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- EMDB-4174: CryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4174
タイトルCryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV)
マップデータAgeratum Yellow Vein virus cryoEM density map
試料
  • ウイルス: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • DNA: ssDNA loop
    • タンパク質・ペプチド: coat protein subunit I
    • タンパク質・ペプチド: coat protein subunit H
    • DNA: ssDNA loop associated with subunit H
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus AR1 coat protein / Geminivirus AR1/BR1 coat protein / Geminivirus coat protein/nuclear export factor BR1 family / Viral coat protein subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hesketh EL / Saunders K / Fisher C / Potze J / Stanley J / Lomonossoff GP / Ranson NA
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L021250/1 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L020955/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/P012523/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004596/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The 3.3 Å structure of a plant geminivirus using cryo-EM.
著者: Emma L Hesketh / Keith Saunders / Chloe Fisher / Joran Potze / John Stanley / George P Lomonossoff / Neil A Ranson /
要旨: Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. ...Geminiviruses are major plant pathogens that threaten food security globally. They have a unique architecture built from two incomplete icosahedral particles, fused to form a geminate capsid. However, despite their importance to agricultural economies and fundamental biological interest, the details of how this is realized in 3D remain unknown. Here we report the structure of Ageratum yellow vein virus at 3.3 Å resolution, using single-particle cryo-electron microscopy, together with an atomic model that shows that the N-terminus of the single capsid protein (CP) adopts three different conformations essential for building the interface between geminate halves. Our map also contains density for ~7 bases of single-stranded DNA bound to each CP, and we show that the interactions between the genome and CPs are different at the interface than in the rest of the capsid. With additional mutagenesis data, this suggests a central role for DNA binding-induced conformational change in directing the assembly of geminate capsids.
履歴
登録2017年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6f2s
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6f2s
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4174.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4174.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ageratum Yellow Vein virus cryoEM density map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.17064932 - 0.2795285
平均 (標準偏差)0.0006186557 (±0.011320367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 477.12003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z448448448
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.120477.120477.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS448448448
D min/max/mean-0.1710.2800.001

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添付データ

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追加マップ: Ageratum Yellow Vein virus unsharpened

ファイルemd_4174_additional.map
注釈Ageratum Yellow Vein virus unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ageratum yellow vein virus

全体名称: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
    • DNA: ssDNA loop
    • タンパク質・ペプチド: coat protein subunit I
    • タンパク質・ペプチド: coat protein subunit H
    • DNA: ssDNA loop associated with subunit H

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超分子 #1: Ageratum yellow vein virus

超分子名称: Ageratum yellow vein virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 44560 / 生物種: Ageratum yellow vein virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ageratum (カッコウアザミ属)
分子量理論値: 251 KDa

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
分子量理論値: 22.500703 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列: PDVPKGCEGP CKVQSYEQRH DISHVGKVLC VSDVTRGNGL THRVGKRFCV KSVYVLGKIW MDENIKTKNH TNTVMFYLVR DRRPFGTAM DFGQVFNMYD NEPSTATIKN DLRDRYQVLR KFTSTVTGGQ YASKEQALVK KFMKINNYVV YNHQEAAKYD N HTENALLL ...文字列:
PDVPKGCEGP CKVQSYEQRH DISHVGKVLC VSDVTRGNGL THRVGKRFCV KSVYVLGKIW MDENIKTKNH TNTVMFYLVR DRRPFGTAM DFGQVFNMYD NEPSTATIKN DLRDRYQVLR KFTSTVTGGQ YASKEQALVK KFMKINNYVV YNHQEAAKYD N HTENALLL YMACTHASNP VYATLKIRIY FYDSVQN

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分子 #3: coat protein subunit I

分子名称: coat protein subunit I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
分子量理論値: 23.644094 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列: RLYRMYRTPD VPKGCEGPCK VQSYEQRHDI SHVGKVLCVS DVTRGNGLTH RVGKRFCVKS VYVLGKIWMD ENIKTKNHTN TVMFYLVRD RRPFGTAMDF GQVFNMYDNE PSTATIKNDL RDRYQVLRKF TSTVTGGQYA SKEQALVKKF MKINNYVVYN H QEAAKYDN ...文字列:
RLYRMYRTPD VPKGCEGPCK VQSYEQRHDI SHVGKVLCVS DVTRGNGLTH RVGKRFCVKS VYVLGKIWMD ENIKTKNHTN TVMFYLVRD RRPFGTAMDF GQVFNMYDNE PSTATIKNDL RDRYQVLRKF TSTVTGGQYA SKEQALVKKF MKINNYVVYN H QEAAKYDN HTENALLLYM ACTHASNPVY ATLKIRIYFY DSVQN

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分子 #4: coat protein subunit H

分子名称: coat protein subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
分子量理論値: 25.664473 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ベンサミアナタバコ)
配列文字列: NRRRTWTNRP MYRKPRLYRM YRTPDVPKGC EGPCKVQSYE QRHDISHVGK VLCVSDVTRG NGLTHRVGKR FCVKSVYVLG KIWMDENIK TKNHTNTVMF YLVRDRRPFG TAMDFGQVFN MYDNEPSTAT IKNDLRDRYQ VLRKFTSTVT GGQYASKEQA L VKKFMKIN ...文字列:
NRRRTWTNRP MYRKPRLYRM YRTPDVPKGC EGPCKVQSYE QRHDISHVGK VLCVSDVTRG NGLTHRVGKR FCVKSVYVLG KIWMDENIK TKNHTNTVMF YLVRDRRPFG TAMDFGQVFN MYDNEPSTAT IKNDLRDRYQ VLRKFTSTVT GGQYASKEQA L VKKFMKIN NYVVYNHQEA AKYDNHTENA LLLYMACTHA SNPVYATLKI RIYFYDSVQN

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分子 #2: ssDNA loop

分子名称: ssDNA loop / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 10 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
分子量理論値: 2.05139 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)

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分子 #5: ssDNA loop associated with subunit H

分子名称: ssDNA loop associated with subunit H / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Ageratum yellow vein virus (ウイルス)
分子量理論値: 1.762208 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: NaPo4 / 構成要素 - 名称: Sodium phosphate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 2000.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa / 詳細: PELCO easiglow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.3 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 78.0 K / 最高: 78.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12028 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 110.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 116240
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 0.5)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Negative stain electron microscopy map produced in house
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 64932
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6f2s:
CryoEM structure of Ageratum Yellow Vein virus (AYVV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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