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- EMDB-3824: Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3824
タイトルCryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1
マップデータ
試料
  • 複合体: Tra1 - Transcription-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / クロマチンリモデリング / DNA修復 / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. ...Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Diaz-Santin LM / Lukoyanova N / Aciyan E / Cheung ACM
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust102535/Z/13/Z 英国
Royal SocietyRG140138 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1 at 3.7 angstrom resolution.
著者: Luis Miguel Díaz-Santín / Natasha Lukoyanova / Emir Aciyan / Alan Cm Cheung /
要旨: Coactivator complexes SAGA and NuA4 stimulate transcription by post-translationally modifying chromatin. Both complexes contain the Tra1 subunit, a highly conserved 3744-residue protein from the ...Coactivator complexes SAGA and NuA4 stimulate transcription by post-translationally modifying chromatin. Both complexes contain the Tra1 subunit, a highly conserved 3744-residue protein from the Phosphoinositide 3-Kinase-related kinase (PIKK) family and a direct target for multiple sequence-specific activators. We present the Cryo-EM structure of Tra1 to 3.7 Å resolution, revealing an extensive network of alpha-helical solenoids organized into a diamond ring conformation and is strikingly reminiscent of DNA-PKcs, suggesting a direct role for Tra1 in DNA repair. The structure was fitted into an existing SAGA EM reconstruction and reveals limited contact surfaces to Tra1, hence it does not act as a molecular scaffold within SAGA. Mutations that affect activator targeting are distributed across the Tra1 structure, but also cluster within the N-terminal Finger region, indicating the presence of an activator interaction site. The structure of Tra1 is a key milestone in deciphering the mechanism of multiple coactivator complexes.
履歴
登録2017年7月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月9日-
マップ公開2017年8月9日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5ojs
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3824.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3824.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.122903876 - 0.20766993
平均 (標準偏差)0.0005694987 (±0.005844923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 307.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z290290290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z307.400307.400307.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS290290290
D min/max/mean-0.1230.2080.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tra1 - Transcription-associated protein 1

全体名称: Tra1 - Transcription-associated protein 1
要素
  • 複合体: Tra1 - Transcription-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Transcription-associated protein 1

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超分子 #1: Tra1 - Transcription-associated protein 1

超分子名称: Tra1 - Transcription-associated protein 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 433 KDa

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分子 #1: Transcription-associated protein 1

分子名称: Transcription-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 436.527281 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKMSLTEQI EQFASRFRDD DATLQSRYST LSELYDIMEL LNSPEDYHFF LQAVIPLLLN QLKEVPISY DAHSPEQKLR NSMLDIFNRC LMNQTFQPYA MEVLEFLLSV LPKENEENGI LCMKVLTTLF KSFKSILQDK L DSFIRIII ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKMSLTEQI EQFASRFRDD DATLQSRYST LSELYDIMEL LNSPEDYHFF LQAVIPLLLN QLKEVPISY DAHSPEQKLR NSMLDIFNRC LMNQTFQPYA MEVLEFLLSV LPKENEENGI LCMKVLTTLF KSFKSILQDK L DSFIRIII QIYKNTPNLI NQTFYEAGKA EQGDLDSPKE PQADELLDEF SKNDEEKDFP SKQSSTEPRF ENSTSSNGLR SS MFSFKIL SECPITMVTL YSSYKQLTST SLPEFTPLIM NLLNIQIKQQ QEAREQAESR GEHFTSISTE IINRPAYCDF ILA QIKATS FLAYVFIRGY APEFLQDYVN FVPDLIIRLL QDCPSELSSA RKELLHATRH ILSTNYKKLF LPKLDYLFDE RILI GNGFT MHETLRPLAY STVADFIHNI RSELQLSEIE KTIKIYTGYL LDESLALTVQ IMSAKLLLNL VERILKLGKE NPQEA PRAK KLLMIIIDSY MNRFKTLNRQ YDTIMKYYGR YETHKKEKAE KLKNSIQDND KESEEFMRKV LEPSDDDHLM PQPKKE DIN DSPDVEMTES DKVVKNDVEM FDIKNYAPIL LLPTPTNDPI KDAFYLYRTL MSFLKTIIHD LKVFNPPPNE YTVANPK LW ASVSRVFSYE EVIVFKDLFH ECIIGLKFFK DHNEKLSPET TKKHFDISMP SLPVSATKDA RELMDYLAFM FMQMDNAT F NEIIEQELPF VYERMLEDSG LLHVAQSFLT SEITSPNFAG ILLRFLKGKL KDLGNVDFNT SNVLIRLFKL SFMSVNLFP NINEVVLLPH LNDLILNSLK YSTTAEEPLV YFYLIRTLFR SIGGGRFENL YRSIKPILQV LLQSLNQMIL TARLPHEREL YVELCITVP VRLSVLAPYL PFLMKPLVFA LQQYPDLVSQ GLRTLELCID NLTAEYFDPI IEPVIDDVSK ALFNLLQPQP F NHAISHNV VRILGKLGGR NRQFLKPPTD LTEKTELDID AIADFKINGM PEDVPLSVTP GIQSALNILQ SYKSDIHYRK SA YKYLTCV LLLMTKSSAE FPTNYTELLK TAVNSIKLER IGIEKNFDLE PTVNKRDYSN QENLFLRLLE SVFYATSIKE LKD DAMDLL NNLLDHFCLL QVNTTLLNKR NYNGTFNIDL KNPNFMLDSS LILDAIPFAL SYYIPEVREV GVLAYKRIYE KSCL IYGEE LALSHSFIPE LAKQFIHLCY DETYYNKRGG VLGIKVLIDN VKSSSVFLKK YQYNLANGLL FVLKDTQSEA PSAIT DSAE KLLIDLLSIT FADVKEEDLG NKVLENTLTD IVCELSNANP KVRNACQKSL HTISNLTGIP IVKLMDHSKQ FLLSPI FAK PLRALPFTMQ IGNVDAITFC LSLPNTFLTF NEELFRLLQE SIVLADAEDE SLSTNIQKTT EYSTSEQLVQ LRIACIK LL AIALKNEEFA TAQQGNIRIR ILAVFFKTML KTSPEIINTT YEALKGSLAE NSKLPKELLQ NGLKPLLMNL SDHQKLTV P GLDALSKLLE LLIAYFKVEI GRKLLDHLTA WCRVEVLDTL FGQDLAEQMP TKIIVSIINI FHLLPPQADM FLNDLLLKV MLLERKLRLQ LDSPFRTPLA RYLNRFHNPV TEYFKKNMTL RQLVLFMCNI VQRPEAKELA EDFEKELDNF YDFYISNIPK NQVRVVSFF TNMVDLFNTM VITNGDEWLK KKGNMILKLK DMLNLTLKTI KENSFYIDHL QLNQSIAKFQ ALYLRFTELS E RDQNPLLL DFIDFSFSNG IKASYSLKKF IFHNIIASSN KEKQNNFIND ATLFVLSDKC LDARIFVLKN VINSTLIYEV AT SGSLKSY LVEDKKPKWL ELLHNKIWKN SNAILAYDVL DHHDLFRFEL LQLSAIFIKA DPEIIAEIKK DIIKFCWNFI KLE DTLIKQ SAYLVTSYFI SKFDFPIKVV TQVFVALLRS SHVEARYLVK QSLDVLTPVL HERMNAAGTP DTWINWVKRV MVEN SSSQN NILYQFLISH PDLFFNSRDL FISNIIHHMN KITFMSNSNS DSHTLAIDLA SLILYWENKT LEITNVNNTK TDSDG DVVM SDSKSDINPV EADTTAIIVD ANNNSPISLH LREACTAFLI RYVCASNHRA IETELGLRAI NILSELISDK HWTNVN VKL VYFEKFLIFQ DLDSENILYY CMNALDVLYV FFKNKTKEWI MENLPTIQNL LEKCIKSDHH DVQEALQKVL QVIMKAI KA QGVSVIIEEE SPGKTFIQML TSVITQDLQE TSSVTAGVTL AWVLFMNFPD NIVPLLTPLM KTFSKLCKDH LSISQPKD A MALEEARITT KLLEKVLYIL SLKVSLLGDS RRPFLSTVAL LIDHSMDQNF LRKIVNMSRS WIFNTEIFPT VKEKAAILT KMLAFEIRGE PSLSKLFYEI VLKLFDQEHF NNTEITVRME QPFLVGTRVE DIGIRKRFMT ILDNSLERDI KERLYYVIRD QNWEFIADY PWLNQALQLL YGSFNREKEL SLKNIYCLSP PSILQEYLPE NAEMVTEVND LELSNFVKGH IASMQGLCRI I SSDFIDSL IEIFYQDPKA IHRAWVTLFP QVYKSIPKNE KYGFVRSIIT LLSKPYHTRQ ISSRTNVINM LLDSISKIES LE LPPHLVK YLAISYNAWY QSINILESIQ SNTSIDNTKI IEANEDALLE LYVNLQEEDM FYGLWRRRAK YTETNIGLSY EQI GLWDKA QQLYEVAQVK ARSGALPYSQ SEYALWEDNW IQCAEKLQHW DVLTELAKHE GFTDLLLECG WRVADWNSDR DALE QSVKS VMDVPTPRRQ MFKTFLALQN FAESRKGDQE VRKLCDEGIQ LSLIKWVSLP IRYTPAHKWL LHGFQQYMEF LEATQ IYAN LHTTTVQNLD SKAQEIKRIL QAWRDRLPNT WDDVNMWNDL VTWRQHAFQV INNAYLPLIP ALQQSNSNSN INTHAY RGY HEIAWVINRF AHVARKHNMP DVCISQLARI YTLPNIEIQE AFLKLREQAK CHYQNMNELT TGLDVISNTN LVYFGTV QK AEFFTLKGMF LSKLRAYEEA NQAFATAVQI DLNLAKAWAQ WGFFNDRRLS EEPNNISFAS NAISCYLQAA GLYKNSKI R ELLCRILWLI SIDDASGMLT NAFDSFRGEI PVWYWITFIP QLLTSLSHKE ANMVRHILIR IAKSYPQALH FQLRTTKED FAVIQRQTMA VMGDKPDTND RNGRRQPWEY LQELNNILKT AYPLLALSLE SLVAQINDRF KSTTDEDLFR LINVLLIDGT LNYNRLPFP RKNPKLPENT EKNLVKFSTT LLAPYIRPKF NADFIDNKPD YETYIKRLRY WRRRLENKLD RASKKENLEV L CPHLSNFH HQKFEDIEIP GQYLLNKDNN VHFIKIARFL PTVDFVRGTH SSYRRLMIRG HDGSVHSFAV QYPAVRHSRR EE RMFQLYR LFNKSLSKNV ETRRRSIQFN LPIAIPLSPQ VRIMNDSVSF TTLHEIHNEF CKKKGFDPDD IQDFMADKLN AAH DDALPA PDMTILKVEI FNSIQTMFVP SNVLKDHFTS LFTQFEDFWL FRKQFASQYS SFVFMSYMMM INNRTPHKIH VDKT SGNVF TLEMLPSRFP YERVKPLLKN HDLSLPPDSP IFHNNEPVPF RLTPNIQSLI GDSALEGIFA VNLFTISRAL IEPDN ELNT YLALFIRDEI ISWFSNLHRP IIENPQLREM VQTNVDLIIR KVAQLGHLNS TPTVTTQFIL DCIGSAVSPR NLARTD VNF MPWF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.05 MC8H18N2O4SHepes
0.15 MNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
0.0005 MC4H10O2S2DTT
0.0015 MMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Agar Scientific / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting ...詳細: Two subsequent applications of protein were required to achieve the desired particle density on grids. Each application was followed by 20 sec waiting time, with a short 0.5 sec blotting after first application and 5 sec blotting after the second..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.4 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.0.17)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

1102


詳細: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs).
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 182285
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-5ojs:
Cryo-EM structure of the SAGA and NuA4 coactivator subunit Tra1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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