:
MSDAITIRTR KVISNPLLAR KQFVVDVLHP NRANVSKDEL REKLAEAYKA EKDAVSVFGF RTQYGGGKST GFGLVYNSVA DAKKFEPAY RLVRYGLAEK VEKASRQQRK QRKNRGKKIF GTGKSIAKKA ARRNAD

+
分子 #29: KLLA0B06182p

分子名称: KLLA0B06182p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 12.002116 KDa
配列文字列:
MPPKQQLSKA AKAAAAMAGG KKSKKKWSKK SHKDKAKHAV VLDQDKFDRI MKEAPTYRYV SVSVLVDRFK LGGSLARVAL RHLENEGII KPVSKHSKQA IYTRATASE

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 13.539957 KDa
配列文字列:
MPKKRASNGR NKKGRGHVKP VRCVNCSRSV PKDKAIKRMA IRNIVEAAAI RDLSEASVYA EYALPKTYNK LHYCISCAIH ARIVRVRSR TDRRIRAPPQ RPRFNRDNKV SPADAAKKAL

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 8.884362 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQSPRS HFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TVLCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 7.549824 KDa
配列文字列:
MDTKTPVTLA KVIKVLGRTG SRGGVTQVRV EFLEDTTRTI VRNVKGPVRE GDILVLMESE REARRLR

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 6.66257 KDa
配列文字列:
MAHENVWYSH PRKFGKGSRQ CRISGSHSGL IRKYGLNIDR QSFREKANDI GFYKYR

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 7.141421 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKQEKPKQP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLT NGKRKMNPSP SSQ

+
分子 #35: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 17.110977 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGGKKR KKKVYTTPK KIRHKHKKVK LAVLNYYKVD DEGKVAKLRK ECPNCGPGIF LANHGDRFYC GKCHSTFATQ K

+
分子 #36: KLLA0E12277p

分子名称: KLLA0E12277p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 35.830945 KDa
配列文字列: MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD ...文字列:
MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD DGRITFVSAG MDKIVRSWSL NEDSYRIEAD FIGHNNYINV VQPSPDGSLA ASAGKDGQIY VWNLKHKSAF MN FDAKDEV FALAFSPSRF WLTAATASGI KIYDLENEVL IDELKPEFAG YTKAQDPHAV SLAWSADGQT LFAGYTDNVI RVW QVMTAN

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L41-A

分子名称: 60S ribosomal protein L41-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 3.354243 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRT RRLKRKRRKV RARSK

+
分子 #38: Eukaryotic translation initiation factor 1A

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.462168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGKKNTKGGK KGRRGKNDSD GPKRELIYKE EGQEYAQITK MLGNGRVEAS CFDGNKRMAH IRGKLRKKVW MGQGDIILVS LRDFQDDQC DVVHKYNLDE ARTLKNQGEL PENAKINETD NFGFESDEDV NFEFGNADED DEEGEDEELD IDDI

+
分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.763652 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE LSRRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRVDKEK GYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWEGIE P PSKDVLDE ...文字列:
MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE LSRRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRVDKEK GYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWEGIE P PSKDVLDE LKNYISKRLT PQAVKIRADV EVSCFSYEGI DAIKDALKSA EDMSTEQMQV KVKLVAAPLY VLTTQALDKQ KG IEQLESA IEKITEVITK YGGVCNITMP PKAVTATEDA ELQALLESKE LDNRSDSEDD EDESDDE

+
分子 #40: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.942699 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK ...文字列:
MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK EISPKCQRPG CPGRYKLVRH VSFVDCPGHD ILMSTMLSGA AVMDAALLLI AGNESCPQPQ TSEHLAAIEI MK LKHVIIL QNKVDLMREE SALEHQKSIL KFIRGTIADG APIVPISAQL KYNIDAVNEF IVKTIPVPPR DFMISPRLIV IRS FDVNKP GAEIEDLKGG VAGGSILNGV FKLGDEIEIR PGIVTKDDKG KIQCKPIFSN IVSLFAEQND LKFAVPGGLI GVGT KVDPT LCRADRLVGQ VVGAKGHLPN IYTDIEINYF LLRRLLGVKT DGQKQAKVRK LEPNEVLMVN IGSTATGARV VAVKA DMAR LQLTSPACTE INEKIALSRR IEKHWRLIGW ATIKKGTTLE PIA

+
分子 #41: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.631309 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD ...文字列:
MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD GKKTIFSNIQ DIAEKLHRSP EHLIQYLFAE LGTSGSVDGQ KRLVIKGKFQ SKQMENVLRR YILEYVTCKT CK SINTELK REQSNRLFFM VCKSCGSTRS VSSIKTGFQA TVGKRRRM

+
分子 #42: Eukaryotic translation initiation factor 5

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.321977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSINICRDNH DPFYRYKMPP IQAKVEGRGN GIKTAVLNVA DISHALNRPA PYIVKYFGFE LGAQTSISVD KDRYLVNGVH EPAKLQDVL DGFINKFVLC GSCKNPETEI IITKDNDLVR DCKACGKRTP MDLRHKLSSF ILKNPPDSVS GSKKKKKAAT A SANVRGGG ...文字列:
MSINICRDNH DPFYRYKMPP IQAKVEGRGN GIKTAVLNVA DISHALNRPA PYIVKYFGFE LGAQTSISVD KDRYLVNGVH EPAKLQDVL DGFINKFVLC GSCKNPETEI IITKDNDLVR DCKACGKRTP MDLRHKLSSF ILKNPPDSVS GSKKKKKAAT A SANVRGGG LSISDIAQGK SQNAPSDGTG SSTPQHHDED EDELSRQIKA AASTLEDIEV KDDEWAVDMS EEAIRARAKE LE VNSELTQ LDEYGEWILE QAGEDKENLP SDVELYKKAA ELDVLNDPKI GCVLAQCLFD EDIVNEIAEH NAFFTKILVT PEY EKNFMG GIERFLGLEH KDLIPLLPKI LVQLYNNDII SEEEIMRFGT KSSKKFVPKE VSKKVRRAAK PFITWLETAE SDDD EEDDE

+
分子 #43: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 110.517641 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAPPPFRPEN AIKRADELIS VGEKQAALQS LHDFITARRI RWATPSTVEP VVFKFLEIGV ELKKGKLLKD GLHQYKKLIQ GSTEGLVSV GAVARKFIDL VESKIASEQT RADELQKQEI DDDLEGGVTP ENLLISVYES DQSVAGFNDE AITSWLRFTW E SYRAVLDL ...文字列:
MAPPPFRPEN AIKRADELIS VGEKQAALQS LHDFITARRI RWATPSTVEP VVFKFLEIGV ELKKGKLLKD GLHQYKKLIQ GSTEGLVSV GAVARKFIDL VESKIASEQT RADELQKQEI DDDLEGGVTP ENLLISVYES DQSVAGFNDE AITSWLRFTW E SYRAVLDL LRNNALLEIT YSGVVKKTMH FCLKYQRKNE FKRLAEMLRQ HLDAANYQQS KSGNNLVDLS DADTLQRYLD QR FQQVDVS VKLELWHEAY RSIEDVFHLM KISKRAPKPS TLANYYENLV KVFFVSGDPL LHTTAWKKFY KLYSTNPRAT EEE FKTYSS TIFLSAISTQ LDEIPSIGYD PHLRMYRLLN LDAKPTRKEM LQSIIEDESI YGKVDEELKE LYDIIEVNFD VDTV KQQLE NLLVKLSSKT YFSQYIAPLR DVIMRRVFVA ASQKFTTVSQ SELYKLATLP APLDLSAWDI EKSLLQAAVE DYVSI TIDH ESAKVTFAKD PFDIFASTAS KEVSEEENTE PEVQEEKEET DEALGPQETE DGEEKEEESD PVIIRNSYIH NKLLEL SNV LHDVDSFNNA SYMEKVRIAR ETLIKKNKDD LEKISKIVDE RVKRSQEQKQ KHMEHAALHA EQDAEVRQQR ILEEKAA IE AKLEEEAHRR LIEKKKREFE AIKEREITKM ITEVNAKGHV YIDPNEAKSL DLDTIKQVII AEVSKNKSEL ESRMEYAM K KLDHTERALR KVELPLLQKE VDKLQETDTA NYEAMKKKIV DAAKAEYEAR MADRKNLVMV YDDYLKFKEH VSGTKESEL AAIRNQKKAE LEAAKKARIE EVRKRRYEEA IARRKEEIAN AERQKRAQEL AEATRKQREI EEAAAKKSTP YSFRAGNREP PSTPSTLPK ATVSPDKAKL DMIAQKQREM EEAIEQRLAG RTAGGSSPAT PATPATPATP TPSSGPKKMT MAEKLRAKRL A KGGR

+
分子 #44: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 88.241766 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKNFLPRTLK NIYELYFNNI SVHSIVSRNT QLKRSKIIQM TTETFEDIKL EDIPVDDIDF SDLEEQYKVT EEFNFDQYIV VNGAPVIPS AKVPVLKKAL TSLFSKAGKV VNMEFPIDEA TGKTKGFLFV ECGSMNDAKK IIKSFHGKRL DLKHRLFLYT M KDVERYNS ...文字列:
MKNFLPRTLK NIYELYFNNI SVHSIVSRNT QLKRSKIIQM TTETFEDIKL EDIPVDDIDF SDLEEQYKVT EEFNFDQYIV VNGAPVIPS AKVPVLKKAL TSLFSKAGKV VNMEFPIDEA TGKTKGFLFV ECGSMNDAKK IIKSFHGKRL DLKHRLFLYT M KDVERYNS DDFDTEFREP DMPTFVPSSS LKSWLMDDKV RDQFVLQDDV KTSVFWNSMF NEEDSLVESR ENWSTNYVRF SP KGTYLFS YHQQGVTAWG GPNFDRLRRF YHPDVRNSSV SPNEKYLVTF STEPIIVEED NEFSPFTKKN EGHQLCIWDI ASG LLMATF PVIKSPYLKW PLVRWSYNDK YCARMVGDSL IVHDATKNFM PLEAKALKPS GIRDFSFAPE GVKLQPFRNG DEPS VLLAY WTPETNNSAC TATIAEVPRG RVLKTVNLVQ VSNVTLHWQN QAEFLCFNVE RHTKSGKTQF SNLQICRLTE RDIPV EKVE LKDSVFEFGW EPHGNRFVTI SVHEVADMNY AIPANTIRFY APETKEKTDV IKRWSLVKEI PKTFANTVSW SPAGRF VVV GALVGPNMRR SDLQFYDMDY PGEKNINDNN DVSASLKDVA HPTYSAATNI TWDPSGRYVT AWSSSLKHKV EHGYKIF NI AGNLVKEDII AGFKNFAWRP RPASILSNAE RKKVRKNLRE WSAQFEEQDA MEADTAMRDL ILHQRELLKQ WTEYREKI G QEMEKSMNFK IFDVQPEDAS DDFTTIEEIV EEVLEETKEK VE

+
分子 #45: eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

分子名称: eIF3c,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 86.539539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #46: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.520502 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSEVAPEEII ENADGSRSII TYKIEDGVKY KITQKVKEVK VLEKVHKSVA ERKNWHKYGS EKGSPAGPSA VTARLGEEVE LRLSRNWKQ AEEERIQKEK ASLTKTGLQC RLCGNDHMTM NCPFKTILSE LSALEDPATS EGGVEAASEE KAGQVGGAGS I PGQYVPPS ...文字列:
MSEVAPEEII ENADGSRSII TYKIEDGVKY KITQKVKEVK VLEKVHKSVA ERKNWHKYGS EKGSPAGPSA VTARLGEEVE LRLSRNWKQ AEEERIQKEK ASLTKTGLQC RLCGNDHMTM NCPFKTILSE LSALEDPATS EGGVEAASEE KAGQVGGAGS I PGQYVPPS RRAGARDPSS DAYRDSRERD DMCTLKIMQV NENADENSLR EELLFPFAPI PRVSVVRNKE TGKSRGLAFV TF SSEEVAE QALRFLDGRG YMNLILRVEW SKPKVKE

+
分子 #47: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.803375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKAIKLTGHE RPLTQVKYNK EGDLLFSCSK DSSASVWYSL NGERLGTLDG HTGTIWSIDV DCFTKYCVTG SADYSIKLWD VSNGQCVAT WKSPVPVKRV EFSPCGNYFL AILDNVMKNP GSINIYEIER DSATHELTKV SEEPIHKIIT HEGLDAATVA G WSTKGKYI ...文字列:
MKAIKLTGHE RPLTQVKYNK EGDLLFSCSK DSSASVWYSL NGERLGTLDG HTGTIWSIDV DCFTKYCVTG SADYSIKLWD VSNGQCVAT WKSPVPVKRV EFSPCGNYFL AILDNVMKNP GSINIYEIER DSATHELTKV SEEPIHKIIT HEGLDAATVA G WSTKGKYI IAGHKDGKIS KYDVSNNYEY VDSIDLHEKS ISDMQFSPDL TYFITSSRDT NSFLVDVSTL QVLKKYETDC PL NTAVITP LKEFIILGGG QEAKDVTTTS ANEGKFEARF YHKIFEEEIG RVQGHFGPLN TVAISPQGTS YASGGEDGFI RLH HFEKSY FDFKYDVEKA AEAKEHMQEA N

+
分子 #48: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 117 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #49: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #50: METHIONINE

分子名称: METHIONINE / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: MET
分子量理論値: 149.211 Da
Chemical component information

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン / メチオニン

+
分子 #51: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 1 / 式: GCP
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMMES
5.0 mMMagnessium acetate
80.0 mMPotassium acetate
10.0 mMAmmonium acetate
2.0 mMDithiothreitol (DTT)
0.001 mMZinc acetate
0.6 mMATPアデノシン三リン酸
0.25 mMGDPCP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 90.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2100 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 32 frames per second
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 394672
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4v88

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 157868
詳細FEI Falcon III

-
原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 49 / 当てはまり具合の基準: FSC
得られたモデル

PDB-6fyy:
Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る