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- EMDB-4277: CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4277
タイトルCryoEM Structure INO80core Nucleosome complex
マップデータ
試料
  • 複合体: INO80core Nucleosome Complex
    • 複合体: INO80core
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: Synthetic deoxyribonucleic acid
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / DASH complex / heterochromatin formation => GO:0031507 / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / Metalloprotease DUBs / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / attachment of spindle microtubules to kinetochore / chromatin => GO:0000785 ...RMTs methylate histone arginines / DASH complex / heterochromatin formation => GO:0031507 / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / Metalloprotease DUBs / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / attachment of spindle microtubules to kinetochore / chromatin => GO:0000785 / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of megakaryocyte differentiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / SUMOylation of chromatin organization proteins / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / helicase activity / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / 紡錘体 / 動原体 / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / antibacterial humoral response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / ヘリカーゼ / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / クロマチンリモデリング / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / DNA修復 / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / INO80 complex, subunit Ies6 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain ...DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4 / INO80 complex subunit B-like conserved region / INO80 complex, subunit Ies2 / INO80 complex, subunit Ies6 / PAPA-1-like conserved region / PAPA-1 / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / アクチン / Actin family / アクチン / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / ATPase, nucleotide binding domain / Histone-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
INO80 complex subunit B-like conserved region domain-containing protein / RuvB-like helicase / RuvB-like helicase / Uncharacterized protein / Vps72/YL1 C-terminal domain-containing protein / Histone H2A type 1 / Histone H2A type 1 / ヒストンH4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.34 Å
データ登録者Eustermann S / Schall K / Kostrewa D / Strauss M / Hopfner K
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
European Molecular Biology OrganizationEMBO ALTF 1098-2012 ドイツ
German Research FoundationCRC1064, GRK1721 ドイツ
European Research CouncilATMMACHINE ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structural basis for ATP-dependent chromatin remodelling by the INO80 complex.
著者: Sebastian Eustermann / Kevin Schall / Dirk Kostrewa / Kristina Lakomek / Mike Strauss / Manuela Moldt / Karl-Peter Hopfner /
要旨: In the eukaryotic nucleus, DNA is packaged in the form of nucleosomes, each of which comprises about 147 base pairs of DNA wrapped around a histone protein octamer. The position and histone ...In the eukaryotic nucleus, DNA is packaged in the form of nucleosomes, each of which comprises about 147 base pairs of DNA wrapped around a histone protein octamer. The position and histone composition of nucleosomes is governed by ATP-dependent chromatin remodellers such as the 15-subunit INO80 complex . INO80 regulates gene expression, DNA repair and replication by sliding nucleosomes, the exchange of histone H2A.Z with H2A, and the positioning of + 1 and -1 nucleosomes at promoter DNA. The structures and mechanisms of these remodelling reactions are currently unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the evolutionarily conserved core of the INO80 complex from the fungus Chaetomium thermophilum bound to a nucleosome, at a global resolution of 4.3 Å and with major parts at 3.7 Å. The INO80 core cradles one entire gyre of the nucleosome through multivalent DNA and histone contacts. An Rvb1/Rvb2 AAA ATPase heterohexamer is an assembly scaffold for the complex and acts as a 'stator' for the motor and nucleosome-gripping subunits. The Swi2/Snf2 ATPase motor binds to nucleosomal DNA at superhelical location -6, unwraps approximately 15 base pairs, disrupts the H2A-DNA contacts and is poised to pump entry DNA into the nucleosome. Arp5 and Ies6 bind superhelical locations -2 and -3 to act as a counter grip for the motor, on the other side of the H2A-H2B dimer. The Arp5 insertion domain forms a grappler element that binds the nucleosome dyad, connects the Arp5 actin-fold and entry DNA over a distance of about 90 Å and packs against histone H2A-H2B near the 'acidic patch'. Our structure together with biochemical data suggests a unified mechanism for nucleosome sliding and histone editing by INO80. The motor is part of a macromolecular ratchet, persistently pumping entry DNA across the H2A-H2B dimer against the Arp5 grip until a large nucleosome translocation step occurs. The transient exposure of H2A-H2B by motor activity as well as differential recognition of H2A.Z and H2A may regulate histone exchange.
履歴
登録2018年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月14日-
マップ公開2018年4月25日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6fml
  • 表面レベル: 0.034
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4277.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4277.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.034 / ムービー #1: 0.034
最小 - 最大-0.078898385 - 0.14019749
平均 (標準偏差)0.00019601843 (±0.004939095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 360.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.400360.400360.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.0790.1400.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : INO80core Nucleosome Complex

全体名称: INO80core Nucleosome Complex
要素
  • 複合体: INO80core Nucleosome Complex
    • 複合体: INO80core
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like helicase
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like helicase
      • タンパク質・ペプチド: Ino80
      • タンパク質・ペプチド: les2
      • タンパク質・ペプチド: Ies6
      • タンパク質・ペプチド: Actin related protein 5
    • 複合体: Histone octamer
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
    • 複合体: Synthetic deoxyribonucleic acid
      • DNA: Nucleosomal DNA Strand 1
      • DNA: Nucleosomal DNA Strand 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

+
超分子 #1: INO80core Nucleosome Complex

超分子名称: INO80core Nucleosome Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
分子量理論値: 1 MDa

+
超分子 #2: INO80core

超分子名称: INO80core / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
超分子 #3: Histone octamer

超分子名称: Histone octamer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#12
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #4: Synthetic deoxyribonucleic acid

超分子名称: Synthetic deoxyribonucleic acid / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7-#8
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: RuvB-like helicase

分子名称: RuvB-like helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 50.451848 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVQISEVRGN TRDHRTAAHT HIKGLGLNSS GIAEKQAAGF VGQCAAREAC GVVVDLIKAH KMAGRGVLLA GGPGTGKTAL ALAISQELG TKIPFCPITG SEIYSTEVKK TEVLMENFRR AIGLRVRETK DVYEGEVTEM TPEEAENPLG GYGKTISTLL I GLKSARGQ ...文字列:
MVQISEVRGN TRDHRTAAHT HIKGLGLNSS GIAEKQAAGF VGQCAAREAC GVVVDLIKAH KMAGRGVLLA GGPGTGKTAL ALAISQELG TKIPFCPITG SEIYSTEVKK TEVLMENFRR AIGLRVRETK DVYEGEVTEM TPEEAENPLG GYGKTISTLL I GLKSARGQ KKLRLDPSIY EAIQKERVQV GDVIYIETNT GACKRVGRSD AYATEFDLEA EEYVPIPKGE VHKKKEIVQD VT LHDLDVA NARPQGGQDI ISMMGQLMKP KMTEITDKLR MEINKVVQKY INQGVAELIP GVLFIDEAHM LDIECFTYLN KAL ESPIAP IVVLASNRGI ATIRGADDLK AAHGIPPDFL QRLLIIPTHP YEPDEIRRIV RIRAQTEGVQ LTDAAVDRVA EHGV RISLR YCLQLLAPAS ILARVNGRTQ VDVQDIAEAE ELFLDARRSA NILTSTGESG GLHGFIS

+
分子 #2: RuvB-like helicase

分子名称: RuvB-like helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 53.212746 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAPLVTSVT ETKELRGLNL IAAHSHIRGL GVDADTLEPR PSSQGLVGQE KARKAAAVVL EMIKQGKIAG RAVLIAGPPS TGKTAIAMG MAQSLGQDVP FTTLAASEIF SLEMSKTEAL TQAFRKSIGV RIKEESEIME GEVVEIQIDR SVTGGAKQGK L TIKTTDME ...文字列:
MAAPLVTSVT ETKELRGLNL IAAHSHIRGL GVDADTLEPR PSSQGLVGQE KARKAAAVVL EMIKQGKIAG RAVLIAGPPS TGKTAIAMG MAQSLGQDVP FTTLAASEIF SLEMSKTEAL TQAFRKSIGV RIKEESEIME GEVVEIQIDR SVTGGAKQGK L TIKTTDME AIYDMGSKMI DAMTKERVMA GDIISIDKSS GKITKLGRSY ARSRDYDAMG VDTKFLQCPE GELQKRKEVV HT VSLHEID VINSRTQGFL ALFSGDTGEI RSEIRDQINT KVAEWKEEGK AEIVPGVLFI DEVHMLDIEC FSYINRALES DLA PIVIMA SNRGVSRIRG TDYKSPHGLP LDFLDRVVII NTHPYTPDEL RQILSIRAQE EEVDLTPDAL ALLTKIGQEA GLRY ASNLI TTSQLIAAKR RAKQVGVEDV QRSFKLFYDP ARSVRFVQES EKRLIGNDGV VDFSYQGAAE AAAPTLPAAA PVDPV GGEK MDMS

+
分子 #3: Ino80

分子名称: Ino80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 210.443344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDHFPTVLQR PPHFDEDGSA GTGRMRSNVV GNGSSNGARD DRGLRGGLRD ILNPVGSASQ TMPSASHGGT HSTPGTPGAP APPRPHSSF SLRSPTQTGN HHASPYSAPT SSAAATSSQQ PAGACSMLNN PFVTASTPFP PPPLQAPPSL ASSRTSPSGL Q HPPRSPLH ...文字列:
MDHFPTVLQR PPHFDEDGSA GTGRMRSNVV GNGSSNGARD DRGLRGGLRD ILNPVGSASQ TMPSASHGGT HSTPGTPGAP APPRPHSSF SLRSPTQTGN HHASPYSAPT SSAAATSSQQ PAGACSMLNN PFVTASTPFP PPPLQAPPSL ASSRTSPSGL Q HPPRSPLH APPVYYPSDV RDRDLVRDQQ TSLSFYDPTT DSKRDRDRER DRERERTGSD PESGAWSTST QNSPPKIRDS YN YSRSPSF NNSGNYPSAT GSYPPRSPVV RPHPAPPAGS MSPSAGSRTV TSPSLRHLAM PSTHSSQSAS TVLPPLARTE TPA PSARAT PASNTPSRAS GVMSFSNILS SSEPISKPRP TSPISLDNNP AMVARTEPAE RPDKGEKDKK QSRKIIKTRV SDIK SAEST PKMTRKSAVK PETPTMLRIP TKRTANGSMK HKAFSADKEK TIRDIMDQFD YESIDETEFE DELLAWKERA RRRRQ EMNR RDFIHRQSRR SDFAETEALK LQIHANLGKA RYSDLHYDEA LQEVREQELW AEKERKKDMQ RKRRREKSMA ATLEQQ AAA LQKASQAEDE AERLKYIREA ERANKKVQQT KYILQKGIKG PARNLPPIEP NLEGGTMATF SAENMEPGKV KGKGRGG RL KKSKEQKQAE KEQAELAQAA IDAGEEPPSK EETKIRIKLS KAKASAKEEA EKDKENKEPK QPKEPEKPVE EPKDPLEL K FQSKGYNQIY DQIWRDLARK DVSKVFRLAT DSYATKASNL KKTAILASKE AKRWQLRTNK GTKDLQARAK RVMRDMMGF WKRNEREERD LRKAAERLEL ENARKEEADR EAARQRRKLN FLISQTELYS HFISKKIKTH EVERSTDHPD VATDEKDKIP EPTLNINVP EPTGPIAPKV TDFNSLDFDN EDESALQAAA MANAQNAIAE AQKKAREFNK DETKLDEDGE MNFQHPELTE F EVAQPKLL NCQLKEYQLK GLNWLVNLYE QGINGILADE MGLGKTVQSI SVMAYLAERY DIWGPFLVVA PASTLHNWQQ EV SKFVPDF KVLPYWGTAA DRKVLRKFWD RKHTTYKKDS PFHVMITSYQ LVVSDVAYFQ KMKWQYMILD EAQAIKSSQS SRW KCLLGF HCRNRLLLTG TPIQNNMQEL WALLHFIMPS LFDSHDEFSE WFSKDIESHA QSNTKLNEDQ LKRLHMILKP FMLR RVKKH VQKELGDKIE IDVFCELSYR QRAMYQSLRN QISIMDLIEK ATVGDNEDSA TLMNLVMQFR KVCNHPDLFE RADTS SPFF CGHFAETGSF LREGTNVALG YSTRSLVEYR LPRLIWCDGG RLDKPGPGNL VAGFRSKYLN HMMNIWTPEN IRSSLE GIE NFTWLRFVDT SLQEAYRASH TDVFARAVDL ASKQNRLGHM QIVYDEPEDK KWTPVHALFQ ICERENPKAV AEITTEG VL RDLMNIARVK YRELGLCRLE KAARPRASAP PIEVVCDSRS AVIERENIMF HPAMRKALFG PTPSEIKEAS FGPRPVTL Y PPRALLPAPD HDKQRFTNIT VPSMARFVTD SGKLAKLDEL LRELKEGGHR VLLYFQMTRM IDLMEEYLTY RNYKYCRLD GSTKLEDRRD TVADFQTRPE IFIFLLSTRA GGLGINLTTA DTVIFYDSDW NPTIDSQAMD RAHRLGQTKQ VTVYRLITRG TIEERIRKR ALQKEEVQRV VITGTGSVDF SGRRPPENRN RDIAMWLADD EQAEMIERRE KELIESGEYD KIMQQRRKGG K RKRGAANG DTVPSLEDMY HEGEGHFDDN KGSGAATPVD ADSLGRGGKR KKAGGSKKAK TTKQRLAIAD GEIDDGEIDI DY KDDDDKG TDYKDDDDK

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分子 #4: les2

分子名称: les2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 52.018512 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSTRPRRHAA QRASQAITDL ADRDRESDHS HGPISSRMSS FNSSSRSRLP GKGIASVSRS EAGGASDPEH IHLTVKLPSS KLRQATSSS GIKKAGSVGS SSSSSGGGKA AVKRARGGKR SRVLESSEEE EEENEVEVLG DEDEEEEEEE DEIEVREGEG Y DEDEEDVE ...文字列:
MSTRPRRHAA QRASQAITDL ADRDRESDHS HGPISSRMSS FNSSSRSRLP GKGIASVSRS EAGGASDPEH IHLTVKLPSS KLRQATSSS GIKKAGSVGS SSSSSGGGKA AVKRARGGKR SRVLESSEEE EEENEVEVLG DEDEEEEEEE DEIEVREGEG Y DEDEEDVE DEDEEMQDLG EEDADGEDDE MDVDAEGEED ADGDVNMDAG VVGARATTVR AVPPAIKVTK PPKESPSNGK AA TASKAND NAVPVKRPAP DSDDESLSSL ESEPEEEVNV AGGEDAEGED DDAEGEVDAE GEEEEEEEEI EVADEDAEGE DVE QDEDED EEEEDDDDEM ISRAQTPDMS RLTARQRARL GEASGEYLKL SDEVQSKKHF TAEELS(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)KQ APRTTRRAAQ AAAAAEEAEE AAK QPKRPD PMMIRWVNNK MGSVVAVPEE LLGTHAGVVF GAGPGKGLPA GKMVEEVS

+
分子 #5: Ies6

分子名称: Ies6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 23.127523 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNPDAQSAQ AAHQALVEQL DLHSIHKTFR NPNWRPNQRR NKTIKAILGE SQRKEASSTS AVATPRADDN GGGSGADTPA NNDNNDGLS TSGTSTPANG NGSGAGTPAS NGQPNLAQAS RSLQKLVLEK SLASAQAPDK KAANGFASSA PTATYTNIES A PSLAPMKH ...文字列:
MSNPDAQSAQ AAHQALVEQL DLHSIHKTFR NPNWRPNQRR NKTIKAILGE SQRKEASSTS AVATPRADDN GGGSGADTPA NNDNNDGLS TSGTSTPANG NGSGAGTPAS NGQPNLAQAS RSLQKLVLEK SLASAQAPDK KAANGFASSA PTATYTNIES A PSLAPMKH YCDVTGLPAP YLDPKTRLRY HNKEIFAMIR NLPQGMGEQF LEARGAHTVL K

+
分子 #6: Actin related protein 5

分子名称: Actin related protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
分子量理論値: 85.996453 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPSAVAEPP PIPQRDEPWK RLPPPTVYPV KEARFEKYIP PQLDGRERAL AQPPGQVAIV IDNGSHSVRA GWNFEDKPRL AIPPIMSKY RDRKMGKTFS FAGSDCYADT TARSHIRNAF EAGTGIVSNW DVMEHVLDYV FVKLGMNECD GAIDMPIVMT E AVANLPYS ...文字列:
MAPSAVAEPP PIPQRDEPWK RLPPPTVYPV KEARFEKYIP PQLDGRERAL AQPPGQVAIV IDNGSHSVRA GWNFEDKPRL AIPPIMSKY RDRKMGKTFS FAGSDCYADT TARSHIRNAF EAGTGIVSNW DVMEHVLDYV FVKLGMNECD GAIDMPIVMT E AVANLPYS RKSMSEIIFE CYGAPSLVYG IDSLFSFRHN QGQTGLVVSS SYSATHVIPV YNRKALLSQA IRLNWGGWHM AE YMLKLLK LKYYTGFPGK LNSSQTEHMV RDFCYVSLDY DRELAGYLDW TGLEDRERIV QYPYTEEVVV QKTEEELARI AER KKESGR RLQEQAAKMR LERLMKKEQE LEYYKDIQRR MQGESKKEIK RLLDEAELKD EAALERVIRD LERSIKRARQ KDLG EPEEE EVPDFSLLDV PDDQLDEAGL RQKRQQRLLK SNWEARQRAK AEKEAEKARL AEEARLDEER RKNDL(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)GNRKS (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)NP TGSGSRKRRR GGAGADQD D DFGADDADWG VYRSVAIGAN KGDDSDDEEG (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)LRYD KTFSYDMTLD AQRDWSKSLL HAFRYGPRPF DPSSQAETHR VHLNVE RIR VPEVLFQPAA IAGVDQAGLV EIAGDILCQR LPSLPGIQDA PDAFLRDVFL TGGNTLFQNF DERLRQGLMA LLPVGAP LR VRRAQDAILD AWRGAAGWAC TEEAKAAWIT REEYLEKGGE YIKEHDLGNA FA

+
分子 #9: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.289904 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVGLFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

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分子 #10: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

+
分子 #11: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.990342 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKA RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAIRN DEELNKLLGK VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

+
分子 #12: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.806018 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK AQKKDGKKRK RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK

+
分子 #7: Nucleosomal DNA Strand 1

分子名称: Nucleosomal DNA Strand 1 / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 60.652645 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA) ...文字列:
(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DT) (DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA)

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分子 #8: Nucleosomal DNA Strand 2

分子名称: Nucleosomal DNA Strand 2 / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 60.376426 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DC) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC) (DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)

+
分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

+
分子 #14: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Monodisperse sample: INO80core complex reconstituted with nucleosomal substrate was purified by gelfiltration. Addition of nucleotides or crosslinking was not required.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3992 / 平均電子線量: 59.6 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode with 4 frames per second and 10s total aquisition
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 251692
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: An initial ab initio model was generated using CryoSPARC
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
詳細: An initial ab initio model was generated using CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.1b)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.1b) / 使用した粒子像数: 33937
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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