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万見
- EMDB-3753: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3753
タイトルNegative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
マップデータNegative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
試料
  • 複合体: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
生物種Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å
データ登録者Scheffer MP
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of the NAP; the major adhesion complex of the human pathogen Mycoplasma genitalium.
著者: Margot P Scheffer / Luis Gonzalez-Gonzalez / Anja Seybert / Mercè Ratera / Michael Kunz / José M Valpuesta / Ignacio Fita / Enrique Querol / Jaume Piñol / Jaime Martín-Benito / Achilleas S Frangakis /
要旨: Mycoplasma genitalium, the causative agent of non-gonococcal urethritis and pelvic inflammatory disease in humans, is a small eubacterium that lacks a peptidoglycan cell wall. On the surface of its ...Mycoplasma genitalium, the causative agent of non-gonococcal urethritis and pelvic inflammatory disease in humans, is a small eubacterium that lacks a peptidoglycan cell wall. On the surface of its plasma membrane is the major surface adhesion complex, known as NAP that is essential for adhesion and gliding motility of the organism. Here, we have performed cryo-electron tomography of intact cells and detergent permeabilized M. genitalium cell aggregates, providing sub-tomogram averages of free and cell-attached NAPs respectively, revealing a tetrameric complex with two-fold rotational (C2) symmetry. Each NAP has two pairs of globular lobes (named α and β lobes), arranged as a dimer of heterodimers with each lobe connected by a stalk to the cell membrane. The β lobes are larger than the α lobes by 20%. Classification of NAPs showed that the complex can tilt with respect to the cell membrane. A protein complex containing exclusively the proteins P140 and P110, was purified from M. genitalium and was structurally characterized by negative-stain single particle EM reconstruction. The close structural similarity found between intact NAPs and the isolated P140/P110 complexes, shows that dimers of P140/P110 heterodimers are the only components of the extracellular region of intact NAPs in M. genitalium.
履歴
登録2017年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月26日-
マップ公開2017年7月26日-
更新2017年9月13日-
現状2017年9月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3753.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1047 / ムービー #1: 0.1047
最小 - 最大-0.16509591 - 0.3144459
平均 (標準偏差)-0.000034514454 (±0.031377893)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.324.324.32
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.1650.314-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated ...

全体名称: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
要素
  • 複合体: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.

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超分子 #1: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated ...

超分子名称: Negative stain 3D single particle reconstruction of the isolated surface adhesin P140/P110 complex of Mycoplasma genitalium.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: NAP complexes were extracted from the cell membranes of a modified M. genitalium G37 strain by using the detergent n-octyl-beta-D-glucopyranoside, where gene mg192 had been extended to ...詳細: NAP complexes were extracted from the cell membranes of a modified M. genitalium G37 strain by using the detergent n-octyl-beta-D-glucopyranoside, where gene mg192 had been extended to include a region coding for a six-histidines tag at the C-terminus end of the P110 protein, the gene product of mg192.
由来(天然)生物種: Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
組換発現生物種: Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア)
分子量実験値: 495 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 14375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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