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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4071 | |||||||||
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タイトル | Structure of the 40S ABCE1 post-splitting complex in ribosome recycling and translation initiation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / : / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...ribosome disassembly / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of translational fidelity / mTORC1-mediated signalling / ヒドロキシル化 / : / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ribosomal subunit export from nucleus / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / 90S preribosome / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / regulation of translational fidelity / translational termination / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / ribosome assembly / translation initiation factor activity / small-subunit processome / positive regulation of translation / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / iron ion binding / mRNA binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Heuer A / Gerovac M / Schmidt C / Trowitzsch S / Preis A / Koetter P / Berninghausen O / Becker T / Beckmann R / Tampe R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structure of the 40S-ABCE1 post-splitting complex in ribosome recycling and translation initiation. 著者: André Heuer / Milan Gerovac / Christian Schmidt / Simon Trowitzsch / Anne Preis / Peter Kötter / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Roland Beckmann / Robert Tampé / 要旨: The essential ATP-binding cassette protein ABCE1 splits 80S ribosomes into 60S and 40S subunits after canonical termination or quality-control-based mRNA surveillance processes. However, the ...The essential ATP-binding cassette protein ABCE1 splits 80S ribosomes into 60S and 40S subunits after canonical termination or quality-control-based mRNA surveillance processes. However, the underlying splitting mechanism remains enigmatic. Here, we present a cryo-EM structure of the yeast 40S-ABCE1 post-splitting complex at 3.9-Å resolution. Compared to the pre-splitting state, we observe repositioning of ABCE1's iron-sulfur cluster domain, which rotates 150° into a binding pocket on the 40S subunit. This repositioning explains a newly observed anti-association activity of ABCE1. Notably, the movement implies a collision with A-site factors, thus explaining the splitting mechanism. Disruption of key interactions in the post-splitting complex impairs cellular homeostasis. Additionally, the structure of a native post-splitting complex reveals ABCE1 to be part of the 43S initiation complex, suggesting a coordination of termination, recycling, and initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4071.map.gz | 202.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4071-v30.xml emd-4071.xml | 12.1 KB 12.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4071.jpg emd_4071.png | 214.9 KB 153.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4071 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 40S-ABCE1 complex
全体 | 名称: 40S-ABCE1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 40S-ABCE1 complex
超分子 | 名称: 40S-ABCE1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R3/3 / 材質: COPPER/PALLADIUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Purified 40S ribosomal subunits were reconstituted with purified, recombinantly expressed ABCE1 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 2.4 e/Å2 |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: yeast 40S ribosome |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 102000 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-5ll6: |