+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3650 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM asymmetric recontsruction of haemoglobin at 3.4 A determined with the Volta phase plate | |||||||||
マップデータ | Postprocessed asymmetric reconstruction from all particles | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Khoshouei M / Radjainia M / Baumeister W / Danev R | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structure of haemoglobin at 3.2 Å determined with the Volta phase plate. 著者: Maryam Khoshouei / Mazdak Radjainia / Wolfgang Baumeister / Radostin Danev / 要旨: With the advent of direct electron detectors, the perspectives of cryo-electron microscopy (cryo-EM) have changed in a profound way. These cameras are superior to previous detectors in coping with ...With the advent of direct electron detectors, the perspectives of cryo-electron microscopy (cryo-EM) have changed in a profound way. These cameras are superior to previous detectors in coping with the intrinsically low contrast and beam-induced motion of radiation-sensitive organic materials embedded in amorphous ice, and hence they have enabled the structure determination of many macromolecular assemblies to atomic or near-atomic resolution. Nevertheless, there are still limitations and one of them is the size of the target structure. Here, we report the use of a Volta phase plate in determining the structure of human haemoglobin (64 kDa) at 3.2 Å. Our results demonstrate that this method can be applied to complexes that are significantly smaller than those previously studied by conventional defocus-based approaches. Cryo-EM is now close to becoming a fast and cost-effective alternative to crystallography for high-resolution protein structure determination. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3650.map.gz | 1.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3650-v30.xml emd-3650.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3650.png | 76.2 KB | ||
その他 | emd_3650_half_map_1.map.gz emd_3650_half_map_2.map.gz | 2.8 MB 2.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3650 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3650 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Postprocessed asymmetric reconstruction from all particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half1 map from asymmetric reconstruction and all particles
ファイル | emd_3650_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half1 map from asymmetric reconstruction and all particles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half2 map from asymmetric reconstruction and all particles
ファイル | emd_3650_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half2 map from asymmetric reconstruction and all particles | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hemoglobin
全体 | 名称: Hemoglobinヘモグロビン |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Hemoglobin
超分子 | 名称: Hemoglobin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 175300 |