[日本語] English
万見
- EMDB-4281: Zosuquidar and UIC2 Fab complex of human-mouse chimeric ABCB1 (AB... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4281
タイトルZosuquidar and UIC2 Fab complex of human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM)
マップデータZosuquidar complex of ABCB1HM-X. Final post-processed map after partial detergent belt removal.
試料
  • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
    • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
      • タンパク質・ペプチド: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCBHM)
    • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Antigen Binding Fragment Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Zosuquidarゾスキダル
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of anion channel activity / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / regulation of response to osmotic stress ...positive regulation of anion channel activity / ceramide translocation / terpenoid transport / ceramide floppase activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / external side of apical plasma membrane / regulation of response to osmotic stress / Atorvastatin ADME / phosphatidylcholine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / transepithelial transport / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / xenobiotic transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / 細胞膜 / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Alam A / Locher KP
資金援助 スイス, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
National Institutes of Health 米国
European Molecular Biology Organization スイス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of a zosuquidar and UIC2-bound human-mouse chimeric ABCB1.
著者: Amer Alam / Raphael Küng / Julia Kowal / Robert A McLeod / Nina Tremp / Eugenia V Broude / Igor B Roninson / Henning Stahlberg / Kaspar P Locher /
要旨: The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer ...The multidrug transporter ABCB1 (P-glycoprotein) is an ATP-binding cassette transporter that has a key role in protecting tissues from toxic insult and contributes to multidrug extrusion from cancer cells. Here, we report the near-atomic resolution cryo-EM structure of nucleotide-free ABCB1 trapped by an engineered disulfide cross-link between the nucleotide-binding domains (NBDs) and bound to the antigen-binding fragment of the human-specific inhibitory antibody UIC2 and to the third-generation ABCB1 inhibitor zosuquidar. Our structure reveals the transporter in an occluded conformation with a central, enclosed, inhibitor-binding pocket lined by residues from all transmembrane (TM) helices of ABCB1. The pocket spans almost the entire width of the lipid membrane and is occupied exclusively by two closely interacting zosuquidar molecules. The external, conformational epitope facilitating UIC2 binding is also visualized, providing a basis for its inhibition of substrate efflux. Additional cryo-EM structures suggest concerted movement of TM helices from both halves of the transporters associated with closing the NBD gap, as well as zosuquidar binding. Our results define distinct recognition interfaces of ABCB1 inhibitory agents, which may be exploited for therapeutic purposes.
履歴
登録2018年2月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月21日-
マップ公開2018年2月21日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fn1
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4281.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Zosuquidar complex of ABCB1HM-X. Final post-processed map after partial detergent belt removal.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.13838151 - 0.22620861
平均 (標準偏差)-0.00004454797 (±0.004538118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 294.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z294.000294.000294.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.1380.226-0.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zo...

全体名称: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
要素
  • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
    • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
      • タンパク質・ペプチド: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCBHM)
    • 複合体: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Antigen Binding Fragment Heavy Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: Zosuquidarゾスキダル

-
超分子 #1: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zo...

超分子名称: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 195 KDa

-
超分子 #2: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zo...

超分子名称: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
超分子 #3: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zo...

超分子名称: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCB1HM) complex with UIC2 fab and zosuquidar
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCBHM)

分子名称: Human-mouse chimeric ABCB1 (ABCBHM) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.719953 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PAVSVLTMFR YAGWLDRLYM LVGTLAAIIH GVALPLMMLI FGEMTDIFAN AGNLEDLMSN ITNRSDINDT GFFMNLEEDM TTYAYYYTG IGAGVLIVAY IQVSFWLLAA GRQIHKIRQK FFHAIMNQEI GWFDVHDVGE LNTRLTDDVS KINEGIGDKI G MFFQAMAT ...文字列:
PAVSVLTMFR YAGWLDRLYM LVGTLAAIIH GVALPLMMLI FGEMTDIFAN AGNLEDLMSN ITNRSDINDT GFFMNLEEDM TTYAYYYTG IGAGVLIVAY IQVSFWLLAA GRQIHKIRQK FFHAIMNQEI GWFDVHDVGE LNTRLTDDVS KINEGIGDKI G MFFQAMAT FFGGFIIGFT RGWKLTLVIL AISPVLGLSA GIWAKILSSF TDKELHAYAK AGAVAEEVLA AIRTVIAFGG QK KELERYN NNLEEAKRLG IKKAITANIS MGAAFLLIYA SYALAFWYGT TLVLSGEYSI GQVLTVFFSV LIGAFSVGQA SPN IEAFAN ARGAAYEVFK IIDNKPSIDS FSKSGHKPDN IQGNLEFKNI HFSYPSRKEV QILKGLNLKV KSGQTVALVG NSGA GKSTT VQLMQRLYDP LDGMVSIDGQ DIRTINVRYL REIIGVVSQE PVLFATTIAE NIRYGREDVT MDEIEKAVKE ANAYD FIMK LPHQFDTLVG ERGAQLSGGQ KQRIAIARAL VRNPKILLLD EATCALDTES EAVVQAALDK AREGRTTIVI AHRLST VRN ADVIAGFDGG VIVEQGNHDE LMREKGIYFK LVMTQTAGNE IELGNEAAKS KDEIDNLDMS SKDSGSSLIR RRSTRKS IA GPHDQDRKLS TKEALDEDVP PASFWRILKL NSTEWPYFVV GIFVAIINGG LQPAFSVIFS KIIGVFTRID DPETKRQN S NLFSLLFLIL GIISFITFFL QGFTFGKAGE ILTKRLRYMV FKSMLRQDVS WFDDPKNTTG ALTTRLANDA AQVKGATGS RLAVIFQNIA NLGTGIIISF IYGWQLTLLL LAIVPIIAIA GVVEMKMLSG QALKDKKELE GSGKIATEAI ENFRTVVSLT REQKFETMY AQSLQIPYRN AMKKAHVFGI TFSFTQAMMY FSYAAAFRFG AYLVAHKLMS FEDVLLVFSA IVFGAMAVGQ V SSFAPDYA KATVSASHII RIIEKTPEID SYSTQGLKPN MLEGNVQFSG VVFNYPTRPS IPVLQGLSLE VKKGQTLALV GS SGAGKST VVQLLERFYD PMAGSVFLDG KEIKQLNVQW LRAQLGIVSQ EPILFDTSIA ENIAYGDNSR VVSYEEIVRA AKE ANIHQF IDSLPDKYNT RVGDKGTQLS GGQKQRIAIA RALVRQPHIL LLDEATCALD TESEKVVQEA LDKAREGRTT IVIA HRLST IQNADLIVVI QNGKVKEHGT HQQLLAQKGI YFSMVSVQAG AKRS

-
分子 #2: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain

分子名称: UIC2 Antigen Binding Fragment Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.321039 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS ...文字列:
QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS WTDQDSKDST YSMSSTLTLT KDEYERHNSY TCEATHKTST SPIVKSFNRN EC

-
分子 #3: UIC2 Antigen Binding Fragment Heavy Chain

分子名称: UIC2 Antigen Binding Fragment Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.381281 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列:
EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVTSSTWP SQSITCNVAH PASSTKVDKK IEPRGPT

-
分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

-
分子 #5: Zosuquidar

分子名称: Zosuquidar / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZQU
分子量理論値: 527.604 Da
Chemical component information

ChemComp-ZQU:
Zosuquidar / LY-335979 / 抗腫瘍剤*YM / ゾスキダル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.54 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 231969

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る