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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3887 | |||||||||
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タイトル | AcrB in a SMALPAcriflavine resistance protein family | |||||||||
マップデータ | AcrB in SMA polymer. Map filtered by local resolution in RELION 2.1Acriflavine resistance protein family | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Parmar M / Rawson S / Scarff CA / Goldman A / Dafforn TR / Muench SP / Postis VLG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Biomembr / 年: 2018 タイトル: Using a SMALP platform to determine a sub-nm single particle cryo-EM membrane protein structure. 著者: Mayuriben Parmar / Shaun Rawson / Charlotte A Scarff / Adrian Goldman / Timothy R Dafforn / Stephen P Muench / Vincent L G Postis / 要旨: The field of membrane protein structural biology has been revolutionized over the last few years with a number of high profile structures being solved using cryo-EM including Piezo, Ryanodine ...The field of membrane protein structural biology has been revolutionized over the last few years with a number of high profile structures being solved using cryo-EM including Piezo, Ryanodine receptor, TRPV1 and the Glutamate receptor. Further developments in the EM field hold the promise of even greater progress in terms of greater resolution, which for membrane proteins is still typically within the 4-7Å range. One advantage of a cryo-EM approach is the ability to study membrane proteins in more "native" like environments for example proteoliposomes, amphipols and nanodiscs. Recently, styrene maleic acid co-polymers (SMA) have been used to extract membrane proteins surrounded by native lipids (SMALPs) maintaining a more natural environment. We report here the structure of the Escherichia coli multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP scaffold to sub-nm resolution, with the resulting map being consistent with high resolution crystal structures and other EM derived maps. However, both the C-terminal helix (TM12) and TM7 are poorly defined in the map. These helices are at the exterior of the helical bundle and form the greater interaction with the native lipids and SMA polymer and may represent a more dynamic region of the protein. This work shows the promise of using an SMA approach for single particle cryo-EM studies to provide sub-nm structures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3887.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3887-v30.xml emd-3887.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3887.png | 76.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3887 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3887 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | AcrB in SMA polymer. Map filtered by local resolution in RELION 2.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.13 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform
全体 | 名称: Escherichia coli multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia coli multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform
超分子 | 名称: Escherichia coli multidrug efflux transporter AcrB in a SMALP platform タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: C43(DE3) |
分子量 | 理論値: 340 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Low-pass filtered EM map |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / 詳細: RELION auto-refinement |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26480 |