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- EMDB-3790: Structure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3790
タイトルStructure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
マップデータ
試料
  • 複合体: Tra1 subunit of SAGA complex
    • タンパク質・ペプチド: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / histone acetyltransferase complex / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Transcription-associated protein 1 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase ...Transcription-associated protein 1 / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription-associated protein / SAGA and NuA4 histone acetyltransferase complexes subunits
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類) / Yeast (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Sharov G / Voltz K / Durand A / Kolesnikova O / Papai G / Myasnikov AG / Dejaegere A / Ben-Shem A / Schultz P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structure of the transcription activator target Tra1 within the chromatin modifying complex SAGA.
著者: Grigory Sharov / Karine Voltz / Alexandre Durand / Olga Kolesnikova / Gabor Papai / Alexander G Myasnikov / Annick Dejaegere / Adam Ben Shem / Patrick Schultz /
要旨: The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. ...The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. The yeast Tra1 subunit is the major target of acidic activators such as Gal4, VP16, or Gcn4 but little is known about its structural organization. The 430 kDa Tra1 subunit and its human homolog the transformation/transcription domain-associated protein TRRAP are members of the phosphatidyl 3-kinase-related kinase (PIKK) family. Here, we present the cryo-EM structure of the entire SAGA complex where the major target of activator binding, the 430 kDa Tra1 protein, is resolved with an average resolution of 5.7 Å. The high content of alpha-helices in Tra1 enabled tracing of the majority of its main chain. Our results highlight the integration of Tra1 within the major epigenetic regulator SAGA.
履歴
登録2017年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月26日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年11月29日-
現状2017年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0429
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.0429
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  • 原子モデル: PDB-5oej
  • 表面レベル: 0.0429
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3790.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0429 / ムービー #1: 0.0429
最小 - 最大-0.113799304 - 0.19173111
平均 (標準偏差)0.00015792702 (±0.005900146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z352.000352.000352.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1140.1920.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tra1 subunit of SAGA complex

全体名称: Tra1 subunit of SAGA complex
要素
  • 複合体: Tra1 subunit of SAGA complex
    • タンパク質・ペプチド: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA

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超分子 #1: Tra1 subunit of SAGA complex

超分子名称: Tra1 subunit of SAGA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 400 KDa

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分子 #1: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA

分子名称: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Yeast (菌類)
分子量理論値: 438.055344 KDa
配列文字列: MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN ...文字列:
MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN VDSTSRPNSP SFSSQSDDSK QLAQAMFSFK TLAESPITMV SLYSSYKELA ASSLGNFIPH VMKVLSLEVA KQ AEARKAA EEKGIILVNV CKEITNRANY GEFIIGQVKA ASFLAYLFIR RQAQTFLEPY QQAIPDIIIR LLQDCPSELS AAR KELLHA TRHILSTDFR KMFIPKIDLL FDLRVLIGEG FTAYETLRPL AYSTVADFIH NVRDHLTPAQ LWKSVSIYCK NLQD DSLAL TVQIMSAKLL LNLIEKIMRS ESKTESRQLL MVIIDAYTKR FKMLNSRYNG IMKQHATYEK EKQEKQNQER LLTNK LDGT TPSPSDDKKV ELIDEDQDVK MEDPTPEISD QETIKGDNDA STEPQDSEQQ LADFMSLQEY LPIQVSVPPE IDLLKD SRY LFKTLMTFLK TIMIGLKNSN PPSSQNHFNA QNWNETARGF SNEDINILKS LFRECILALR FFSTSKTSLP ASSMKQS FD ITGPNLPITS TKEEKDLMEI FATMFIHIDP ASFNEIVREE LPFMYKQMLD FASLLHIPQF FLASVITSSS FSGILITF L KSKLVDLGEV NIIKSNILIR LFKLCFMSVS LFPAANESVI LPHLNELILK SLKLSTTAKE PLVYFYLIRT LFRSIGGGR FENLYKEIMP LLQVLLESLS KLIHEARRPQ ERDIYVELCL TVPVRLSVLV PHLSYLMKPL VYALNGSQES VSQGLRTLEL CVDNLTAEY FDPIIEPVID DVMEALSKHL KPLPYYHQHS HTTLRILGKL GGRNRTFIKP VDNLKTDSEL FQNVEAMFKI H GLPNEVPL SITPGLSAAF SLLTDPRPRI HYRINSFKYI SGIFQLFLGA TQLPDDYANR LKESMDIILE DTIAPDEPLN KL HHFPVKD IAKYDSQMEL LVKLLESIFY AVSLQEVREE SKALIRGTCN HFILLYFNKM VIDKRKFVRK FSVDNHEGNL FLN ENCIFD AIIYALSSDN SAVRSMGLES VQLIYDSCVE LFGNIDCALK FAPLNVMCSK FIHCCFEEPY HKKLAGCIGL EMML NSLDI PMKYFNARQL EIIRALFYVL RDTAPELPCE VTNTAKRLIL NSLKEWNKEL TRNDVFSSVF QNLVSSLIVD LPNAN EIVR ATAQEALRTL SETTQVPIAT MISPCKHILL APIFGKPLRA LPFQMQIGNI DAITFCMGLE NSFLEYNEEL NRLVQE ALA LVDAEDESLV SAHRISEHKT SEQLVRLRVV CIQLLSLAIT KPEFAAAQQR SNIRVKILVV FFKSLCGRSI EIIRAAH GG LKAVIDLKMK LPKELLQNGL RPMLMNLSDH KKLTVASLEA LSGLLKLFIS YFKVGIGSKL LDHLLAWAQP RTLQQLGS Q DLENNSTVQI IVAILDVFHL LPPTAHKFMN DLMNALLYLE NNLHRCQYSP FREPLAKFLD RFPDESFEYF FNEFSKREI TTRFVYFVGL DSCSSLRAKV LESLPRVRGL LHQEGSAEEK CVRFSNLVDL CESLAASDKE WIKDKEELLG ELLDAGSVCL TLKRSSNVV SPLYFQVDQG FETLQLLYIE YFKSQPLGHE KVFNFIDKIS KEGLPFVLEF DDFIFNEVVK CQDIPTVQQT L DTIIRMTP QVSSLDARVY LYKRIFLPIC IYESEMHGDL SRLSQTENNE LPAWLKSFDS DVWKATGPLV DDYTSTLEDR YR LELMQLT ALLIKGAPTA LTDMRKDIIK FSWNYIKLDD NTSKQAAYVV TAYFISRFDT PSELTTRIFV ALLRCHQIDT RYL VKQALE LLAPVLSERT NSELDWLKWP RRVLSEDGFN ITQVANIYQL IVKFPDLFYP ARDHFIPNII TAMGKLTVMS NTSL ENQQL AIDLAELILK WETKLPKSEK LGSAEETEKE KSVSEDKMDI DVKEETKEDI AERPKAEDQI GGDDSDSSNI LTSED YEVS FAQREACVTF LIRYICISTQ RPSENELGKR ALNILYELLG PKYWSEVTVK LQFFERFLMS SDLNQPSLLG YCLNAL EVL AVALKWKPTT WIIENVSYLQ KLLEKCLRSD NQDIQEILQK VLGIILEAIN KETQGSEEDE PEEVTNFISL IVNIIGE DL SNMTSVAAGV SLCWTLSLYR PNALDSLLPS IMRTFNKLCR DHIAISLQGN QPQSGDFANI EFEAKVTTNL LEKILNLC A ARISSLDDQR RVFLSLLAQL IDRSVDKDML LKVINIVTEW IFKTDFYPTT KEKAGILGKM MIFDLRGEPE LSKKFNQVI VDIFESKELA HTELTARMET AFLFGTRLSD VSIRKKLMSI LSDSLELDID KRLFYIIKDQ NWEYLSDYPW LNQALQLLYG SFHLDSPIR LSPEENTLSP LQSITEGLAR EKSPVEKAPQ NIIDFVAKHN EFLDSVRSLT AGDILNPLID ISYQSAETIH N AWVVVFPV AYSAIESRYE LEFTRALVKL LFKDYHIRQQ DARPNVIKSL LDGVGKCPGL HLPPHLVKYL GSNYNAWYGA IK LLEELSE GQGIDNQKIS DANQDALLEV YMSLQEDDMF YGTWRRRAKY FETNAALSYE QIGIWDKALQ LYEAAQIKAR SGV FPFGES EYSLWEDHWI YCAEKLQHWE ILTELAKHEG FTDLLLECGW RGADWIADRE PLEQSVKTVM DIPTPRRQIF QTFL ALQGF SQQKDTLQDV SRLCDEGIQL TLRKWNALPQ RVTRAHIGLL HTFQQYVELM EASQVYSSLV TTNAQNLDVK SQELK RVLQ AWRERLPNVW DDINIWNDLV TWRQHVFGVI NRVYMPFVPV LQQSNGTNNG NSYAYRGYHE MAWVINRFAH VARKHE MPE VCINQLTKIY TLPNIEIQEA FLKLREQAKC HYQNSSELNT GLDVISNTNL VYFATQQKAE FFTLKGMFLA KLNAKDE AN QAFATAVQID LNLPKAWAEW GFFNDRRFKE NPEEIFHAKN AISCYLQAAG LYKDGKTRKL LCRILWLISL DDAAGSLA K TFEDHHGESP VWYWITFVPQ LLTSLSHKEA KIVRHILIQI AKSYPQSLHF QLRTTKEDYQ AIQRQAMAVN RAEEQSSNK QDTADSVLKN TNTPQPQTRT ETSGTTAESD KKPSIPPKEE QGSPQPSRPA TTQASPQAQS QENGESSQKH PPEIPTTDSR QPWQDVEEI MGILKTAYPL LALSLESLVD QLNQRFKCNA DEDAYRLVIV LYNDGVQQMN RVANPREEVK LPAATEASIS R FADSVLPK NIREVFEQDI IACNPNLETY ISKLRKWRDC LEEKLDRSYG KADLERVSLH LSLFHHQKFE DIEIPGQYLL HK DNNNHFI KIERFLPTLD LVRGSNGCYK RMTIRGNDGS LHPFAVQFPA ARHCRREERI FQLFRIFDDA LSRKVQSRRR NIS LTLPIA VPLSPHIRIL NDDKRYTTLM GIYEEFCRRK GQSRDEPFAY TIQKLRAAFD PRLPKPDIVS VRAEVLASIQ STLV PSTLL KDYYTEKFSN YENYWLFRKQ FTAQYASFIF MTYIMCINSR QPQKIHINEG SGNIWTSEML PTKVATGKTH STAYN NSTL DPAVKAGAPI FYNTESVPFR LTPNIQKFIG EAGLEGILSV YILVIANSLS DSEFDMEQYL SLFVRDEVIS WFAQQH RAS AQTNQLREIV RVNVELLTKR VLQLNHIPNS QNVATQFVLN LISQAVNPRN LAYTDSAWMA YL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.018 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 1 second before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.4 µm / 倍率（補正後）: 127272 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 59000
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope has a Cs corrector
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8505 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 17 frames per second, frame 1 was not acquired. Every two frames were joined together, producing 8 frames per second.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 264901
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctf (ver. 0.50)CTF estimation
CTFFIND (ver. 4.0.15)CTF estimation

詳細: Full CTF correction in Relion
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
詳細: RCT model from previous study: DOI: 10.1016/j.molcel.2004.06.005
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Merit function: Maximum likelihood (ML
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 105916
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4jsn


Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 1385-2549
詳細Secondary structure restraints were applied in Phenix.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5oej:
Structure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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