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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4108 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of bovine respirasome | |||||||||
マップデータ | Bovine respirasome class 2 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Sousa JS / Mills DJ / Vonck J / Kuehlbrandt W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2016 タイトル: Functional asymmetry and electron flow in the bovine respirasome. 著者: Joana S Sousa / Deryck J Mills / Janet Vonck / Werner Kühlbrandt / 要旨: Respirasomes are macromolecular assemblies of the respiratory chain complexes I, III and IV in the inner mitochondrial membrane. We determined the structure of supercomplex IIIIIV from bovine heart ...Respirasomes are macromolecular assemblies of the respiratory chain complexes I, III and IV in the inner mitochondrial membrane. We determined the structure of supercomplex IIIIIV from bovine heart mitochondria by cryo-EM at 9 Å resolution. Most protein-protein contacts between complex I, III and IV in the membrane are mediated by supernumerary subunits. Of the two Rieske iron-sulfur cluster domains in the complex III dimer, one is resolved, indicating that this domain is immobile and unable to transfer electrons. The central position of the active complex III monomer between complex I and IV in the respirasome is optimal for accepting reduced quinone from complex I over a short diffusion distance of 11 nm, and delivering reduced cytochrome to complex IV. The functional asymmetry of complex III provides strong evidence for directed electron flow from complex I to complex IV through the active complex III monomer in the mammalian supercomplex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4108.map.gz | 85.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4108-v30.xml emd-4108.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4108.png | 137 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4108 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4108 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bovine respirasome class 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Respirasome
全体 | 名称: RespirasomeSupercomplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Respirasome
超分子 | 名称: Respirasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51 / 詳細: supercomplex of complex I, III and IV |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10 s blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 0.0043 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.0013 µm / 倍率(補正後): 57797 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0043 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0013 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-46 / 実像数: 3592 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / 詳細: Falcon III |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 156519 / 詳細: particles were selected manually |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 3次元分類 | クラス数: 7 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 10111 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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