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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4155 | |||||||||
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タイトル | Ribosome-bound membrane insertase YidC | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein insertion into membrane from inner side / membrane insertase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / protein insertion into membrane / protein transport / フォールディング / protein-containing complex assembly / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kedrov A / Wickles S / Crevenna AH / van der Sluis EO / Buschauer R / Berninghausen O / Lamb DC / Beckmann R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016 タイトル: Structural Dynamics of the YidC:Ribosome Complex during Membrane Protein Biogenesis. 著者: Alexej Kedrov / Stephan Wickles / Alvaro H Crevenna / Eli O van der Sluis / Robert Buschauer / Otto Berninghausen / Don C Lamb / Roland Beckmann / 要旨: Members of the YidC/Oxa1/Alb3 family universally facilitate membrane protein biogenesis, via mechanisms that have thus far remained unclear. Here, we investigated two crucial functional aspects: the ...Members of the YidC/Oxa1/Alb3 family universally facilitate membrane protein biogenesis, via mechanisms that have thus far remained unclear. Here, we investigated two crucial functional aspects: the interaction of YidC with ribosome:nascent chain complexes (RNCs) and the structural dynamics of RNC-bound YidC in nanodiscs. We observed that a fully exposed nascent transmembrane domain (TMD) is required for high-affinity YidC:RNC interactions, while weaker binding may already occur at earlier stages of translation. YidC efficiently catalyzed the membrane insertion of nascent TMDs in both fluid and gel phase membranes. Cryo-electron microscopy and fluorescence analysis revealed a conformational change in YidC upon nascent chain insertion: the essential TMDs 2 and 3 of YidC were tilted, while the amphipathic helix EH1 relocated into the hydrophobic core of the membrane. We suggest that EH1 serves as a mechanical lever, facilitating a coordinated movement of YidC TMDs to trigger the release of nascent chains into the membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4155.map.gz | 25.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4155-v30.xml emd-4155.xml | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4155.png | 51.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4155 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4155 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4155.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of translationally-stalled ribosome and membrane-embedded...
全体 | 名称: Complex of translationally-stalled ribosome and membrane-embedded YidC insertase |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of translationally-stalled ribosome and membrane-embedded...
超分子 | 名称: Complex of translationally-stalled ribosome and membrane-embedded YidC insertase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pTrc99A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 150 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 25 mM HEPES pH 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 24.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Number reference projections: 10 |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42658 |