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万見
- EMDB-4240: Human Bact spliceosome state 8 unmasked -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4240
タイトルHuman Bact spliceosome state 8 unmasked
マップデータ
試料
  • 複合体: human Bact spliceosome state 1 unmasked
機能・相同性
機能・相同性情報


post-spliceosomal complex / RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / snRNP binding / U2 snRNP binding / post-mRNA release spliceosomal complex / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding ...post-spliceosomal complex / RES complex / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / snoRNA splicing / U11/U12 snRNP / snRNP binding / U2 snRNP binding / post-mRNA release spliceosomal complex / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / U7 snRNP / 3'-5' RNA helicase activity / B-WICH complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / embryonic brain development / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / miRNA processing / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pre-mRNA binding / nuclear retinoic acid receptor binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / U1 snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / Prp19 complex / blastocyst formation / poly(A) binding / positive regulation of androgen receptor activity / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / mRNA 3'-end processing / : / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / positive regulation by host of viral transcription / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / U2 snRNP / SAGA complex / Notch binding / nuclear vitamin D receptor binding / RNA Polymerase II Transcription Termination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / U1 snRNP / RUNX3 regulates NOTCH signaling / RHOBTB1 GTPase cycle / U2-type prespliceosome / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / pattern recognition receptor activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / WD40-repeat domain binding / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / positive regulation of neurogenesis / lipid biosynthetic process / precatalytic spliceosome / nuclear androgen receptor binding / cyclosporin A binding / spliceosomal complex assembly / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Notch-HLH transcription pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / Formation of paraxial mesoderm / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / mRNA 3'-splice site recognition / blastocyst development / protein localization to nucleus / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / transcription-coupled nucleotide-excision repair / U5 snRNA binding / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Bud13 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / PWI domain superfamily / : / : ...Pre-mRNA-splicing factor CWC24-like / Ist3-like, RNA recognition motif / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Bud13 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / Pre-mRNA-splicing factor of RES complex / PWI domain superfamily / : / : / PWI domain / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / PWI domain profile. / SF3B6, RNA recognition motif / : / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Splicing factor 3A subunit 1, ubiquitin domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Splicing factor SF3a60 binding domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / Splicing factor SF3a60 binding domain / PWI domain / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / PWI, domain in splicing factors / Cactus-binding C-terminus of cactin protein / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 2 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'', RNA recognition motif 1 / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / SF3A2 domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Splicing factor 3B, subunit 5 / Helix hairpin bin domain superfamily / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / mRNA splicing factor Cwf21 domain / cwf21 domain / Splicing factor 3B subunit 1 / Splicing factor 3B subunit 1 / Domain of unknown function DUF382 / Pre-mRNA-processing factor 17 / Domain of unknown function (DUF382) / : / STL11, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / : / U-box domain / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / DNA2/NAM7-like helicase / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / Zinc-finger of C2H2 type / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / PHF5-like / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / Myb-like DNA-binding domain / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Splicing factor 3B subunit 1-like / Zinc finger matrin-type profile. / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ...E3 ubiquitin-protein ligase RNF113A / Pleiotropic regulator 1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase DHX16 / RNA helicase aquarius / Pre-mRNA-processing factor 17 / Splicing factor 3B subunit 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Protein BUD31 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Splicing factor 3A subunit 3 / Splicing factor 3B subunit 2 / SNW domain-containing protein 1 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Splicing factor 3B subunit 3 / Splicing factor 3A subunit 2 / Splicing factor 3A subunit 1 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Spliceosome-associated protein CWC27 homolog / PHD finger-like domain-containing protein 5A / Serine/arginine repetitive matrix protein 1 / Smad nuclear-interacting protein 1 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / Cell division cycle 5-like protein / BUD13 homolog / Splicing factor 3B subunit 5 / Crooked neck-like protein 1 / Pre-mRNA-splicing factor CWC22 homolog / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog / Pre-mRNA-processing factor 19 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Serine/arginine repetitive matrix protein 2 / RNA-binding motif protein, X-linked 2 / Splicing factor 3B subunit 6 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Haselbach D / Komarov I / Agafonov D / Kastner B / Luehrmann R / Stark H
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B Complex.
著者: David Haselbach / Ilya Komarov / Dmitry E Agafonov / Klaus Hartmuth / Benjamin Graf / Olexandr Dybkov / Henning Urlaub / Berthold Kastner / Reinhard Lührmann / Holger Stark /
要旨: The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In ...The spliceosome is a highly dynamic macromolecular complex that precisely excises introns from pre-mRNA. Here we report the cryo-EM 3D structure of the human B spliceosome at 3.4 Å resolution. In the B state, the spliceosome is activated but not catalytically primed, so that it is functionally blocked prior to the first catalytic step of splicing. The spliceosomal core is similar to the yeast B spliceosome; important differences include the presence of the RNA helicase aquarius and peptidyl prolyl isomerases. To examine the overall dynamic behavior of the purified spliceosome, we developed a principal component analysis-based approach. Calculating the energy landscape revealed eight major conformational states, which we refined to higher resolution. Conformational differences of the highly flexible structural components between these eight states reveal how spliceosomal components contribute to the assembly of the spliceosome, allowing it to generate a dynamic interaction network required for its subsequent catalytic activation.
履歴
登録2017年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2018年2月7日-
現状2018年2月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ff7
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4240.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4240.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.014408626 - 0.06181489
平均 (標準偏差)0.00064544595 (±0.004007307)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 487.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z487.200487.200487.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0140.0620.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human Bact spliceosome state 1 unmasked

全体名称: human Bact spliceosome state 1 unmasked
要素
  • 複合体: human Bact spliceosome state 1 unmasked

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超分子 #1: human Bact spliceosome state 1 unmasked

超分子名称: human Bact spliceosome state 1 unmasked / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: HELA
分子量理論値: 4.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
1.5 mMMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot with blotting sensor.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector with two hexapoles elements
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
アライメント法Coma free - Residual tilt: 14.0 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 32000 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3300000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 3次元分類クラス数: 220 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 165853

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ff7:
human Bact spliceosome core structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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