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- EMDB-3877: Inner membrane Bcs complex (E. coli) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3877
タイトルInner membrane Bcs complex (E. coli)
マップデータAn inner membrane subcomplex of the E. coli cellulose secretion system (Bcs). The complex was purified from solubilised membranes of Bl21(DE3) cells over-expressing the BcsRQAB subunits.
試料
  • 複合体: Bcs inner membrane sub-complex.
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.1 Å
データ登録者Krasteva PV / Fronzes R
資金援助 フランス, 4件
OrganizationGrant number国
CNRSATIP-Avenir 2016 フランス
ANR/LABEXANR-10-LABX-62-IBEID to J.M.G. フランス
European Research CouncilMolStructTransfo, 281149 フランス
FRMDEQ20140329508 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Insights into the structure and assembly of a bacterial cellulose secretion system.
著者: Petya Violinova Krasteva / Joaquin Bernal-Bayard / Laetitia Travier / Fernando Ariel Martin / Pierre-Alexandre Kaminski / Gouzel Karimova / Rémi Fronzes / Jean-Marc Ghigo /
要旨: Secreted exopolysaccharides present important determinants for bacterial biofilm formation, survival, and virulence. Cellulose secretion typically requires the concerted action of a c-di-GMP- ...Secreted exopolysaccharides present important determinants for bacterial biofilm formation, survival, and virulence. Cellulose secretion typically requires the concerted action of a c-di-GMP-responsive inner membrane synthase (BcsA), an accessory membrane-anchored protein (BcsB), and several additional Bcs components. Although the BcsAB catalytic duo has been studied in great detail, its interplay with co-expressed subunits remains enigmatic. Here we show that E. coli Bcs proteins partake in a complex protein interaction network. Electron microscopy reveals a stable, megadalton-sized macromolecular assembly, which encompasses most of the inner membrane and cytosolic Bcs components and features a previously unobserved asymmetric architecture. Heterologous reconstitution and mutational analyses point toward a structure-function model, where accessory proteins regulate secretion by affecting both the assembly and stability of the system. Altogether, these results lay the foundation for more comprehensive models of synthase-dependent exopolysaccharide secretion in biofilms and add a sophisticated secretory nanomachine to the diverse bacterial arsenal for virulence and adaptation.
履歴
登録2017年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月27日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3877.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An inner membrane subcomplex of the E. coli cellulose secretion system (Bcs). The complex was purified from solubilised membranes of Bl21(DE3) cells over-expressing the BcsRQAB subunits.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.09078771 - 0.12465287
平均 (標準偏差)0.00024227778 (±0.0091167325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 342.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.91.91.9
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z342.000342.000342.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0910.1250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bcs inner membrane sub-complex.

全体名称: Bcs inner membrane sub-complex.
要素
  • 複合体: Bcs inner membrane sub-complex.

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超分子 #1: Bcs inner membrane sub-complex.

超分子名称: Bcs inner membrane sub-complex. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Sample purified using BcsA as bait from solubilised E. coli Bl21(DE3) cells over-expressing the BcsRQAB sub-units of cellulose-secreting E. coli 1094.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: 1094 / 細胞中の位置: inner membrane
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Bl21(DE3) / 組換プラスミド: pCDF-Duet
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 20 mM HEPES 8.0 120 mM NaCl 10 glycerol 5 mM MgCl2 10 uM AppCp 2 uM c-di-GMP 0.008% LM-NPG cOmplete protease inhibitors
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate
詳細: 5 ul of sample were spotted on glow-discharged carbon-coated copper grids and incubated for 1 minute. Liquid was blotted off and the sample was passed through 3 drops of 10 ul 2% uranyl ...詳細: 5 ul of sample were spotted on glow-discharged carbon-coated copper grids and incubated for 1 minute. Liquid was blotted off and the sample was passed through 3 drops of 10 ul 2% uranyl acetate with a 30-second incubation over the third. After that the stain was blotted off and the grid was air-dried.
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細Samples were purified using anti-FLAG affinity gel from detergent-solubilised membranes of E. coli(DE3) cells over-expressing the BcsRQAB subunits of an E. coli 1094-derived strain (pCDF vector, IPTG-inducible overnight expression in TB, affinity tag on BcsA). Eluted samples were further purified by centrifugation over a 10-40% glycerol density gradient.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 12.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 127400
詳細: Particles were picked using the automated picking function of EMAN2.0/Boxer.
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.0)
詳細: CTF correction was carried out in EMAN2.0 (e2ctf) in two rounds, before and after structure factor generation
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model was generated using EMAN2.0 (e2initialmodel) using a subset of high contrast class averages following 2D classification in Relion1.4.
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: Particles were saved as an .mrcs stack and subjected to two rounds of 2D classification in Relion. Only high-contrast classes (20182 particles in total) were used for 3D classification with ...詳細: Particles were saved as an .mrcs stack and subjected to two rounds of 2D classification in Relion. Only high-contrast classes (20182 particles in total) were used for 3D classification with three classes. Two of the classes converged to the same 3D model and the corresponding particles (14362) were used for 3D refinement of the EMAN2.0-generated initial model.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 14362
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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