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- EMDB-3972: The in situ structure of the Chlamydomonas COPI coat: average fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3972
タイトルThe in situ structure of the Chlamydomonas COPI coat: average from the medial/trans-Golgi region
マップデータThe in situ structure of the Chlamydomonas COPI coat derived from the medial/trans Golgi region.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Whole Chlamydomonas cells
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Bykov YS / Schaffer M / Dodonova SO / Albert S / Plitzko JM / Baumeister W / Engel BD / Briggs JAG
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: The structure of the COPI coat determined within the cell.
著者: Yury S Bykov / Miroslava Schaffer / Svetlana O Dodonova / Sahradha Albert / Jürgen M Plitzko / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel / John Ag Briggs /
要旨: COPI-coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and from the Golgi to the endoplasmic reticulum. The structures of membrane protein coats, including COPI, have been extensively ...COPI-coated vesicles mediate trafficking within the Golgi apparatus and from the Golgi to the endoplasmic reticulum. The structures of membrane protein coats, including COPI, have been extensively studied with reconstitution systems using purified components. Previously we have determined a complete structural model of the reconstituted COPI coat (Dodonova et al., 2017). Here, we applied cryo-focused ion beam milling, cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the native structure of the COPI coat within vitrified cells. The native algal structure resembles the mammalian structure, but additionally reveals cargo bound beneath β'-COP. We find that all coat components disassemble simultaneously and relatively rapidly after budding. Structural analysis , maintaining Golgi topology, shows that vesicles change their size, membrane thickness, and cargo content as they progress from to , but the structure of the coat machinery remains constant.
履歴
登録2017年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月29日-
更新2017年11月29日-
現状2017年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3972.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3972.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The in situ structure of the Chlamydomonas COPI coat derived from the medial/trans Golgi region.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.18658184 - 0.34297237
平均 (標準偏差)0.00686406 (±0.08644545)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 437.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.760437.760437.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1870.3430.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Whole Chlamydomonas cells

全体名称: Whole Chlamydomonas cells
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Whole Chlamydomonas cells

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超分子 #1: Whole Chlamydomonas cells

超分子名称: Whole Chlamydomonas cells / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Grown suspended in TAP media, with normal atmosphere aeration and constant light
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: mat3-4 / Organelle: Golgi

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: TAP media
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted from the back side for 10 seconds with 10 blot force before plunging.
詳細The cells were frozen onto grids, then thinned using cryo-focused ion beam milling.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-12 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 29 / 使用した粒子像数: 53109 / 参照モデル: None / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3)
詳細: Subtomograms were extracted uniformly around the membrane surface with initial angles normal to it.
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND, CTFPHASEFLIP)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: AV3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: TOM, AV3)
詳細: Only subtomograms contained in buds and vesicles of the medial/trans-Golgi region were used to generate this average. No additional alignment was performed.
使用したサブトモグラム数: 1883

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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