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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4274 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of E.coli RNA polymerase paused elongation complex without RNA hairpin bound to NusA | |||||||||
マップデータ | E. coli RNA polymerase paused elongation complex bound to NusA without density for RNA hairpin | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / synthetic construct (人工物) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo X / Weixlbaumer A | |||||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: Structural Basis for NusA Stabilized Transcriptional Pausing. 著者: Xieyang Guo / Alexander G Myasnikov / James Chen / Corinne Crucifix / Gabor Papai / Maria Takacs / Patrick Schultz / Albert Weixlbaumer / 要旨: Transcriptional pausing by RNA polymerases (RNAPs) is a key mechanism to regulate gene expression in all kingdoms of life and is a prerequisite for transcription termination. The essential bacterial ...Transcriptional pausing by RNA polymerases (RNAPs) is a key mechanism to regulate gene expression in all kingdoms of life and is a prerequisite for transcription termination. The essential bacterial transcription factor NusA stimulates both pausing and termination of transcription, thus playing a central role. Here, we report single-particle electron cryo-microscopy reconstructions of NusA bound to paused E. coli RNAP elongation complexes with and without a pause-enhancing hairpin in the RNA exit channel. The structures reveal four interactions between NusA and RNAP that suggest how NusA stimulates RNA folding, pausing, and termination. An asymmetric translocation intermediate of RNA and DNA converts the active site of the enzyme into an inactive state, providing a structural explanation for the inhibition of catalysis. Comparing RNAP at different stages of pausing provides insights on the dynamic nature of the process and the role of NusA as a regulatory factor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4274.map.gz | 78.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4274-v30.xml emd-4274.xml | 30 KB 30 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4274_fsc.xml | 11.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4274.png | 52.4 KB | ||
マスクデータ | emd_4274_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4274_half_map_1.map.gz emd_4274_half_map_2.map.gz | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4274 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4274 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli RNA polymerase paused elongation complex bound to NusA without density for RNA hairpin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4274_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4274_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4274_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase paused elongation com...
+超分子 #1: Cryo-EM structure of E. coli RNA polymerase paused elongation com...
+超分子 #2: RNA polymerase and NusA
+超分子 #3: Nucleic acids
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: DNA (30-MER)
+分子 #7: DNA (39-MER)
+分子 #6: RNA (5'-R(P*GP*AP*UP*GP*UP*GP*UP*GP*CP*U)-3')
+分子 #8: MAGNESIUM ION
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-40 / 実像数: 4957 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6flp: |