[日本語] English
万見
- EMDB-3778: Molecular basis of human kinesin-8 function and inhibition -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3778
タイトルMolecular basis of human kinesin-8 function and inhibition
マップデータAsymmetric unit extracted from the full MT-bound Kif18A motor domain no nucleotide reconstruction
試料
  • 複合体: 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain neck-linker without nucleotide
    • 複合体: Tubulin, alphaチューブリン
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • 複合体: Tublin, beta
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Kinesin-8 motor domain neck-linker
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF18A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOLパクリタキセル
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-dependent ATPase activity / mitotic spindle astral microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase ...tubulin-dependent ATPase activity / mitotic spindle astral microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / RHO GTPases activate IQGAPs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases Activate Formins / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / mitotic spindle midzone / Aggrephagy / kinetochore microtubule / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / male meiotic nuclear division / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / microtubule plus-end binding / Kinesins / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule depolymerization / kinesin complex / mitotic metaphase chromosome alignment / microtubule-based movement / seminiferous tubule development / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / ruffle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / MHC class II antigen presentation / cellular response to interleukin-4 / cellular response to estradiol stimulus / カベオラ / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / protein transport / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / actin binding / microtubule binding / 微小管 / hydrolase activity / GTPase activity / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin ...Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein KIF18A
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Bovine (ウシ) / Pig (ブタ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Locke J / Joseph AP / Topf M / Moores CA
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKC33336/A13177 英国
Worldwide Cancer Research16-0037 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Structural basis of human kinesin-8 function and inhibition.
著者: Julia Locke / Agnel Praveen Joseph / Alejandro Peña / Martin M Möckel / Thomas U Mayer / Maya Topf / Carolyn A Moores /
要旨: Kinesin motors play diverse roles in mitosis and are targets for antimitotic drugs. The clinical significance of these motors emphasizes the importance of understanding the molecular basis of their ...Kinesin motors play diverse roles in mitosis and are targets for antimitotic drugs. The clinical significance of these motors emphasizes the importance of understanding the molecular basis of their function. Equally important, investigations into the modes of inhibition of these motors provide crucial information about their molecular mechanisms. Kif18A regulates spindle microtubules through its dual functionality, with microtubule-based stepping and regulation of microtubule dynamics. We investigated the mechanism of Kif18A and its inhibition by the small molecule BTB-1. The Kif18A motor domain drives ATP-dependent plus-end microtubule gliding, and undergoes conformational changes consistent with canonical mechanisms of plus-end-directed motility. The Kif18A motor domain also depolymerizes microtubule plus and minus ends. BTB-1 inhibits both of these microtubule-based Kif18A activities. A reconstruction of BTB-1-bound, microtubule-bound Kif18A, in combination with computational modeling, identified an allosteric BTB-1-binding site near loop5, where it blocks the ATP-dependent conformational changes that we characterized. Strikingly, BTB-1 binding is close to that of well-characterized Kif11 inhibitors that block tight microtubule binding, whereas BTB-1 traps Kif18A on the microtubule. Our work highlights a general mechanism of kinesin inhibition in which small-molecule binding near loop5 prevents a range of conformational changes, blocking motor function.
履歴
登録2017年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月26日-
マップ公開2017年10月25日-
更新2019年8月21日-
現状2019年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5oam
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3778.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric unit extracted from the full MT-bound Kif18A motor domain no nucleotide reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大0.0 - 0.17798981
平均 (標準偏差)0.020312501 (±0.033570096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin20489143
サイズ577775
Spacing775775
セルA: 107.03 Å / B: 79.229996 Å / C: 104.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z775775
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z107.03079.230104.250
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS89204143
NC/NR/NS775775
D min/max/mean0.0000.1780.020

-
添付データ

-
試料の構成要素

+
全体 : 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain ne...

全体名称: 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain neck-linker without nucleotide
要素
  • 複合体: 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain neck-linker without nucleotide
    • 複合体: Tubulin, alphaチューブリン
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
    • 複合体: Tublin, beta
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Kinesin-8 motor domain neck-linker
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein KIF18A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOLパクリタキセル

+
超分子 #1: 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain ne...

超分子名称: 13-Protofilament microtuble-bound human Kinesin-8 motor domain neck-linker without nucleotide
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: Tubulin, alpha

超分子名称: Tubulin, alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: Tublin, beta

超分子名称: Tublin, beta / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #4: Kinesin-8 motor domain neck-linker

超分子名称: Kinesin-8 motor domain neck-linker / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

+
分子 #1: Kinesin-like protein KIF18A

分子名称: Kinesin-like protein KIF18A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.213938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMSVTEED LCHHMKVVVR VRPENTKEKA AGFHKVVHVV DKHILVFDPK QEEVSFFHGK KTTNQNVIKK QNKDLKFVFD AVFDETSTQ SEVFEHTTKP ILRSFLNGYN CTVLAYGATG AGKTHTMLGS ADEPGVMYLT MLHLYKCMDE IKEEKICSTA V SYLEVYNE ...文字列:
GSHMSVTEED LCHHMKVVVR VRPENTKEKA AGFHKVVHVV DKHILVFDPK QEEVSFFHGK KTTNQNVIKK QNKDLKFVFD AVFDETSTQ SEVFEHTTKP ILRSFLNGYN CTVLAYGATG AGKTHTMLGS ADEPGVMYLT MLHLYKCMDE IKEEKICSTA V SYLEVYNE QIRDLLVNSG PLAVREDTQK GVVVHGLTLH QPKSSEEILH LLDNGNKNRT QHPTDMNATS SRSHAVFQIY LR QQDKTAS INQNVRIAKM SLIDLAGSER ASTSGAKGTR FVEGTNINRS LLALGNVINA LADSKRKNQH IPYRNSKLTR LLK DSLGGN CQTIMIAAVS PSSVFYDDTY NTLKYANRAK DIKSSLKSNV LNVNNHITQY V

+
分子 #2: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bovine (ウシ)
分子量理論値: 50.107238 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRGHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

+
分子 #3: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pig (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

+
分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

+
分子 #7: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

+
分子 #8: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM / パクリタキセル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細FEI Polara
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2p4n

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 81.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 0 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 70395
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-5oam:
Molecular basis of human kinesin-8 function and inhibition

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る