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- EMDB-3913: Ground state 26S proteasome (GS2) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3913
タイトルGround state 26S proteasome (GS2)
マップデータ
試料
  • 複合体: Ground state 26S proteasome (GS2)
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear proteasome complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Metalloprotease DUBs / Assembly of the pre-replicative complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C ...nuclear proteasome complex / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Metalloprotease DUBs / Assembly of the pre-replicative complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of DVL / Hedgehog ligand biogenesis / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog 'on' state / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / UCH proteinases / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX3 expression and activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Degradation of AXIN / Regulation of RAS by GAPs / Orc1 removal from chromatin / Neddylation / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Separation of Sister Chromatids / fluid transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / integrator complex / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / ABC-family proteins mediated transport / Ub-specific processing proteases / positive regulation of inclusion body assembly / thyrotropin-releasing hormone receptor binding / modulation by host of viral transcription / proteasome accessory complex / 減数分裂 / metal-dependent deubiquitinase activity / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / : / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / proteasome regulatory particle, base subcomplex / proteasome core complex / Neutrophil degranulation / immune system process / myofibril / proteasome binding / regulation of protein catabolic process / proteasome storage granule / blastocyst development / polyubiquitin modification-dependent protein binding / general transcription initiation factor binding / endopeptidase activator activity / NF-kappaB binding / proteasome assembly / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / regulation of proteasomal protein catabolic process / enzyme regulator activity / mRNA export from nucleus / : / 封入体 / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to organonitrogen compound / TBP-class protein binding / proteasome complex / proteolysis involved in protein catabolic process / sarcomere / ciliary basal body / proteasomal protein catabolic process / P-body / 細胞分化 / lipopolysaccharide binding / double-strand break repair via homologous recombination / response to virus / modulation of chemical synaptic transmission / response to organic cyclic compound
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : ...: / Ubiquitin interaction motif / : / 26S proteasome regulatory subunit RPN7/PSMD6 C-terminal helix / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit Rpn12 / 26S proteasome regulatory subunit, C-terminal / Proteasome regulatory subunit C-terminal / DSS1/SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit RPN5, C-terminal domain / : / DSS1/SEM1 family / 26S proteasome regulatory subunit RPN5 C-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN2, N-terminal domain / DSS1_SEM1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn6, N-terminal / 6S proteasome subunit Rpn6, C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory subunit RPN6 N-terminal domain / 26S proteasome subunit RPN6 C-terminal helix domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn2/Psmd1 subunit / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome regulatory subunit RPN2, C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit RPN2 C-terminal domain / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 7/8 / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / 26S proteasome regulatory complex, non-ATPase subcomplex, Rpn1 subunit / RPN1, N-terminal / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1, C-terminal / RPN1 N-terminal domain / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit RPN1 C-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / Proteasome/cyclosome repeat / Proteasome/cyclosome repeat / Ubiquitin-interacting motif. / PCI/PINT associated module / von Willebrand factor type A domain / Proteasome subunit alpha 1 / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / HEAT repeats / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / VWFA domain profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / von Willebrand factor, type A / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome 26S subunit, non-ATPase 7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / Proteasome 26S subunit, ATPase 6 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-1 ...26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / 26S proteasome complex subunit SEM1 / Proteasome 26S subunit, non-ATPase 7 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 8 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / Proteasome 26S subunit, ATPase 6 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-6 / 26S proteasome regulatory subunit 4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14 / Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3 / Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12 / 26S proteasome regulatory subunit 7 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / 26S proteasome regulatory subunit 6B / Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, ATPase 3 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 6 / 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 / Proteasome subunit beta type-7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Rat (クマネズミ属)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Guo Q / Lehmer C / Martinez-Sanchez A / Rudack T / Beck F / Hartmann H / Hipp MS / Hartl FU / Edbauer D / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R
資金援助 ドイツ, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
European CommissionFP7 GA ERC-2012-SyG_318987-ToPAG ドイツ
German Research FoundationSFB-1035/Project A01 ドイツ
European CommissionFP7 GA ERC-2013-CoG_617198 DPR-MODELS ドイツ
National Institutes of Health9P41GM104601 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2018
タイトル: In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment.
著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter ...著者: Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter Edbauer / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego /
要旨: Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo- ...Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo-electron tomography to dissect the molecular architecture of protein aggregates within intact neurons at high resolution. We focus on the poly-Gly-Ala (poly-GA) aggregates resulting from aberrant translation of an expanded GGGGCC repeat in C9orf72, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. We find that poly-GA aggregates consist of densely packed twisted ribbons that recruit numerous 26S proteasome complexes, while other macromolecules are largely excluded. Proximity to poly-GA ribbons stabilizes a transient substrate-processing conformation of the 26S proteasome, suggesting stalled degradation. Thus, poly-GA aggregates may compromise neuronal proteostasis by driving the accumulation and functional impairment of a large fraction of cellular proteasomes.
履歴
登録2017年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-0.4004439 - 0.74689674
平均 (標準偏差)-0.037387155 (±0.16709301)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-44-44-44
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 307.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z307.800307.800307.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-44-44-44
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.4000.747-0.037

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ground state 26S proteasome (GS2)

全体名称: Ground state 26S proteasome (GS2)
要素
  • 複合体: Ground state 26S proteasome (GS2)
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-7プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7プロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3PSMB3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2PSMB2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5PSMB5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1PSMB1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4PSMB4
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome subunit S5aプロテアソーム
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome 26S subunit, non-ATPase 8
    • タンパク質・ペプチド: RCG28037
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 7 (Predicted)
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6B
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome 26S subunit, ATPase 6
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6A
    • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 8

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超分子 #1: Ground state 26S proteasome (GS2)

超分子名称: Ground state 26S proteasome (GS2) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: in situ proteasome structure generated by subtomogram averaging
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 27.432459 KDa
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MSRGSSAGFD RHITIFSPEG RLYQVEYAFK AINQGGLTSV AVRGKDCAVI VTQKKVPDKL LDSSTVTHLF KITENIGCVM TGMTADSRS QVQRARYEAA NWKYKYGYEI PVDMLCKRIA DISQVYTQNA EMRPLGCCMI LIGIDEEQGP QVYKCDPAGY Y CGFKATAA GVKQTESTSF LEKKVKKKFD WTFEQTVETA ITCLSTVLSI DFKPSEIEVG VVTVENPKFR ILTEAEIDAH LV ALAERD

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分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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分子 #4: Proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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MFLTRSEYDR GVNTFSPEGR LFQVEYAIEG HKLGSTAIGI QTSEGVCLAV EKRITSPLME PSSIEKIVEI DAHIGCAMSG LIADAKTLI DKARVETQNH WFTYNETMTV ESVTQAVSNL ALQFGEEDAD PGAMSRPFGV ALLFGGVDEK GPQLFHMDPS G TFVQCDAR AIGSASEGAQ SSLQEVYHKS TTLKEAIKSS LIILKQVMEE KLNATNIELA TVQPGQNFHM FTKEELEEVI KD I

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分子 #6: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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分子 #7: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
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MSSIGTGYDL SASTFSPDGR VFQVEYAMKA VENSSTAIGI RCKDGVVFGV EKLVLSKLYE EGSNKRLFNV DRHVGMAVAG LLADARSLA DIAREEASNF RSNFGYNIPL KHLADRVAMY VHAYTLYSAV RPFGCSFMLG SYSVNDGAQL YMIDPSGVSY G YWGCAIGK ARQAAKTEIE KLQMKEMTCR DVVKEVAKII YIVHDEVKDK AFELELSWVG ELTKGRHEIV PKDVREEAEK YA KESLKEE DESDDDNM

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分子 #8: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 25.309576 KDa
配列文字列: MAAALAVRGA VSAPAFGPEA LTPDWENREV STGTTIMAVQ FDGGVVLGAD SRTTTGSYIA NRVTDKLTPI HDHIFCCRSG SAADTQAVA DAVTYQLGFH SIELNEPPLV HTAASLFKEM CYRYREDLMA GIIIAGWDPQ EGGQVYSVPM GGMMVRQSFA I GGSGSSYI ...文字列:
MAAALAVRGA VSAPAFGPEA LTPDWENREV STGTTIMAVQ FDGGVVLGAD SRTTTGSYIA NRVTDKLTPI HDHIFCCRSG SAADTQAVA DAVTYQLGFH SIELNEPPLV HTAASLFKEM CYRYREDLMA GIIIAGWDPQ EGGQVYSVPM GGMMVRQSFA I GGSGSSYI YGYVDATYRE GMTKDECLQF TANALALAME RDGSSGGVIR LAAIQQSGVE RQVLLGDQIP KVTISTLPPP

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分子 #9: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 29.963461 KDa
配列文字列: MAAVSVFQAP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KKGFKLPKAR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLTTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV ...文字列:
MAAVSVFQAP VGGFSFDNCR RNAVLEADFA KKGFKLPKAR KTGTTIAGVV YKDGIVLGAD TRATEGMVVA DKNCSKIHFI SPNIYCCGA GTAADTDMTT QLISSNLELH SLTTGRLPRV VTANRMLKQM LFRYQGYIGA ALVLGGVDVT GPHLYSIYPH G STDKLPYV TMGSGSLAAM AVFEDKFRPD MEEEEAKKLV SEAIAAGIFN DLGSGSNIDL CVISKSKLDF LRPYSVPNKK GT RFGRYRC EKGTTAVLTE KVTPLELEVL EEIVQTMDTS

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分子 #10: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 22.988895 KDa
配列文字列: MSVMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCSEQMYGM CESLWEPNMD P EHLFETIS ...文字列:
MSVMSYNGGA VMAMKGKNCV AIAADRRFGI QAQMVTTDFQ KIFPMGDRLY IGLAGLATDV QTVAQRLKFR LNLYELKEGR QIKPYTLMS MVANLLYEKR FGPYYTEPVI AGLDPKTFKP FICSLDLIGC PMVTDDFVVS GTCSEQMYGM CESLWEPNMD P EHLFETIS QAMLNAVDRD AVSGMGVIVH IIEKDKITTR TLKARMD

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分子 #11: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 22.941381 KDa
配列文字列: MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ ...文字列:
MEYLIGIQGP DYVLVASDRV AASNIVQMKD DHDKMFKMSE KILLLCVGEA GDTVQFAEYI QKNVQLYKMR NGYELSPTAA ANFTRRNLA DCLRSRTPYH VNLLLAGYDE HEGPALYYMD YLAALAKAPF AAHGYGAFLT LSILDRYYTP TISRERAVEL L RKCLEELQ KRFILNLPTF SVRVIDKDGI HNLENITFTK RSS

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分子 #12: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 28.615408 KDa
配列文字列: MALASVLQRP MPVNQHGFFG LGGRADLLDL GPGSPGDGLS LAAPSWGVPE EPRIEMLHGT TTLAFKFQHG VIVAADSRAT AGPYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQY KGMGLSMGTM I CGWDKRGP ...文字列:
MALASVLQRP MPVNQHGFFG LGGRADLLDL GPGSPGDGLS LAAPSWGVPE EPRIEMLHGT TTLAFKFQHG VIVAADSRAT AGPYIASQT VKKVIEINPY LLGTMAGGAA DCSFWERLLA RQCRIYELRN KERISVAAAS KLLANMVYQY KGMGLSMGTM I CGWDKRGP GLYYVDSEGN RISGTAFSVG SGSVYAFGVM DRGYSYDLQV EEAYDLARRA IYQATYRDAY SGGAVNLYHV RE DGWIRVS SDNVADLHDK YTSSIP

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分子 #13: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 26.511301 KDa
配列文字列: MLSTAAYRDP DRELVMGPQG SAGPVQMRFS PYAFNGGTVL AIAGEDFSIV ASDTRLSEGF SIHTRDSPKC YKLTDKTVIG CSGFHGDCL TLTKIIEARL KMYKHSNNKA MTTGAIAAML STILYSRRFF PYYVYNIIEG LDEEGKGAVY SFDPVGSYQR D SFKAGGSA ...文字列:
MLSTAAYRDP DRELVMGPQG SAGPVQMRFS PYAFNGGTVL AIAGEDFSIV ASDTRLSEGF SIHTRDSPKC YKLTDKTVIG CSGFHGDCL TLTKIIEARL KMYKHSNNKA MTTGAIAAML STILYSRRFF PYYVYNIIEG LDEEGKGAVY SFDPVGSYQR D SFKAGGSA SAMLQPLLDN QVGFKNMQNV EHVPLTLDRA MRLVKDVFIS AAERDVYTGD ALRICIVTKE GIREETVPLR KD

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分子 #14: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 29.226248 KDa
配列文字列: MEAFWESRTG HWAGGPAPGQ FYRVPSTPSC LMDPMSAPAR PITRTQNPMV TGTSVLGVKF DCGVVIAADM LGSYGSLARF RNISRIMRV NDSTMLGASG DYADFQYLKQ VLGQMVIDEE LFGDGHSYSP RAIHSWLTRA MYSRRSKMNP LWNTKVIGGY A GGESFLGY ...文字列:
MEAFWESRTG HWAGGPAPGQ FYRVPSTPSC LMDPMSAPAR PITRTQNPMV TGTSVLGVKF DCGVVIAADM LGSYGSLARF RNISRIMRV NDSTMLGASG DYADFQYLKQ VLGQMVIDEE LFGDGHSYSP RAIHSWLTRA MYSRRSKMNP LWNTKVIGGY A GGESFLGY VDMLGVAYEA PSLATGYGAY LAQPLLREVL EKQPVLSQTE ARELVERCMR VLYYRDARSY NRFQVATVTE KG VEIEGPL SAQTNWDIAH MISGFE

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分子 #15: 26S proteasome subunit S5a

分子名称: 26S proteasome subunit S5a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 40.775629 KDa
配列文字列: MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS ...文字列:
MVLESTMVCV DNSEYMRNGD FLPTRLQAQQ DAVNIVCHSK TRSNPENNVG LITLANDCEV LTTLTPDTGR ILSKLHTVQP KGKITFCTG IRVAHLALKH RQGKNHKMRI IAFVGSPVED NEKDLVKLAK RLKKEKVNVD IINFGEEEVN TEKLTAFVNT L NGKDGTGS HLVTVPPGPS LADALISSPI LAGEGGAMLG LGASDFEFGV DPSADPELAL ALRVSMEEQR QRQEEEARRA AA ASAAEAG IATPGTEDSD DALLKMTISQ QEFGRAGLPD LSSMTEEEQI AYAMQMSLQG AEFGQAESGD IDASSAMDTS EPV KEEDDY DVMQDPEFLQ SVLENLPGVD PNNEAIRNAM GSLASQATKD GKKDKKEEEK K

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分子 #16: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14

分子名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 34.620023 KDa
配列文字列: MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM ...文字列:
MDRLLRLGGG MPGLGQGPPT DAPAVDTAEQ VYISSLALLK MLKHGRAGVP MEVMGLMLGE FVDDYTVRVI DVFAMPQSGT GVSVEAVDP VFQAKMLDML KQTGRPEMVV GWYHSHPGFG CWLSGVDINT QQSFEALSER AVAVVVDPIQ SVKGKVVIDA F RLINANMM VLGHEPRQTT SNLGHLNKPS IQALIHGLNR HYYSITINYR KNELEQKMLL NLHKKSWMEG LTLQDYSEHC KH NESVVKE MLELAKNYNK AVEEEDKMTP EQLAIKNVGK QDPKRHLEEH VDVLMTSNIV QCLAAMLDTV VFK

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分子 #17: Proteasome 26S subunit, non-ATPase 8

分子名称: Proteasome 26S subunit, non-ATPase 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 39.932082 KDa
配列文字列: MFIKGRTAKA PRGEPRRSSR RGQKLAVVAP PPALGSTSRP HFRRESIARR RCRKSGRLFA ASRKMAAAAA TVNGTTGVSS SGPAATSGG ILQAAAGMYE QLKDEWNRKS PNLSKCGEEL GRLKLVLLEL NFLPTTGTKL TKQQLILARD ILEIGAQWSI L CKDIPSFE ...文字列:
MFIKGRTAKA PRGEPRRSSR RGQKLAVVAP PPALGSTSRP HFRRESIARR RCRKSGRLFA ASRKMAAAAA TVNGTTGVSS SGPAATSGG ILQAAAGMYE QLKDEWNRKS PNLSKCGEEL GRLKLVLLEL NFLPTTGTKL TKQQLILARD ILEIGAQWSI L CKDIPSFE RYMAQLKCYY FDYKEQLPES AYMHQLLGLN LLFLLSQNRV AEFHTELERL PAKDIQTNVY IKHPVSLEQY LM EGSYNKV FLAKGNIPAE SYTFFIDILL DTIRDEIAGC IEKAYEKILF AEATRILFFS TPKKMTDYAK KRGWLLGPNN YYS FASQQQ KPEDSTIPST ELARQVIEYA RQLEMIV

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分子 #18: RCG28037

分子名称: RCG28037 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 8.284611 KDa
配列文字列:
MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS

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分子 #19: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 100.300547 KDa
配列文字列: MEEGGRDKTP VQSQQPSATA PSGADEKSSG KERRDAGEKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK CFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK ...文字列:
MEEGGRDKTP VQSQQPSATA PSGADEKSSG KERRDAGEKD KEQELSEEDK QLQDELEMLV ERLGEKDTSL YRPALEELRR QIRSSTTSM TSVPKPLKFL RPHYGKLKEI YENMAPGENK CFAADIISVL AMTMSGEREC LKYRLVGSQE ELASWGHEYV R HLAGEVAK EWQELDDAEK AQREPLLTLV KEIVPYNMAH NAEHEACDLL MEIEQVDMLE KDIDENAYSK VCLYLTSCVN YV PEPENSA LLRCALGVFR KFSRFPEALR LALMLNDMEL VEDIFTSCKD VVVQKQMAFM LGRHGVFLEL SEDVEEYEDL TEI MSNVQL NSNFLALARE LDIMEPKVPD DIYKTHLENN RFGGSGSQVD SARMNLASSF VNGFVNAAFG QDKLLTDDGN KWLY KNKDH GMLSAAASLG MILLWDVDGG LTQIDKYLYS SEDYIKSGAL LACGIVNSGV RNECDPALAL LSDYVLHNSN TMRLG SIFG LGLAYAGSNR EDVLTLLLPV MGDSKSSMEV AGVTALACGM IAVGSCNGDV TSTILQTIME KSETELKDTY ARWLPL GLG LNHLGKGEAI EAILAALEVV SEPFRSFANT LVDVCAYAGS GNVLKVQQLL HICSEHFDSK EKEEDKDKKE KKDKDKK EA PADMGAHQGV AVLGIALIAM GEEIGAEMAL RTFGHLLRYG EPTLRRAVPL ALALISVSNP RLNILDTLSK FSHDADPE V SYNSIFAMGM VGSGTNNARL AAMLRQLAQY HAKDPNNLFM VRLAQGLTHL GKGTLTLCPY HSDRQLMSQV AVAGLLTVL VSFLDVRNII LGKSHYVLYG LVAAMQPRML VTFDEELRPL PVSVRVGQAV DVVGQAGKPK TITGFQTHTT PVLLAHGERA ELATEEFLP VTPILEGFVI LRKNPNYNL

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分子 #20: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 105.870117 KDa
配列文字列: MITSAAGIIS LLDEEEPQLK EFALHKLNAV VNDFWAEISE SVDKIEVLYE DEGFRSRQFA ALVASKVFYH LGAFEESLNY ALGAGDLFN VNDNSEYVET IIAKCIDHYT KQCVENADLP EGEKKPIDQR LEGIVNKMFQ RCLDDHKYKQ AIGIALETRR L DVFEKTIL ...文字列:
MITSAAGIIS LLDEEEPQLK EFALHKLNAV VNDFWAEISE SVDKIEVLYE DEGFRSRQFA ALVASKVFYH LGAFEESLNY ALGAGDLFN VNDNSEYVET IIAKCIDHYT KQCVENADLP EGEKKPIDQR LEGIVNKMFQ RCLDDHKYKQ AIGIALETRR L DVFEKTIL ESNDVPGMLA YSLKLCMSLM QNKQFRNKVL RVLVKIYMNL EKPDFINVCQ CLIFLDDTQA VSDILEKLVK ED NLLMAYQ ICFDLYESAS QQFLSSVIQN LRTVGTPIAS VPGSTNTGTV PGPEKDSDSM ETEEKTAGAV AGKTPDASPE PKD QTLKMI KILSGEMAIE LHLQFLIRNN NTDLMILKNT KDAVRNSVCH TATVIANSFM HCGTTSDQFL RDNLEWLARA TNWA KFTAT ASLGVIHKGH EKEALQLMAT YLPKDTSPGS AYQEGGGLYA LGLIHANHGG DIIDYLLNQL KNASNDIVRH GGSLG LGLA AMGTARQDVY DLLKTNLYQD DAVTGEAAGL ALGLVMLGSK NTQAIEDMVG YAQETQHEKI LRGLAVGIAL VMYGRM EEA DALIESLCRD KDPILRRSGM YTVAMAYCGS GNNKAIRRLL HVAVSDVNDD VRRAAVESLG FILFRTPEQC PSVVSLL SE SYNPHVRYGA AMALGVCCAG TGNKEAINLL EPMTNDPVNY VRQGALIASA LIMIQQTEIT CPKVNQFRQL YSKVINDK H DDVMAKFGAI LAQGILDAGG HNVTISLQSR TGHTHMPSVV GVLVFTQFWF WFPLSHFLSL AYTPTCIIGL NKDLKMPKV QYKSNCKPST FAYPAPLEVP KEKEKEKVST AVLSITAKAK KKEKEKEKKE EEKMEVDEAE KKEEKEKKKE PEPNFQLLDN PARVMPAQL KVLSMTETCR YQPFKPLSIG GIIILKDTSE DIEELVEPVA AHGPKIEEEE QEPEPPEPFE YIDD

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分子 #21: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3

分子名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 60.77818 KDa
配列文字列: MKQEGSARRR GADKAKPPPG GEQEPPPPAP QDVEMKEEAA AGSGSAGEGD GKAAATEHSQ RELDTVTLED IKEHVRQLEK AVSGKEPRF VLRALRMLPS TSRRLNHYVL YKAVHGFFTS NNATRDFLLP FLEEPMDTEA DLQFRPRTGK AASAPLLPEV E AYLQLLMV ...文字列:
MKQEGSARRR GADKAKPPPG GEQEPPPPAP QDVEMKEEAA AGSGSAGEGD GKAAATEHSQ RELDTVTLED IKEHVRQLEK AVSGKEPRF VLRALRMLPS TSRRLNHYVL YKAVHGFFTS NNATRDFLLP FLEEPMDTEA DLQFRPRTGK AASAPLLPEV E AYLQLLMV IFLMNSKRYK EAQKISDDLM QKISTQNRRA LDLVAAKCYY YHARVYEFLD KLDVVRSFLH ARLRTATLRH DA DGQATLL NLLLRNYLHY SLYDQAEKLV SKSVFPEQAN NNEWARYLYY TGRIKAIQLE YSEARRTMTN ALRKAPQHTA VGF KQTVHK LLIVVELLLG EIPDRLQFRQ PSLKRSLMPY FLLTQAVRTG NLAKFNQVLD QFGEKFQTDG TYTLIIRLRH NVIK TGVRM ISLSYSRISL ADIAQKLQLD SPEDAEFIVA KAIRDGVIEA SINHEKGYVQ SKEMIDIYST REPQLAFHQR ISFCL DIHN MSVKAMRFPP KSYNKDLESA EERREREQQD LEFAKEMAED DDDSFP

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分子 #22: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12

分子名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 53.011246 KDa
配列文字列: MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CEKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP VKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE ...文字列:
MADGGSERAD GRIVKMEVDY SATVDQRLPE CEKLAKEGRL QEVIETLLSL EKQTRTASDM VSTSRILVAV VKMCYEAKEW DLLNENIML LSKRRSQLKQ AVAKMVQQCC TYVEEITDLP VKLRLIDTLR MVTEGKIYVE IERARLTKTL ATIKEQNGDV K EAASILQE LQVETYGSME KKERVEFILE QMRLCLAVKD YIRTQIISKK INTKFFQEEN TEKLKLKYYN LMIQLDQHEG SY LSICKHY RAIYDTPCIQ AESDKWQQAL KSVVLYVILA PFDNEQSDLV HRISSDKKLE EIPKYKDLLK LFTTMELMRW STL VEDYGV ELRKGSSETP ATDVFSSTEE GEKRWKDLKN RVVEHNIRIM AKYYTRITMK RMAQLLDLSV DESEAFLSNL VVNK TIFAK VDRLAGVINF QRPKDPNNLL NDWSQKLNSL MSLVNKTTHL IAKEEMIHNL Q

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分子 #23: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 47.526688 KDa
配列文字列: MAAAAVVEFQ RAQSLLSTDR EASIDILHSI VKRDIQENDE EAVQVKEQSI LELGSLLAKT GQAAELGGLL KYVRPFLNSI SKAKAARLV RSLLDLFLDM EAATGQEVEL CLECIEWAKS EKRTFLRQAL EARLVSLYFD TKRYQEALHL GSQLLRELKK M DDKALLVE ...文字列:
MAAAAVVEFQ RAQSLLSTDR EASIDILHSI VKRDIQENDE EAVQVKEQSI LELGSLLAKT GQAAELGGLL KYVRPFLNSI SKAKAARLV RSLLDLFLDM EAATGQEVEL CLECIEWAKS EKRTFLRQAL EARLVSLYFD TKRYQEALHL GSQLLRELKK M DDKALLVE VQLLESKTYH ALSNLPKARA ALTSARTTAN AIYCPPKLQA TLDMQSGIIH AAEEKDWKTA YSYFYEAFEG YD SIDSPKA ITSLKYMLLC KIMLNTPEDV QALVSGKLAL RYAGRQTEAL KCVAQASKNR SLADFEKALT DYRAELRDDP IIS THLAKL YDNLLEQNLI RVIEPFSRVQ IEHISSLIKL SKADVERKLS QMILDKKFHG ILDQGEGVLI IFDEPPVDKT YEAA LETIQ NMSKVVDSLY NKAKKLT

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分子 #24: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6

分子名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 45.658398 KDa
配列文字列: MPLENLEEEG LPKNPDLRIA QLRFLLSLPE HRGDTAVREE LMAAVRENNM APYYEALCKS LDWQMDMDLL SKMKKANEEE LKRLDEELE DAEKNLGESE IRDAMMAKAE YLCQIGDKEG ALTAFRKTYD KTVALGHRLD IVFYLLRIGL FYMDNDLITR N TEKAKSLI ...文字列:
MPLENLEEEG LPKNPDLRIA QLRFLLSLPE HRGDTAVREE LMAAVRENNM APYYEALCKS LDWQMDMDLL SKMKKANEEE LKRLDEELE DAEKNLGESE IRDAMMAKAE YLCQIGDKEG ALTAFRKTYD KTVALGHRLD IVFYLLRIGL FYMDNDLITR N TEKAKSLI EEGGDWDRRN RLKVYQGLYC VAIRDFKQAA ELFLDTVSTF TSYELMDYKT FVTYTVYVSM IALERPDLRE KV IKGAEIL EVLHSLPAVR QYLFSLYECR YSVFFQSLAV VEQEMKKDWL FAPHYRYYVR EMRIHAYSQL LESYRSLTLG YMA EAFGVG VEFIDQELSR FIAAGRLHCK IDKVNEIVET NRPDSKNWQY QETIKKGDLL LNRVQKLSRV INM

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分子 #25: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 7 (Predicted)

分子名称: Proteasome (Prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 7 (Predicted)
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 36.551824 KDa
配列文字列: MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE ...文字列:
MPELAVQKVV VHPLVLLSVV DHFNRIGKVG NQKRVVGVLL GSWQKKVLDV SNSFAVPFDE DDKDDSVWFL DHDYLENMYG MFKKVNARE RIVGWYHTGP KLHKNDIAIN ELMKRYCPNS VLVIIDVKPK DLGLPTEAYI SVEEVHDDGT PTSKTFEHVT S EIGAEEAE EVGVEHLLRD IKDTTVGTLS QRITNQVHGL KGLNSKLLDI RTYLEKVASG KLPINHHIIY QLQDVFNLLP DA SLQEFVK AFYLKTNDQM VVVYLASLIR SVVALHNLIN NKIANRDAEK KEGQEKEESK KERKDDKEKE KSDAKKEEKK EKK

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分子 #26: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13

分子名称: 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 42.867223 KDa
配列文字列: MKDVPAFLQQ SQSSGPGQAA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ ATKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN ...文字列:
MKDVPAFLQQ SQSSGPGQAA VWHRLEELYT KKLWHQLTLQ VLDFVQDPCF AQGDGLIKLY ENFISEFEHR VNPLSLVEII LHVVRQMTD PNVALTFLEK TREKVKSSDE AVILCKTAIG ALKLNIGDLQ ATKETIEDVE EMLNNLPGVT SVHSRFYDLS S KYYQTIGN HASYYKDALR FLGCVDIKDL PVSEQQERAF TLGLAGLLGE GVFNFGELLM HPVLESLRNT DRQWLIDTLY AF NSGDVDR FQTLKSAWGQ QPDLAANEAQ LLRKIQLLCL MEMTFTRPAN HRQLTFEEIA KSAKITVNKV ELLVMKALSV GLV RGSIDE VDKRVHMTWV QPRVLDLQQI KGMKDRLELW CTDVKSMELL VEHQAQDILT

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分子 #27: 26S proteasome regulatory subunit 7

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 48.640727 KDa
配列文字列: MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE ...文字列:
MPDYLGADQR KTKEDEKDDK PIRALDEGDI ALLKTYGQST YSRQIKQVED DIQQLLKKIN ELTGIKESDT GLAPPALWDL AADKQTLQS EQPLQVARCT KIINADSEDP KYIINVKQFA KFVVDLSDQV APTDIEEGMR VGVDRNKYQI HIPLPPKIDP T VTMMQVEE KPDVTYSDVG GCKEQIEKLR EVVETPLLHP ERFVNLGIEP PKGVLLFGPP GTGKTLCARA VANRTDACFI PV IGSELVQ KYVGEGARMV RELFEMARTK KACLIFFDEI DAIGGARFDD GAGGDNEVQR TMLELINQLD GFDPRGNIKV LMA TNRPDT LDPALMRPGR LDRKIEFSLP DLEGRTHIFK IHARSMSVER DIRFELLARL CPNSTGAEIR SVCTEAGMFA IRAR RKIAT EKDFLEAVNK VIKSYAKFSA TPRYMTYN

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分子 #28: 26S proteasome regulatory subunit 4

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 49.260504 KDa
配列文字列: MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD ...文字列:
MGQSQSGGHG PGGGKKDDKD KKKKYEPPVP TRVGKKKKKT KGPDAASKLP LVTPHTQCRL KLLKLERIKD YLLMEEEFIR NQEQMKPLE EKQEEERSKV DDLRGTPMSV GTLEEIIDDN HAIVSTSVGS EHYVSILSFV DKDLLEPGCS VLLNHKVHAV I GVLMDDTD PLVTVMKVEK APQETYADIG GLDNQIQEIK ESVELPLTHP EYYEEMGIKP PKGVILYGPP GTGKTLLAKA VA NQTSATF LRVVGSELIQ KYLGDGPKLV RELFRVAEEH APSIVFIDEI DAIGTKRYDS NSGGEREIQR TMLELLNQLD GFD SRGDVK VIMATNRIET LDPALIRPGR IDRKIEFPLP DEKTKKRIFQ IHTSRMTLAD DVTLDDLIMA KDDLSGADIK AICT EAGLM ALRERRMKVT NEDFKKSKEN VLYKKQEGTP EGLYL

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分子 #29: 26S proteasome regulatory subunit 6B

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 47.468223 KDa
配列文字列: MEEIGILVEK IQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG ...文字列:
MEEIGILVEK IQDEIPALSV SRPQTGLSFL GPEPEDLEDL YSRYKKLQQE LEFLEVQEEY IKDEQKNLKK EFLHAQEEVK RIQSIPLVI GQFLEAVDQN TAIVGSTTGS NYYVRILSTI DRELLKPNAS VALHKHSNAL VDVLPPEADS SIMMLTSDQK P DVMYADIG GMDIQKQEVR EAVELPLTHF ELYKQIGIDP PRGVLMYGPP GCGKTMLAKA VAHHTTAAFI RVVGSEFVQK YL GEGPRMV RDVFRLAKEN APAIIFIDEI DAIATKRFDA QTGADREVQR ILLELLNQMD GFDQNVNVKV IMATNRADTL DPA LLRPGR LDRKIEFPLP DRRQKRLIFS TITSKMNLSE EVDLEDYVAR PDKISGADIN SICQESGMLA VRENRYIVLA KDFE KAYKT VIKKDEQEHE FYK

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分子 #30: Proteasome 26S subunit, ATPase 6

分子名称: Proteasome 26S subunit, ATPase 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 45.867027 KDa
配列文字列: MALPGIPYER RLLIMADPRD KALQDYRKKL LEHKEIDGRL KELREQLKEL TKQYEKSEND LKALQSVGQI VGEVLKQLTE EKFIVKATN GPRYVVGCRR QLDKSKLKPG TRVALDMTTL TIMRYLPREV DPLVYNMSHE DPGNVSYSEI GGLSEQIREL R EVIELPLT ...文字列:
MALPGIPYER RLLIMADPRD KALQDYRKKL LEHKEIDGRL KELREQLKEL TKQYEKSEND LKALQSVGQI VGEVLKQLTE EKFIVKATN GPRYVVGCRR QLDKSKLKPG TRVALDMTTL TIMRYLPREV DPLVYNMSHE DPGNVSYSEI GGLSEQIREL R EVIELPLT NPELFQRVGI IPPKGCLLYG PPGTGKTLLA RAVASQLDCN FLKVVSSSIV DKYIGESARL IREMFNYARD HQ PCIIFMD EIDAIGGRRF SEGTSADREI QRTLMELLNQ MDGFDTLHRV KMIMATNRPD TLDPALLRPG RLDRKIHIDL PNE QARLDI LKIHAGPITK HGEIDYEAIV KLSDGFNGAD LRNVCTEAGM FAIRADHDFV VQEDFMKAVR KVADSKKLES KLDY KPV

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分子 #31: 26S proteasome regulatory subunit 6A

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 49.611824 KDa
配列文字列: MQEMNLLPTP ESPVTRQEKM ATVWDEAEQD GIGEEVLKMS TEEIVQRTRL LDSEIKIMKS EVLRVTHELQ AMKDKIKENS EKIKVNKTL PYLVSNVIEL LDVDPNDQEE DGANIDLDSQ RKGKCAVIKT STRQTYFLPV IGLVDAEKLK PGDLVGVNKD S YLILETLP ...文字列:
MQEMNLLPTP ESPVTRQEKM ATVWDEAEQD GIGEEVLKMS TEEIVQRTRL LDSEIKIMKS EVLRVTHELQ AMKDKIKENS EKIKVNKTL PYLVSNVIEL LDVDPNDQEE DGANIDLDSQ RKGKCAVIKT STRQTYFLPV IGLVDAEKLK PGDLVGVNKD S YLILETLP TEYDSRVKAM EVDERPTEQY SDIGGLDKQI QELVEAIVLP MNHKEKFENL GIQPPKGVLM YGPPGTGKTL LA RACAAQT KATFLKLAGP QLVQMFIGDG AKLVRDAFAL AKEKAPSIIF IDELDAIGTK RFDSEKAGDR EVQRTMLELL NQL DGFQPN TQVKVIAATN RVDILDPALL RSGRLDRKIE FPMPNEEARA RIMQIHSRKM NVSPDVNYEE LARCTDDFNG AQCK AVCVE AGMIALRRGA TELTHEDYME GILEVQAKKK ANLQYYA

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分子 #32: 26S proteasome regulatory subunit 8

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rat (クマネズミ属)
分子量理論値: 45.694047 KDa
配列文字列: MALDGPEQME LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKV HPEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK E IKEVIELP ...文字列:
MALDGPEQME LEEGKAGSGL RQYYLSKIEE LQLIVNDKSQ NLRRLQAQRN ELNAKVRLLR EELQLLQEQG SYVGEVVRAM DKKKVLVKV HPEGKFVVDV DKNIDINDVT PNCRVALRND SYTLHKILPN KVDPLVSLMM VEKVPDSTYE MIGGLDKQIK E IKEVIELP VKHPELFEAL GIAQPKGVLL YGPPGTGKTL LARAVAHHTD CTFIRVSGSE LVQKFIGEGA RMVRELFVMA RE HAPSIIF MDEIDSIGSS RLEGGSGGDS EVQRTMLELL NQLDGFEATK NIKVIMATNR IDILDSALLR PGRIDRKIEF PPP NEEARL DILKIHSRKM NLTRGINLRK IAELMPGASG AEVKGVCTEA GMYALRERRV HVTQEDFEMA VAKVMQKDSE KNMS IKKLW K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was coated with C prior to use
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細FIB milled rat primary neurons

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 1.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 10367 / 参照モデル: average of manual picked subtomograms / 手法: Template matching
ソフトウェア: (名称: PyTom, TOM Toolbox, RELION (ver. 1.4))
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND, RELION (ver. 1.4))
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用したサブトモグラム数: 2070

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6epc:
Ground state 26S proteasome (GS2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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