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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3805 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized malaria parasite F-actin at near-atomic resolution | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 actin polymerization-dependent cell-to-cell migration in host / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / hydrolase activity / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (isolate HB3) (マラリア病原虫) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Pospich S / Kumpula E-P / von der Ecken J / Vahokoski J / Kursula I / Raunser S | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, フィンランド, 4件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017 タイトル: Near-atomic structure of jasplakinolide-stabilized malaria parasite F-actin reveals the structural basis of filament instability. 著者: Sabrina Pospich / Esa-Pekka Kumpula / Julian von der Ecken / Juha Vahokoski / Inari Kursula / Stefan Raunser / 要旨: During their life cycle, apicomplexan parasites, such as the malaria parasite , use actomyosin-driven gliding motility to move and invade host cells. For this process, actin filament length and ...During their life cycle, apicomplexan parasites, such as the malaria parasite , use actomyosin-driven gliding motility to move and invade host cells. For this process, actin filament length and stability are temporally and spatially controlled. In contrast to canonical actin, actin 1 (Act1) does not readily polymerize into long, stable filaments. The structural basis of filament instability, which plays a pivotal role in host cell invasion, and thus infectivity, is poorly understood, largely because high-resolution structures of Act1 filaments were missing. Here, we report the near-atomic structure of jasplakinolide (JAS)-stabilized Act1 filaments determined by electron cryomicroscopy. The general filament architecture is similar to that of mammalian F-actin. The high resolution of the structure allowed us to identify small but important differences at inter- and intrastrand contact sites, explaining the inherent instability of apicomplexan actin filaments. JAS binds at regular intervals inside the filament to three adjacent actin subunits, reinforcing filament stability by hydrophobic interactions. Our study reveals the high-resolution structure of a small molecule bound to F-actin, highlighting the potential of electron cryomicroscopy for structure-based drug design. Furthermore, our work serves as a strong foundation for understanding the structural design and evolution of actin filaments and their function in motility and host cell invasion of apicomplexan parasites. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3805.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3805-v30.xml emd-3805.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3805.png | 150.3 KB | ||
マスクデータ | emd_3805_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3805_half_map_1.map.gz emd_3805_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3805 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3805_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3805_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3805_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Plasmodium falciparum actin 1 filament stabilized by jasplakinolide
全体 | 名称: Plasmodium falciparum actin 1 filament stabilized by jasplakinolide |
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要素 |
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-超分子 #1: Plasmodium falciparum actin 1 filament stabilized by jasplakinolide
超分子 | 名称: Plasmodium falciparum actin 1 filament stabilized by jasplakinolide タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Filament |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum HB3 (マラリア病原虫) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Actin-1
分子 | 名称: Actin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (isolate HB3) (マラリア病原虫) 株: isolate HB3 |
分子量 | 理論値: 42.047676 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GAMGEEDVQA LVVDNGSGNV KAGVAGDDAP RSVFPSIVGR PKNPGIMVGM EEKDAFVGDE AQTKRGILTL KYPIEHGIVT NWDDMEKIW HHTFYNELRA APEEHPVLLT EAPLNPKGNR ERMTQIMFES FNVPAMYVAI QAVLSLYSSG RTTGIVLDSG D GVSHTVPI ...文字列: GAMGEEDVQA LVVDNGSGNV KAGVAGDDAP RSVFPSIVGR PKNPGIMVGM EEKDAFVGDE AQTKRGILTL KYPIEHGIVT NWDDMEKIW HHTFYNELRA APEEHPVLLT EAPLNPKGNR ERMTQIMFES FNVPAMYVAI QAVLSLYSSG RTTGIVLDSG D GVSHTVPI YEGYALPHAI MRLDLAGRDL TEYLMKILHE RGYGFSTSAE KEIVRDIKEK LCYIALNFDE EMKTSEQSSD IE KSYELPD GNIITVGNER FRCPEALFQP SFLGKEAAGI HTTTFNSIKK CDVDIRKDLY GNIVLSGGTT MYEGIGERLT RDI TTLAPS TMKIKVVAPP ERKYSVWIGG SILSSLSTFQ QMWITKEEYD ESGPSIVHRK CF |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: Jasplakinolide
分子 | 名称: Jasplakinolide / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: 9UE |
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分子量 | 理論値: 709.67 Da |
Chemical component information | ChemComp-9UE: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 0.2 mM CaCl2, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 5 mM DTT and 0.5 mM ATP. JAS was added at a 1:1 molar ratio during polyermization. | ||||||||||
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 97 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 詳細: Sample (2 uL of JAS-stabilized F-actin solution) was applied to a glow-discharged holey carbon grid, incubated for 30 s and manually blotted for 4 s from the backside with filter paper.. | ||||||||||
詳細 | Twist (degree) 167.5 Rise (A) 27.4 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | Cs corrected microscope |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-4 / 実像数: 1634 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 110.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 144058 |
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CTF補正 | ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4.0.7), RELION (ver. 1.4)) |
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL 詳細: An inital model was generated by first fitting a homology model into a previously obtained map at 7 A resolution and afterwards creating an electron density map from the model and filtering it to 20 A. |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Angular sampling: 3.7 degrees ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING Projection matching processing - Angular sampling: 0.9 degrees ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 140716 |