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万見- EMDB-3857: Structure of Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 APBV1 helical capsid -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3857 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 APBV1 helical capsid | |||||||||||||||
マップデータ | APBV1 helical capsid | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | membrane => GO:0016020 / Major virion protein 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | isolate -/Japan/Tanaka/2005 (ウイルス) / Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Huiskonen JT / Ptchelkine D / Gillum A | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Unique architecture of thermophilic archaeal virus APBV1 and its genome packaging. 著者: Denis Ptchelkine / Ashley Gillum / Tomohiro Mochizuki / Soizick Lucas-Staat / Ying Liu / Mart Krupovic / Simon E V Phillips / David Prangishvili / Juha T Huiskonen / 要旨: Archaeal viruses have evolved to infect hosts often thriving in extreme conditions such as high temperatures. However, there is a paucity of information on archaeal virion structures, genome ...Archaeal viruses have evolved to infect hosts often thriving in extreme conditions such as high temperatures. However, there is a paucity of information on archaeal virion structures, genome packaging, and determinants of temperature resistance. The rod-shaped virus APBV1 (Aeropyrum pernix bacilliform virus 1) is among the most thermostable viruses known; it infects a hyperthermophile Aeropyrum pernix, which grows optimally at 90 °C. Here we report the structure of APBV1, determined by cryo-electron microscopy at near-atomic resolution. Tight packing of the major virion glycoprotein (VP1) is ensured by extended hydrophobic interfaces, and likely contributes to the extreme thermostability of the helical capsid. The double-stranded DNA is tightly packed in the capsid as a left-handed superhelix and held in place by the interactions with positively charged residues of VP1. The assembly is closed by specific capping structures at either end, which we propose to play a role in DNA packing and delivery. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3857.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3857-v30.xml emd-3857.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3857_fsc.xml | 6.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3857.png | 344.2 KB | ||
マスクデータ | emd_3857_msk_1.map | 22.2 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3857_half_map_1.map.gz emd_3857_half_map_2.map.gz | 20.4 MB 20.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3857 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3857 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3857.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | APBV1 helical capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3857_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: APBV1 helical capsid, half map 1
ファイル | emd_3857_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | APBV1 helical capsid, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: APBV1 helical capsid, half map 2
ファイル | emd_3857_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | APBV1 helical capsid, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Aeropyrum pernix bacilliform virus 1
全体 | 名称: Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Aeropyrum pernix bacilliform virus 1
超分子 | 名称: Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 700542 / 生物種: Aeropyrum pernix bacilliform virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Aeropyrum pernix (アエロピュルム・ペルニクス) |
-分子 #1: Major virion protein
分子 | 名称: Major virion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: isolate -/Japan/Tanaka/2005 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.272858 KDa |
配列 | 文字列: MAPKATLVKK FKGLAVGVGA LLAAPPIMGL ASYAVNGISS YLSITINSTT YDFAPLAQAV MVFGGIGLVA YGLHRILGRG L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: distilled water |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: K2 Summit エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-5oxe: |