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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4173 | |||||||||||||||
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タイトル | A FliPQR complex forms the core of the Salmonella type III secretion system export apparatus.Type three secretion system | |||||||||||||||
マップデータ | Post-processed (B-factor sharpened and masked) map | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum organization / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / protein targeting / membrane => GO:0016020 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica (サルモネラ菌) / Salmonella enterica subsp. enterica (サルモネラ菌) / Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Johnson S / Kuhlen L / Abrusci P / Lea SM | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structure of the core of the type III secretion system export apparatus. 著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol ...著者: Lucas Kuhlen / Patrizia Abrusci / Steven Johnson / Joseph Gault / Justin Deme / Joseph Caesar / Tobias Dietsche / Mehari Tesfazgi Mebrhatu / Tariq Ganief / Boris Macek / Samuel Wagner / Carol V Robinson / Susan M Lea / 要旨: Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are ...Export of proteins through type III secretion systems is critical for motility and virulence of many major bacterial pathogens. Three putative integral membrane proteins (FliP, FliQ, FliR) are suggested to form the core of an export gate in the inner membrane, but their structure, assembly and location within the final nanomachine remain unclear. Here, we present the cryoelectron microscopy structure of the Salmonella Typhimurium FliP-FliQ-FliR complex at 4.2 Å. None of the subunits adopt canonical integral membrane protein topologies, and common helix-turn-helix structural elements allow them to form a helical assembly with 5:4:1 stoichiometry. Fitting of the structure into reconstructions of intact secretion systems, combined with cross-linking, localize the export gate as a core component of the periplasmic portion of the machinery. This study thereby identifies the export gate as a key element of the secretion channel and implies that it primes the helical architecture of the components assembling downstream. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4173.map.gz | 7.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4173-v30.xml emd-4173.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4173_fsc.xml | 8.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4173.png | 62.9 KB | ||
その他 | emd_4173_half_map_1.map.gz emd_4173_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post-processed (B-factor sharpened and masked) map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_4173_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_4173_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of the flagellar type III secretion system export apparat...
全体 | 名称: Complex of the flagellar type III secretion system export apparatus components FliP, FliQ and FliRType three secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the flagellar type III secretion system export apparat...
超分子 | 名称: Complex of the flagellar type III secretion system export apparatus components FliP, FliQ and FliR タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica (サルモネラ菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Mt56 |
分子量 | 実験値: 195 kDa/nm |
-分子 #1: Flagellar biosynthetic protein FliP
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 26.769021 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MRRLLFLSLA GLWLFSPAAA AQLPGLISQP LAGGGQSWSL SVQTLVFITS LTFLPAILLM MTSFTRIIIV FGLLRNALGT PSAPPNQVL LGLALFLTFF IMSPVIDKIY VDAYQPFSEQ KISMQEALDK GAQPLRAFML RQTREADLAL FARLANSGPL Q GPEAVPMR ...文字列: MRRLLFLSLA GLWLFSPAAA AQLPGLISQP LAGGGQSWSL SVQTLVFITS LTFLPAILLM MTSFTRIIIV FGLLRNALGT PSAPPNQVL LGLALFLTFF IMSPVIDKIY VDAYQPFSEQ KISMQEALDK GAQPLRAFML RQTREADLAL FARLANSGPL Q GPEAVPMR ILLPAYVTSE LKTAFQIGFT IFIPFLIIDL VIASVLMALG MMMVPPATIA LPFKLMLFVL VDGWQLLVGS LA QSFYS |
-分子 #2: Flagellar biosynthetic protein FliR
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Residues 265 onwards constitute the Twin-Strep tag used for purification コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 |
分子量 | 理論値: 33.06918 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIQVTSEQWL YWLHLYFWPL LRVLALISTA PILSERAIPK RVKLGLGIMI TLVIAPSLPA NDTPLFSIAA LWLAMQQILI GIALGFTMQ FAFAAVRTAG EFIGLQMGLS FATFVDPGSH LNMPVLARIM DMLAMLLFLT FNGHLWLISL LVDTFHTLPI G SNPVNSNA ...文字列: MIQVTSEQWL YWLHLYFWPL LRVLALISTA PILSERAIPK RVKLGLGIMI TLVIAPSLPA NDTPLFSIAA LWLAMQQILI GIALGFTMQ FAFAAVRTAG EFIGLQMGLS FATFVDPGSH LNMPVLARIM DMLAMLLFLT FNGHLWLISL LVDTFHTLPI G SNPVNSNA FMALARAGGL IFLNGLMLAL PVITLLLTLN LALGLLNRMA PQLSIFVIGF PLTLTVGIML MAALMPLIAP FC EHLFSEI FNLLADIVSE MPINNNPENL YFQGQFGSWS HPQFEKGGGS GGGSGGGSWS HPQFEK |
-分子 #3: Flagellar biosynthetic protein FliQ
分子 | 名称: Flagellar biosynthetic protein FliQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 9.606758 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTPESVMMMG TEAMKVALAL AAPLLLVALI TGLIISILQA ATQINEMTLS FIPKIVAVFI AIIVAGPWML NLLLDYVRTL FSNLPYIIG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 検出モード: COUNTING / #0 - 実像数: 401 / #0 - 平均電子線量: 47.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) #1 - 検出モード: COUNTING / #1 - 実像数: 1687 / #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |