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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4185 | |||||||||
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タイトル | Human GroEL obtained by grid-blotting from blue native PAGE | |||||||||
マップデータ | Grid blotted from blue native PAGE human GroEL | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / フォールディング / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kirykowicz AM / Woodward JD | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human GroEL obtained by grid-blotting from blue native PAGE 著者: Kirykowicz AM / Woodward JD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4185.map.gz | 374.1 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4185-v30.xml emd-4185.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4185.png | 27.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4185 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Grid blotted from blue native PAGE human GroEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GroEL only
全体 | 名称: GroEL only |
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要素 |
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-超分子 #1: GroEL only
超分子 | 名称: GroEL only / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Obtained from Sigma-Aldrich |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 840 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 詳細: Diluted in 50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl (pH 8.0). 1-5 ug of GroEL run on blue native page: Anode buffer: 25 mM Imidazole Cathode buffer A: 50 mM Tricine, 7.5 mM Imidazole, 0.02% Coomassie G250 ...詳細: Diluted in 50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl (pH 8.0). 1-5 ug of GroEL run on blue native page: Anode buffer: 25 mM Imidazole Cathode buffer A: 50 mM Tricine, 7.5 mM Imidazole, 0.02% Coomassie G250 (pH 7.0) Cathode buffer B: 50 mM Tricine, 7.5 mM Imidazole, 0.002% Coomassie G250 (pH 7.0) |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate 詳細: 1-5 ug of groEL was run on a blue native PAGE gel. Sample was transferred to grid by grid blotting procedure and washed/stained with 2% UA. |
グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
詳細 | Bought from Sigma-Aldrich (Germany) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.2 mm / 倍率(公称値): 50000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 463 / 詳細: Manual picking |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Starting model generated from EMAN Common Lines with C7 symmetry imposed |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / 詳細: EMAN |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING 詳細: EMAN procedure: 5 iteration of 10 degrees (19 classes generated), 5 iterations of 8 degrees (23 classes generated), 10 iterations of 5 degrees (61 classes generated), and 6 iterations of 3 ...詳細: EMAN procedure: 5 iteration of 10 degrees (19 classes generated), 5 iterations of 8 degrees (23 classes generated), 10 iterations of 5 degrees (61 classes generated), and 6 iterations of 3 degrees (155 classes generated) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 詳細: EMAN procedure / 使用した粒子像数: 463 |