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- EMDB-3934: In situ subtomogram average of the Chlamydomonas ground state 26S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3934
タイトルIn situ subtomogram average of the Chlamydomonas ground state 26S proteasome
マップデータ
試料
  • 複合体: In situ ground state 26S proteasome
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.24 Å
データ登録者Albert S / Schaffer M / Beck F / Mosalaganti S / Asano S / Thomas HF / Plitzko J / Beck M / Baumeister W / Engel BD
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number
German Research FoundationSFB-1035/Project A01 ドイツ
German Research FoundationExcellence Cluster CIPSM ドイツ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2017
タイトル: Proteasomes tether to two distinct sites at the nuclear pore complex.
著者: Sahradha Albert / Miroslava Schaffer / Florian Beck / Shyamal Mosalaganti / Shoh Asano / Henry F Thomas / Jürgen M Plitzko / Martin Beck / Wolfgang Baumeister / Benjamin D Engel /
要旨: The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules ...The partitioning of cellular components between the nucleus and cytoplasm is the defining feature of eukaryotic life. The nuclear pore complex (NPC) selectively gates the transport of macromolecules between these compartments, but it is unknown whether surveillance mechanisms exist to reinforce this function. By leveraging in situ cryo-electron tomography to image the native cellular environment of , we observed that nuclear 26S proteasomes crowd around NPCs. Through a combination of subtomogram averaging and nanometer-precision localization, we identified two classes of proteasomes tethered via their Rpn9 subunits to two specific NPC locations: binding sites on the NPC basket that reflect its eightfold symmetry and more abundant binding sites at the inner nuclear membrane that encircle the NPC. These basket-tethered and membrane-tethered proteasomes, which have similar substrate-processing state frequencies as proteasomes elsewhere in the cell, are ideally positioned to regulate transcription and perform quality control of both soluble and membrane proteins transiting the NPC.
履歴
登録2017年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月25日-
マップ公開2017年10月25日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.255
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.255
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3934.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.255 / ムービー #1: 0.255
最小 - 最大-0.2490148 - 0.89054686
平均 (標準偏差)0.026155263 (±0.14280316)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.320328.320328.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.2490.8910.026

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ ground state 26S proteasome

全体名称: In situ ground state 26S proteasome
要素
  • 複合体: In situ ground state 26S proteasome

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超分子 #1: In situ ground state 26S proteasome

超分子名称: In situ ground state 26S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: In situ subtomogram average generated from ground state 26S proteasomes imaged within the native Chlamydomonas cell. Cells were thinned by focused ion beam milling.
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
: mat3-4 / Organelle: nucleus, cytoplasm / 細胞中の位置: nucleus, cytoplasm
分子量理論値: 2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for 10 seconds with 10 blot force before plunging..
詳細Ground state 26S proteasome within the cytoplasm and nucleus of the native Chlamydomonas cell. Whole cells were plunge-frozen onto EM grids and then thinned with a cryo-focused ion beam instrument.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 倍率(公称値): 42000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
詳細: Images were collected in movie mode at 12 frames per second
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 76 / 使用した粒子像数: 5498
参照モデル: EMDB: 2165, lowpass filtered, one masked cap
手法: automated template matching / ソフトウェア - 名称: PyTom / ソフトウェア - 詳細: template matching
詳細: Extracted proteasomes were cut in half along the medial axis of the 20S core particle, treating each half as an individual particle.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
ソフトウェア - 詳細: CTFFIND was used with the Relion package
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PyTom
ソフトウェア - 詳細: We used several rounds of autofocused 3D classification (AC3D)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: For the final reconstruction, the tilt series was restricted between -30 and +30 degrees.
使用したサブトモグラム数: 3693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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