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万見
- EMDB-3660: 601 nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3660
タイトル601 nucleosome
マップデータ601 nucleosome
試料
  • 複合体: 601 nucleosome
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å
データ登録者Bednar J / Garcia-Saez I / Boopathi R / Cutter AR / Papai G / Reymer A / Syed SH / Lone IN / Tonchev O / Crucfix C ...Bednar J / Garcia-Saez I / Boopathi R / Cutter AR / Papai G / Reymer A / Syed SH / Lone IN / Tonchev O / Crucfix C / Menoni H / Papin C / Skoufias DA / Kurumizaka H / Lavery R / Hamiche A / Hayes JJ / Schultz P / Angelov D / Petosa C / Dimitrov S
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2017
タイトル: Structure and Dynamics of a 197 bp Nucleosome in Complex with Linker Histone H1.
著者: Jan Bednar / Isabel Garcia-Saez / Ramachandran Boopathi / Amber R Cutter / Gabor Papai / Anna Reymer / Sajad H Syed / Imtiaz Nisar Lone / Ognyan Tonchev / Corinne Crucifix / Hervé Menoni / ...著者: Jan Bednar / Isabel Garcia-Saez / Ramachandran Boopathi / Amber R Cutter / Gabor Papai / Anna Reymer / Sajad H Syed / Imtiaz Nisar Lone / Ognyan Tonchev / Corinne Crucifix / Hervé Menoni / Christophe Papin / Dimitrios A Skoufias / Hitoshi Kurumizaka / Richard Lavery / Ali Hamiche / Jeffrey J Hayes / Patrick Schultz / Dimitar Angelov / Carlo Petosa / Stefan Dimitrov /
要旨: Linker histones associate with nucleosomes to promote the formation of higher-order chromatin structure, but the underlying molecular details are unclear. We investigated the structure of a 197 bp ...Linker histones associate with nucleosomes to promote the formation of higher-order chromatin structure, but the underlying molecular details are unclear. We investigated the structure of a 197 bp nucleosome bearing symmetric 25 bp linker DNA arms in complex with vertebrate linker histone H1. We determined electron cryo-microscopy (cryo-EM) and crystal structures of unbound and H1-bound nucleosomes and validated these structures by site-directed protein cross-linking and hydroxyl radical footprinting experiments. Histone H1 shifts the conformational landscape of the nucleosome by drawing the two linkers together and reducing their flexibility. The H1 C-terminal domain (CTD) localizes primarily to a single linker, while the H1 globular domain contacts the nucleosome dyad and both linkers, associating more closely with the CTD-distal linker. These findings reveal that H1 imparts a strong degree of asymmetry to the nucleosome, which is likely to influence the assembly and architecture of higher-order structures.
履歴
登録2017年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月17日-
マップ公開2017年5月17日-
更新2017年7月12日-
現状2017年7月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3660.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈601 nucleosome
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.029442614 - 0.071102045
平均 (標準偏差)0.000000000000695 (±0.0025464832)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-102-102-102
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 348.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z348.880348.880348.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-102-102-102
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0290.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 601 nucleosome

全体名称: 601 nucleosome
要素
  • 複合体: 601 nucleosome

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超分子 #1: 601 nucleosome

超分子名称: 601 nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 78652 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 94264
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 29222

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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