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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3729 | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase I pre-initiation complex (Pol-Rrn3 focused refinement) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Sadian Y / Tafur L / Kosinski J / Jakobi AJ / Wetzel R / Buczak K / Hagen WJH / Beck M / Sachse C / Muller CW | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2017 タイトル: Structural insights into transcription initiation by yeast RNA polymerase I. 著者: Yashar Sadian / Lucas Tafur / Jan Kosinski / Arjen J Jakobi / Rene Wetzel / Katarzyna Buczak / Wim Jh Hagen / Martin Beck / Carsten Sachse / Christoph W Müller / 要旨: In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of ...In eukaryotic cells, RNA polymerase I (Pol I) synthesizes precursor ribosomal RNA (pre-rRNA) that is subsequently processed into mature rRNA. To initiate transcription, Pol I requires the assembly of a multi-subunit pre-initiation complex (PIC) at the ribosomal RNA promoter. In yeast, the minimal PIC includes Pol I, the transcription factor Rrn3, and Core Factor (CF) composed of subunits Rrn6, Rrn7, and Rrn11. Here, we present the cryo-EM structure of the 18-subunit yeast Pol I PIC bound to a transcription scaffold. The cryo-EM map reveals an unexpected arrangement of the DNA and CF subunits relative to Pol I. The upstream DNA is positioned differently than in any previous structures of the Pol II PIC. Furthermore, the TFIIB-related subunit Rrn7 also occupies a different location compared to the Pol II PIC although it uses similar interfaces as TFIIB to contact DNA. Our results show that although general features of eukaryotic transcription initiation are conserved, Pol I and Pol II use them differently in their respective transcription initiation complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3729.map.gz | 2.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3729-v30.xml emd-3729.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3729.png | 111 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3729 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3729 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...
+超分子 #1: RNA polymerase I pre-initiation complex with Core Factor, Rrn3 an...
+分子 #1: RPA1_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
+分子 #2: RPA2_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
+分子 #3: RPA49_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
+分子 #4: RPA43_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
+分子 #5: RPAC1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
+分子 #6: RPA34_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
+分子 #7: RPAB1_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #8: RPAB2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #9: RPAC2_YEAST DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
+分子 #10: RPAB3_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #11: RPA14_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
+分子 #12: RPA12_YEAST DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
+分子 #13: RPAB4_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #14: RPAB5_YEAST DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #15: RRN3_YEAST RNA polymerase I-specific transcription initiation fac...
+分子 #16: non-template DNA strand
+分子 #17: template DNA strand
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm / 倍率(公称値): 105000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 4235 / 平均露光時間: 20.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 38589 |