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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3823 | |||||||||
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タイトル | Structure of the truncated African cichlid nackednavirus icosahedral capsid | |||||||||
マップデータ | Structure of the truncated African cichlid nackednavirus capsid | |||||||||
試料 |
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生物種 | Retro-transcribing viruses (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Mattei S / Briggs JAG / Seitz S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2017 タイトル: Deciphering the Origin and Evolution of Hepatitis B Viruses by Means of a Family of Non-enveloped Fish Viruses. 著者: Chris Lauber / Stefan Seitz / Simone Mattei / Alexander Suh / Jürgen Beck / Jennifer Herstein / Jacob Börold / Walter Salzburger / Lars Kaderali / John A G Briggs / Ralf Bartenschlager / 要旨: Hepatitis B viruses (HBVs), which are enveloped viruses with reverse-transcribed DNA genomes, constitute the family Hepadnaviridae. An outstanding feature of HBVs is their streamlined genome ...Hepatitis B viruses (HBVs), which are enveloped viruses with reverse-transcribed DNA genomes, constitute the family Hepadnaviridae. An outstanding feature of HBVs is their streamlined genome organization with extensive gene overlap. Remarkably, the ∼1,100 bp open reading frame (ORF) encoding the envelope proteins is fully nested within the ORF of the viral replicase P. Here, we report the discovery of a diversified family of fish viruses, designated nackednaviruses, which lack the envelope protein gene, but otherwise exhibit key characteristics of HBVs including genome replication via protein-primed reverse-transcription and utilization of structurally related capsids. Phylogenetic reconstruction indicates that these two virus families separated more than 400 million years ago before the rise of tetrapods. We show that HBVs are of ancient origin, descending from non-enveloped progenitors in fishes. Their envelope protein gene emerged de novo, leading to a major transition in viral lifestyle, followed by co-evolution with their hosts over geologic eras. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3823.map.gz | 474.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3823-v30.xml emd-3823.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3823.png | 102.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3823 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3823 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3823.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the truncated African cichlid nackednavirus capsid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Retro-transcribing viruses
全体 | 名称: Retro-transcribing viruses (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Retro-transcribing viruses
超分子 | 名称: Retro-transcribing viruses / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: truncated capsid variant (aa 1-146) lacking the C-terminal nucleic acid binding domain. NCBI-ID: 35268 / 生物種: Retro-transcribing viruses / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Ophthalmotilapia ventralis (魚類) |
Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 320.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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グリッド | モデル: Protochips C-Flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1018 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 781 / 詳細: manual picking |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: The structure of full-length ACNDV low-pass filtered at 100 angstrom was used as initial reference |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 3次元分類 | クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 260 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 360 |