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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4087 | |||||||||
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タイトル | Monomeric RNA polymerase I at 5.6 A resolution | |||||||||
マップデータ | Monomeric RNA polymerase I at 5.6 A resolution | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Torreira E / Louro JA / Gil-Carton D / Gallego O / Calvo O / Fernandez-Tornero C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: The dynamic assembly of distinct RNA polymerase I complexes modulates rDNA transcription. 著者: Eva Torreira / Jaime Alegrio Louro / Irene Pazos / Noelia González-Polo / David Gil-Carton / Ana Garcia Duran / Sébastien Tosi / Oriol Gallego / Olga Calvo / Carlos Fernández-Tornero / 要旨: Cell growth requires synthesis of ribosomal RNA by RNA polymerase I (Pol I). Binding of initiation factor Rrn3 activates Pol I, fostering recruitment to ribosomal DNA promoters. This fundamental ...Cell growth requires synthesis of ribosomal RNA by RNA polymerase I (Pol I). Binding of initiation factor Rrn3 activates Pol I, fostering recruitment to ribosomal DNA promoters. This fundamental process must be precisely regulated to satisfy cell needs at any time. We present in vivo evidence that, when growth is arrested by nutrient deprivation, cells induce rapid clearance of Pol I-Rrn3 complexes, followed by the assembly of inactive Pol I homodimers. This dual repressive mechanism reverts upon nutrient addition, thus restoring cell growth. Moreover, Pol I dimers also form after inhibition of either ribosome biogenesis or protein synthesis. Our mutational analysis, based on the electron cryomicroscopy structures of monomeric Pol I alone and in complex with Rrn3, underscores the central role of subunits A43 and A14 in the regulation of differential Pol I complexes assembly and subsequent promoter association. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4087.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4087-v30.xml emd-4087.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4087.png | 132.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4087 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Monomeric RNA polymerase I at 5.6 A resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae RNA polymerase I in the monomeric state
全体 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I in the monomeric state |
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要素 |
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-超分子 #1: S. cerevisiae RNA polymerase I in the monomeric state
超分子 | 名称: S. cerevisiae RNA polymerase I in the monomeric state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 594 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.06 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 79096 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.9 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-68 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1288 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 68.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 190750 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Negative-staining reconstruction of RNA polymerase I |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 30000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 90173 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 160 |
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