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- EMDB-4191: In situ cryo-electron tomogram from Rat neuron with C9ORF72 Poly-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4191
タイトルIn situ cryo-electron tomogram from Rat neuron with C9ORF72 Poly-GA aggregates
マップデータTomogram of Rat neuron cell
試料
  • 細胞: in situ tomogram from Rat neuron
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Guo Q / Lehmer C / Martinez-Sanchez A / Rudack T / Beck F / Hartmann H / Hipp MS / Hartl FU / Edbauer D / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego F
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment.
著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter ...著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter Edbauer / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego /
要旨: Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo- ...Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo-electron tomography to dissect the molecular architecture of protein aggregates within intact neurons at high resolution. We focus on the poly-Gly-Ala (poly-GA) aggregates resulting from aberrant translation of an expanded GGGGCC repeat in C9orf72, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. We find that poly-GA aggregates consist of densely packed twisted ribbons that recruit numerous 26S proteasome complexes, while other macromolecules are largely excluded. Proximity to poly-GA ribbons stabilizes a transient substrate-processing conformation of the 26S proteasome, suggesting stalled degradation. Thus, poly-GA aggregates may compromise neuronal proteostasis by driving the accumulation and functional impairment of a large fraction of cellular proteasomes.
履歴
登録2017年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2018年2月21日-
現状2018年2月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4191.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4191.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 232.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of Rat neuron cell
ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.68 Å
密度
最小 - 最大-21541.451000000000931 - 6443.688500000000204
平均 (標準偏差)0.25738844 (±464.516700000000014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0011
サイズ92692671
Spacing92692671
セルA: 12667.681 Å / B: 12667.681 Å / C: 971.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.68000107991413.68000107991413.68
M x/y/z92692671
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12667.68112667.681971.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0011
NC/NR/NS92692671
D min/max/mean-21541.4516443.6880.257

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : in situ tomogram from Rat neuron

全体名称: in situ tomogram from Rat neuron
要素
  • 細胞: in situ tomogram from Rat neuron

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超分子 #1: in situ tomogram from Rat neuron

超分子名称: in situ tomogram from Rat neuron / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was coated with C prior to use
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細FIB milled rat primary neurons
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 nA / 集束イオンビーム - Dose rate: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 100 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 90 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1500 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: 11nA rough milling. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so ...集束イオンビーム - 詳細: 11nA rough milling. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Scios. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 59

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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