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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3854 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human apoferritin at 3.15 A resolution determined with the Volta phase plate | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of human apoferritin at 3.15 A determined with the Volta phase plate | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / Scavenging by Class A Receptors / intracellular ferritin complex / オートファゴソーム / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / ferrous iron binding / Iron uptake and transport / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 細胞核 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Pechnikova EV | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human apoferritin at 3.15 A resolution determined with the Volta phase plate 著者: Pechnikova EV | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3854.map.gz | 10.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3854-v30.xml emd-3854.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3854_fsc.xml | 7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3854.png | 88 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3854 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3854 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3854.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of human apoferritin at 3.15 A determined with the Volta phase plate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human h-ferritin
全体 | 名称: human h-ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: human h-ferritin
超分子 | 名称: human h-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The sample was prepared in National Laboratory of Biomacromolecules, IBP, China |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 509 KDa |
-分子 #1: human h-ferritin
分子 | 名称: human h-ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTASTSQVR QNYHQDSEAA INRQINLELY ASYVYLSMSY YFDRDDVALK NFAKYFLHQS HEEREHAEK LMKLQNQRGG RIFLQDIKKP DCDDWESGLN AMECALHLEK NVNQSLLELH K LATDKNDP HLCDFIETHY LNEQVKAIKE LGDHVTNLRK MGAPESGLAE YLFDKHTLGD SD NES |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 96000 |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 10.0 mrad |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 39.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |