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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3978 | |||||||||
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タイトル | EM map of HasR, a TonB dependent hemophore receptor from Serratia marcescens. | |||||||||
マップデータ | HasR is a TonB dependent hemophore receptor from Serratia marcescens. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Serratia marcescens (霊菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Prochnicka-Chalufour A / Wojtowicz H / Pehau Arnaudet G / Gubellini F / Fronzes R / Pruneyre-Izadi N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem J / 年: 2016 タイトル: Structural basis of the signalling through a bacterial membrane receptor HasR deciphered by an integrative approach. 著者: Halina Wojtowicz / Ada Prochnicka-Chalufour / Gisele Cardoso de Amorim / Olga Roudenko / Catherine Simenel / Idir Malki / Gérard Pehau-Arnaudet / Francesca Gubellini / Alexandros Koutsioubas ...著者: Halina Wojtowicz / Ada Prochnicka-Chalufour / Gisele Cardoso de Amorim / Olga Roudenko / Catherine Simenel / Idir Malki / Gérard Pehau-Arnaudet / Francesca Gubellini / Alexandros Koutsioubas / Javier Pérez / Philippe Delepelaire / Muriel Delepierre / Rémi Fronzes / Nadia Izadi-Pruneyre / 要旨: Bacteria use diverse signalling pathways to adapt gene expression to external stimuli. In Gram-negative bacteria, the binding of scarce nutrients to membrane transporters triggers a signalling ...Bacteria use diverse signalling pathways to adapt gene expression to external stimuli. In Gram-negative bacteria, the binding of scarce nutrients to membrane transporters triggers a signalling process that up-regulates the expression of genes of various functions, from uptake of nutrient to production of virulence factors. Although proteins involved in this process have been identified, signal transduction through this family of transporters is not well understood. In the present study, using an integrative approach (EM, SAXS, X-ray crystallography and NMR), we have studied the structure of the haem transporter HasR captured in two stages of the signalling process, i.e. before and after the arrival of signalling activators (haem and its carrier protein). We show for the first time that the HasR domain responsible for signal transfer: (i) is highly flexible in two stages of signalling; (ii) extends into the periplasm at approximately 70-90 Å (1 Å=0.1 nm) from the HasR β-barrel; and (iii) exhibits local conformational changes in response to the arrival of signalling activators. These features would favour the signal transfer from HasR to its cytoplasmic membrane partners. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3978.map.gz | 14.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3978-v30.xml emd-3978.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3978.png | 31.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3978 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3978 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | HasR is a TonB dependent hemophore receptor from Serratia marcescens. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HasR with an amphipol corona covering its membrane embedded part
全体 | 名称: HasR with an amphipol corona covering its membrane embedded part |
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要素 |
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-超分子 #1: HasR with an amphipol corona covering its membrane embedded part
超分子 | 名称: HasR with an amphipol corona covering its membrane embedded part タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Serratia marcescens (霊菌) |
分子量 | 実験値: 950 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: HasR, a TonB dependent hemophore receptor
分子 | 名称: HasR, a TonB dependent hemophore receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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配列 | 文字列: AQAEASSAQA AQQKNFNIAA QPLQSAMLRF AEQAGMQVFF DEVKLDGMQA AALNGSMSVE GLRRLIGGNP VAFRLQPQGQ IVLSRLPTAN GDGGALALDS LTVLGAGGNN ANDWVYDEPR SVSVISREQM DNRPARHAAD ILEQTTGAYS SVSQQDPAL SVNIRGIQDY ...文字列: AQAEASSAQA AQQKNFNIAA QPLQSAMLRF AEQAGMQVFF DEVKLDGMQA AALNGSMSVE GLRRLIGGNP VAFRLQPQGQ IVLSRLPTAN GDGGALALDS LTVLGAGGNN ANDWVYDEPR SVSVISREQM DNRPARHAAD ILEQTTGAYS SVSQQDPAL SVNIRGIQDY GRVNMNIDGM RQNFQKSGHG QRNGTMYIDS ELLSGVTIDK GTTGGMGSAG TLGGIATFNT VSASDFLAPG KELGGKLHA STGDNGTHFI GSGILALGNE TGDILLAASE RHLGDYWPGN KGDIGNIRIN NDTGNYDRYA ESIKNNKIPD T HYRMHSRL AKVGWNLPAN QRLQLSYLQT QTASPIAGTL TNLGTRPPYE LGWKRTGYTD VMARNAAFDY SLAPEDVDWL DF QAKLYYV DTQDDSDTYS TSSLLDNGYA TRTRLRTYGA QAQNTSRFSL APGHDFRANY GLEFYYDKAT SDSSRQGMEG VTP AGNRSV ASLFANLTYD YDGWLTLEGG LRYDRYRLRG QTGLSYPDLA KDGQRYTIDN PCKALRLTGC STTTREDWDV DRDQ GKLSP TLAVAVRPGV EWLELYTTYG KSWRPPAITE TLTNGSAHSS STQYPNPFLQ PERSRAWEVG FNVQQPDLWF EGDRL VAKV AYFDTKVDNY INLAIDRNKP GLVQPSIGNA AYVNNLSKTR FRGLEYQLNY DAGVFYADLT YTHMIGKNEF CSNKAW LGG RLRYGDGSRR GNFYVEPDAA SNDFVTCDGG TQFGSAAYLP GDRGSVTLGG RAFDRKLDAG VTVRFAPGYQ DSSVPSNYPY LADWPKYTLF DLYASYKLTD SLTLRGSVEN LTNRAYVVSY GETLANTLGR GRTVQGGVEY RF |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uracyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: EMAN2 |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 14158 |