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- EMDB-3896: Cryo-EM Structure of Saccharomyces cerevisiae Target of Rapamycin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3896
タイトルCryo-EM Structure of Saccharomyces cerevisiae Target of Rapamycin Complex 2
マップデータrefined and postprocessed map
試料
  • 複合体: Target of rapamycin protein complex 2MTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase TOR2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8MTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
機能・相同性
機能・相同性情報


PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity / TORC2 signaling / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity ...PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of Rho guanyl-nucleotide exchange factor activity / TORC2 signaling / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / VEGFR2 mediated vascular permeability / HSF1-dependent transactivation / fungal-type cell wall organization / TORC2 complex / Amino acids regulate mTORC1 / TORC1 complex / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of endocytosis / MTOR / cytoskeleton organization / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / nuclear periphery / negative regulation of autophagy / response to nutrient / regulation of cell growth / regulation of actin cytoskeleton organization / リボソーム生合成 / endosome membrane / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / ゴルジ体 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / シグナル伝達 / ミトコンドリア / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3447 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Domain of unknown function (DUF3385) / Domain of unknown function ...TORC2 component Sin1/Avo1 / SAPK-interacting protein 1, Pleckstrin-homology domain / Sin1, middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), middle CRIM domain / SAPK-interacting protein 1 (Sin1), Pleckstrin-homology / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3447 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Domain of unknown function (DUF3385) / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase TOR2 / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2 / Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å
データ登録者Karuppasamy M / Kusmider B / Oliveira TM / Gaubitz C / Prouteau M / Loewith R / Schaffitzel C
資金援助4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationFNS 31003A_160023
European Research CouncilTORCH 614552
Sinergia grantCRSII3_136254
European Research CouncilStarting Grant, No 281331
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Molecular Basis of the Rapamycin Insensitivity of Target Of Rapamycin Complex 2.
著者: Christl Gaubitz / Taiana M Oliveira / Manoel Prouteau / Alexander Leitner / Manikandan Karuppasamy / Georgia Konstantinidou / Delphine Rispal / Sandra Eltschinger / Graham C Robinson / ...著者: Christl Gaubitz / Taiana M Oliveira / Manoel Prouteau / Alexander Leitner / Manikandan Karuppasamy / Georgia Konstantinidou / Delphine Rispal / Sandra Eltschinger / Graham C Robinson / Stéphane Thore / Ruedi Aebersold / Christiane Schaffitzel / Robbie Loewith /
要旨: Target of Rapamycin (TOR) plays central roles in the regulation of eukaryote growth as the hub of two essential multiprotein complexes: TORC1, which is rapamycin-sensitive, and the lesser ...Target of Rapamycin (TOR) plays central roles in the regulation of eukaryote growth as the hub of two essential multiprotein complexes: TORC1, which is rapamycin-sensitive, and the lesser characterized TORC2, which is not. TORC2 is a key regulator of lipid biosynthesis and Akt-mediated survival signaling. In spite of its importance, its structure and the molecular basis of its rapamycin insensitivity are unknown. Using crosslinking-mass spectrometry and electron microscopy, we determined the architecture of TORC2. TORC2 displays a rhomboid shape with pseudo-2-fold symmetry and a prominent central cavity. Our data indicate that the C-terminal part of Avo3, a subunit unique to TORC2, is close to the FKBP12-rapamycin-binding domain of Tor2. Removal of this sequence generated a FKBP12-rapamycin-sensitive TORC2 variant, which provides a powerful tool for deciphering TORC2 function in vivo. Using this variant, we demonstrate a role for TORC2 in G2/M cell-cycle progression.
履歴
登録2017年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月18日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0147
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0147
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6emk
  • 表面レベル: 0.0147
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6emk
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refined and postprocessed map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0147 / ムービー #1: 0.0147
最小 - 最大-0.043736793 - 0.10092282
平均 (標準偏差)0.0011989143 (±0.0065768785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 441.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.381.381.38
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.600441.600441.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0440.1010.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Target of rapamycin protein complex 2

全体名称: Target of rapamycin protein complex 2MTOR
要素
  • 複合体: Target of rapamycin protein complex 2MTOR
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase TOR2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8MTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1

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超分子 #1: Target of rapamycin protein complex 2

超分子名称: Target of rapamycin protein complex 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.4 MDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase TOR2

分子名称: Serine/threonine-protein kinase TOR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 1-phosphatidylinositol 4-kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 281.915438 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNKYINKYTT PPNLLSLRQR AEGKHRTRKK LTHKSHSHDD EMSTTSNTDS NHNGPNDSGR VITGSAGHIG KISFVDSELD TTFSTLNLI FDKLKSDVPQ ERASGANELS TTLTSLAREV SAEQFQRFSN SLNNKIFELI HGFTSSEKIG GILAVDTLIS F YLSTEELP ...文字列:
MNKYINKYTT PPNLLSLRQR AEGKHRTRKK LTHKSHSHDD EMSTTSNTDS NHNGPNDSGR VITGSAGHIG KISFVDSELD TTFSTLNLI FDKLKSDVPQ ERASGANELS TTLTSLAREV SAEQFQRFSN SLNNKIFELI HGFTSSEKIG GILAVDTLIS F YLSTEELP NQTSRLANYL RVLIPSSDIE VMRLAANTLG RLTVPGGTLT SDFVEFEVRT CIDWLTLTAD NNSSSSKLEY RR HAALLII KALADNSPYL LYPYVNSILD NIWVPLRDAK LIIRLDAAVA LGKCLTIIQD RDPALGKQWF QRLFQGCTHG LSL NTNDSV HATLLVFREL LSLKAPYLRD KYDDIYKSTM KYKEYKFDVI RREVYAILPL LAAFDPAIFT KKYLDRIMVH YLRY LKNID MNAANNSDKP FILVSIGDIA FEVGSSISPY MTLILDNIRE GLRTKFKVRK QFEKDLFYCI GKLACALGPA FAKHL NKDL LNLMLNCPMS DHMQETLMIL NEKIPSLEST VNSRILNLLS ISLSGEKFIQ SNQYDFNNQF SIEKARKSRN QSFMKK TGE SNDDITDAQI LIQCFKMLQL IHHQYSLTEF VRLITISYIE HEDSSVRKLA ALTSCDLFIK DDICKQTSVH ALHSVSE VL SKLLMIAITD PVAEIRLEIL QHLGSNFDPQ LAQPDNLRLL FMALNDEIFG IQLEAIKIIG RLSSVNPAYV VPSLRKTL L ELLTQLKFSN MPKKKEESAT LLCTLINSSD EVAKPYIDPI LDVILPKCQD ASSAVASTAL KVLGELSVVG GKEMTRYLK ELMPLIINTF QDQSNSFKRD AALTTLGQLA ASSGYVVGPL LDYPELLGIL INILKTENNP HIRRGTVRLI GILGALDPYK HREIEVTSN SKSSVEQNAP SIDIALLMQG VSPSNDEYYP TVVIHNLMKI LNDPSLSIHH TAAIQAIMHI FQNLGLRCVS F LDQIIPGI ILVMRSCPPS QLDFYFQQLG SLISIVKQHI RPHVEKIYGV IREFFPIIKL QITIISVIES ISKALEGEFK RF VPETLTF FLDILENDQS NKRIVPIRIL KSLVTFGPNL EDYSHLIMPI VVRMTEYSAG SLKKISIITL GRLAKNINLS EMS SRIVQA LVRILNNGDR ELTKATMNTL SLLLLQLGTD FVVFVPVINK ALLRNRIQHS VYDQLVNKLL NNECLPTNII FDKE NEVPE RKNYEDEMQV TKLPVNQNIL KNAWYCSQQK TKEDWQEWIR RLSIQLLKES PSACLRSCSS LVSVYYPLAR ELFNA SFSS CWVELQTSYQ EDLIQALCKA LSSSENPPEI YQMLLNLVEF MEHDDKPLPI PIHTLGKYAQ KCHAFAKALH YKEVEF LEE PKNSTIEALI SINNQLHQTD SAIGILKHAQ QHNELQLKET WYEKLQRWED ALAAYNEKEA AGEDSVEVMM GKLRSLY AL GEWEELSKLA SEKWGTAKPE VKKAMAPLAA GAAWGLEQWD EIAQYTSVMK SQSPDKEFYD AILCLHRNNF KKAEVHIF N ARDLLVTELS ALVNESYNRA YNVVVRAQII AELEEIIKYK KLPQNSDKRL TMRETWNTRL LGCQKNIDVW QRILRVRSL VIKPKEDAQV RIKFANLCRK SGRMALAKKV LNTLLEETDD PDHPNTAKAS PPVVYAQLKY LWATGLQDEA LKQLINFTSR MAHDLGLDP NNMIAQSVPQ QSKRVPRHVE DYTKLLARCF LKQGEWRVCL QPKWRLSNPD SILGSYLLAT HFDNTWYKAW H NWALANFE VISMLTSVSK KKQEGSDASS VTDINEFDNG MIGVNTFDAK EVHYSSNLIH RHVIPAIKGF FHSISLSESS SL QDALRLL TLWFTFGGIP EATQAMHEGF NLIQIGTWLE VLPQLISRIH QPNQIVSRSL LSLLSDLGKA HPQALVYPLM VAI KSESLS RQKAALSIIE KMRIHSPVLV DQAELVSHEL IRMAVLWHEQ WYEGLDDASR QFFGEHNTEK MFAALEPLYE MLKR GPETL REISFQNSFG RDLNDAYEWL MNYKKSKDVS NLNQAWDIYY NVFRKIGKQL PQLQTLELQH VSPKLLSAHD LELAV PGTR ASGGKPIVKI SKFEPVFSVI SSKQRPRKFC IKGSDGKDYK YVLKGHEDIR QDSLVMQLFG LVNTLLQNDA ECFRRH LDI QQYPAIPLSP KSGLLGWVPN SDTFHVLIRE HREAKKIPLN IEHWVMLQMA PDYDNLTLLQ KVEVFTYALN NTEGQDL YK VLWLKSRSSE TWLERRTTYT RSLAVMSMTG YILGLGDRHP SNLMLDRITG KVIHIDFGDC FEAAILREKF PEKVPFRL T RMLTYAMEVS GIEGSFRITC ENVMKVLRDN KGSLMAILEA FAFDPLINWG FDLPTKKIEE ETGIQLPVMN ANELLSNGA ITEEEVQRVE NEHKNAIRNA RAMLVLKRIT DKLTGNDIRR FNDLDVPEQV DKLIQQATSV ENLCQHYIGW CPFW

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 34.077879 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSVILVSAGY DHTIRFWEAL TGVCSRTIQH SDSQVNRLEI TNDKKLLATA GHQNVRLYDI RTTNPNPVAS FEGHRGNVTS VSFQQDNRW MVTSSEDGTI KVWDVRSPSI PRNYKHNAPV NEVVIHPNQG ELISCDRDGN IRIWDLGENQ CTHQLTPEDD T SLQSLSMA ...文字列:
MSVILVSAGY DHTIRFWEAL TGVCSRTIQH SDSQVNRLEI TNDKKLLATA GHQNVRLYDI RTTNPNPVAS FEGHRGNVTS VSFQQDNRW MVTSSEDGTI KVWDVRSPSI PRNYKHNAPV NEVVIHPNQG ELISCDRDGN IRIWDLGENQ CTHQLTPEDD T SLQSLSMA SDGSMLAAAN TKGNCYVWEM PNHTDASHLK PVTKFRAHST YITRILLSSD VKHLATCSAD HTARVWSIDD DF KLETTLD GHQRWVWDCA FSADSAYLVT ASSDHYVRLW DLSTREIVRQ YGGHHKGAVC VALNDV

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分子 #3: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit TSC11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 25.804662 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #4: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 47.206457 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLKEPSVRLR EAIIEGNLLI VKRLLRRNPD LLTNIDSENG WSSLHYASYH GRYLICVYLI QLGHDKHELI KTFKGNTCVH LALMKGHEQ TLHLLLQQFP RFINHRGENG RAPIHIACMN DYYQCLSLLI GVGADLWVMD TNGDTPLHVC LEYGSISCMK M LLNEGEVS ...文字列:
MLKEPSVRLR EAIIEGNLLI VKRLLRRNPD LLTNIDSENG WSSLHYASYH GRYLICVYLI QLGHDKHELI KTFKGNTCVH LALMKGHEQ TLHLLLQQFP RFINHRGENG RAPIHIACMN DYYQCLSLLI GVGADLWVMD TNGDTPLHVC LEYGSISCMK M LLNEGEVS LDDNVRDKGN WKPIDVAQTF EVGNIYSKVL KEVKKKGPPL GAGKKPSSFR TPILNAKATF EDGPSPVLSM NS PYSLYSN NSPLPVLPRR ISTHTTSGNG GNRRSSITNP VFNPRKPTLS TDSFSSSSNS SSRLRVNSIN VKTPVGVSPK KEL VSESVR HSATPTSPHN NIALINRYLL PNKSNDNVRG DSQTATINDD GGGGNGGDAT IGMGLRKDPD DENENKYKIK VNNG EPRRR VSLLNIPISK LRNSNNTRAE D

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分子 #5: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1

分子名称: Target of rapamycin complex 2 subunit AVO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 131.565453 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDTVTVLNEL RAQFLRVCPE KDQMKRIIKP YIPVDEFNTE QCLDSSIREL YMNSDGVSLL PELESPPVSK DFMENYASLG KMRIMRENE GQKGKANQNL IGAEKTERDE EETRNLQDKS AKNTLIVEEN GTLRYNPLNS SASNSLLNDD DHTSGKHHKT S SKEDSYLN ...文字列:
MDTVTVLNEL RAQFLRVCPE KDQMKRIIKP YIPVDEFNTE QCLDSSIREL YMNSDGVSLL PELESPPVSK DFMENYASLG KMRIMRENE GQKGKANQNL IGAEKTERDE EETRNLQDKS AKNTLIVEEN GTLRYNPLNS SASNSLLNDD DHTSGKHHKT S SKEDSYLN SSMEMQKKSS KRSSLPFVRI FKSRRDHSNT SGNKNVMNTT NTRAKSSTLH PPGARHNKKG SKFDMNFDFD EN LEEEDDD DDDDEEGDDI HSQFFQLDDD FDAKGSGASP AHKGINGMSN NKNNTYTNNR NSISILDDRE SSNGNIGSAS RLK SHFPTS QKGKIFLTDN KNDGQKSDSL NANKGIHGDG SSASGNGSVS RDGLTETESN NISDMESYIN EKDLDDLNFD TVTS NINKT VSDLGGHEST NDGTAVMNRD SKDSRSNSNE FNAQNRDRIT PGSSYGKSLL GSEYSEERYS NNDSSTMESG EMSLD SDMQ TNTIPSHSIP MSMQKYGIYH GDDDSTLNNV FDKAVLTMNS SRHPKERRDT VISGKEPTSL TSSNRKFSVS SNLTST RSP LLRGHGRTSS TASSEHMKAP KVSDSVLHRA RKSTLTLKQD HSQPSVPSSV HKSSKEGNIL IEKTTDYLVS KPKASQL SN MFNKKKKRTN TNSVDVLEYF SFVCGDKVPN YESMGLEIYI QASKKYKRNS FTTKVRKSST IFEVIGFALF LYSTEKKP D NFEEDGLTVE DISNPNNFSL KIVDEDGEPF EDNFGKLDRK STIQSISDSE VVLCKVDDAE KSQNEIETPL PFETGGGLM DASTLDANSS HDTTDGTINQ LSFYKPIIGN EDDIDKTNGS KIIDVTVYLY PNVNPKFNYT TISVLVTSHI NDILVKYCKM KNMDPNEYA LKVLGKNYIL DLNDTVLRLD GINKVELISK KDARELHLEK MKPDLKKPVL PTIQSNDLTP LTLEPLNSYL K ADAGGAVA AIPENTKVTS KAKKISTKYK LGLAKQHSSS SVASGSVSTA GGLANGNGFF KNKNSSKSSL HGTLQFHNIN RS QSTMEHT PDTPNGVGDN FQDLFTGAYH KYKVWRRQQM SFINKHERTL AIDGDYIYIV PPEGRIHWHD NVKTKSLHIS QVV LVKKSK RVPEHFKIFV RREGQDDIKR YYFEAVSGQE CTEIVTRLQN LLSAYRMNHK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 - 3 sec blotting.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
#0 - 検出モード: INTEGRATING / #0 - 撮影したグリッド数: 4 / #0 - 実像数: 4189 / #0 - 平均露光時間: 2.3 sec. / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / #1 - デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 2847 / #1 - 平均露光時間: 20.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析 #1

粒子像選択選択した数: 350000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2990

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 16190
Image processing ID1
Image recording ID1

-
画像解析 #2

粒子像選択選択した数: 200000
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2990

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 10663
Image processing ID2
Image recording ID2

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5fvm


Chain - Residue range: 81-2474
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6emk:
Cryo-EM Structure of Saccharomyces cerevisiae Target of Rapamycin Complex 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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