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- EMDB-3640: 2.9S structure of the 70S ribosome composing the S. aureus 100S c... -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 3640
タイトル2.9S structure of the 70S ribosome composing the S. aureus 100S complex
マップデータ2.9A cryo-EM map of one of the 70S ribosomes composing the S. aureus 100S complex
試料70S ribosome of the S. aureus 100S complex:
30S subunit / 16S rRNA / 30S ribosomal proteinsRibosomal protein / 50S subunit / 23S and 5S rRNA / 50S ribosomal proteinsRibosomal protein / (nucleic-acid核酸) x 3 / (30S ribosomal protein ...) x 20 / Ribosome hibernation promoting factor / (50S ribosomal protein ...) x 28 / ligandリガンド
機能・相同性L21-like superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily ...L21-like superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein L14 superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein L13 superfamily / Ribosomal protein L30, ferredoxin-like fold domain superfamily / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S7p/S5e / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L14p/L23e / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L3 / Ribosome hibernation promotion factor-like / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein S19, superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein L21-like / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal L18e/L15P superfamily / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L25 / L28p-like / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein L30p/L7e / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein S10 signature. / KH domain / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S17 signature. / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein S13 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L15 signature.
機能・相同性情報
由来Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 2.9Å分解能
データ登録者Matzov D / Aibara S
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2017
タイトル: The cryo-EM structure of hibernating 100S ribosome dimer from pathogenic Staphylococcus aureus.
著者: Donna Matzov / Shintaro Aibara / Arnab Basu / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Mee-Ngan F Yap / Alexey Amunts / Ada E Yonath
構造検証レポートPDB-ID: 5ngm

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年3月18日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年10月4日 / マップ公開: 2017年10月4日 / 最新の更新: 2017年10月11日

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構造の表示

ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_3640.map.gz (map file in CCP4 format, 256001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
400 pix
1.07 Å/pix.
= 428. Å
400 pix
1.07 Å/pix.
= 428. Å
400 pix
1.07 Å/pix.
= 428. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面のレベル:0.08 (by author), 0.08 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.64437616 - 1.0560213
平均 (標準偏差)0.0015266285 (0.026998984)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions400400400
Origin000
Limit399399399
Spacing400400400
セルA=B=C: 428.00003 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.000428.000428.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.6441.0560.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 70S ribosome of the S. aureus 100S complex

全体名称: 70S ribosome of the S. aureus 100S complex / 構成要素数: 60

+
構成要素 #1: タンパク質, 70S ribosome of the S. aureus 100S complex

タンパク質名称: 70S ribosome of the S. aureus 100S complex / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #2: タンパク質, 30S subunit

タンパク質名称: 30S subunit / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #3: タンパク質, 16S rRNA

タンパク質名称: 16S rRNA / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #4: タンパク質, 30S ribosomal proteins

タンパク質名称: 30S ribosomal proteinsRibosomal protein / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #5: タンパク質, 50S subunit

タンパク質名称: 50S subunit / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #6: タンパク質, 23S and 5S rRNA

タンパク質名称: 23S and 5S rRNA / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #7: タンパク質, 50S ribosomal proteins

タンパク質名称: 50S ribosomal proteinsRibosomal protein / 組換発現: No
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / : USA300_FPR3757

+
構成要素 #8: 核酸, 16S ribosomal RNA

核酸名称: 16S ribosomal RNA16S rRNA系統解析 / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UUUUAUGGAG AGUUUGAUCC UGGCUCAGGA UGAACGCUGG CGGCGUGCCU AAUACAUGCA AGUCGAGCGA ACGGACGAGA AGCUUGCUUC UCUGAUGUUA GCGGCGGACG GGUGAGUAAC ACGUGGAUAA CCUACCUAUA AGACUGGGAU AACUUCGGGA AACCGGAGCU AAUACCGGAU AAUAUUUUGA ACCGCAUGGU UCAAAAGUGA AAGACGGUCU UGCUGUCACU UAUAGAUGGA UCCGCGCUGC AUUAGCUAGU UGGUAAGGUA ACGGCUUACC AAGGCAACGA UGCAUAGCCG ACCUGAGAGG GUGAUCGGCC ACACUGGAAC UGAGACACGG UCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUAGGG AAUCUUCCGC AAUGGGCGAA AGCCUGACGG AGCAACGCCG CGUGAGUGAU GAAGGUCUUC GGAUCGUAAA ACUCUGUUAU UAGGGAAGAA CAUAUGUGUA AGUAACUGUG CACAUCUUGA CGGUACCUAA UCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAGCGUU AUCCGGAAUU AUUGGGCGUA AAGCGCGCGU AGGCGGUUUU UUAAGUCUGA UGUGAAAGCC CACGGCUCAA CCGUGGAGGG UCAUUGGAAA CUGGAAAACU UGAGUGCAGA AGAGGAAAGU GGAAUUCCAU GUGUAGCGGU GAAAUGCGCA GAGAUAUGGA GGAACACCAG UGGCGAAGGC GACUUUCUGG UCUGUAACUG ACGCUGAUGU GCGAAAGCGU GGGGAUCAAA CAGGAUUAGA UACCCUGGUA GUCCACGCCG UAAACGAUGA GUGCUAAGUG UUAGGGGGUU UCCGCCCCUU AGUGCUGCAG CUAACGCAUU AAGCACUCCG CCUGGGGAGU ACGACCGCAA GGUUGAAACU CAAAGGAAUU GACGGGGACC CGCACAAGCG GUGGAGCAUG UGGUUUAAUU CGAAGCAACG CGAAGAACCU UACCAAAUCU UGACAUCCUU UGACAACUCU AGAGAUAGAG CCUUCCCCUU CGGGGGACAA AGUGACAGGU GGUGCAUGGU UGUCGUCAGC UCGUGUCGUG AGAUGUUGGG UUAAGUCCCG CAACGAGCGC AACCCUUAAG CUUAGUUGCC AUCAUUAAGU UGGGCACUCU AAGUUGACUG CCGGUGACAA ACCGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGUCAAAUC AUCAUGCCCC UUAUGAUUUG GGCUACACAC GUGCUACAAU GGACAAUACA AAGGGCAGCG AAACCGCGAG GUCAAGCAAA UCCCAUAAAG UUGUUCUCAG UUCGGAUUGU AGUCUGCAAC UCGACUACAU GAAGCUGGAA UCGCUAGUAA UCGUAGAUCA GCAUGCUACG GUGAAUACGU UCCCGGGUCU UGUACACACC GCCCGUCACA CCACGAGAGU UUGUAACACC CGAAGCCGGU GGAGUAACCU UUUAGGAGCU AGCCGUCGAA GGUGGGACAA AUGAUUGGGG UGAAGUCGUA ACAAGGUAGC CGUAUCGGAA GGUGCGGCUG GAUCACCUCC UUUCU
分子量理論値: 502.975906 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #9: タンパク質, 30S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S2 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.136369 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, 30S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S3 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.143867 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #11: タンパク質, 30S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S4 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.051416 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #12: タンパク質, 30S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S5 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.770512 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #13: タンパク質, 30S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S6 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.613146 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #14: タンパク質, 30S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S7 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.826555 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #15: タンパク質, 30S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S8 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.854315 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #16: タンパク質, 30S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S9 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.856987 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #17: タンパク質, 30S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S10 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.598503 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #18: タンパク質, 30S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S11 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.907978 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #19: タンパク質, 30S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S12 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.32087 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #20: タンパク質, 30S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S13 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.747919 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #21: タンパク質, 30S ribosomal protein S14 type Z

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム / 組換発現: No
分子量理論値: 7.317769 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #22: タンパク質, 30S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S15 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.63433 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #23: タンパク質, 30S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S16 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.253886 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #24: タンパク質, 30S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S17 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.196888 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #25: タンパク質, 30S ribosomal protein S18

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S18 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.332018 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #26: タンパク質, 30S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S19 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.639309 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #27: タンパク質, 30S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S20 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.039472 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #28: タンパク質, 30S ribosomal protein S21

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S21 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.994267 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #29: タンパク質, Ribosome hibernation promoting factor

タンパク質名称: Ribosome hibernation promoting factor / 組換発現: No
分子量理論値: 22.244914 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #30: 核酸, 23S Ribosomal RNA

核酸名称: 23S Ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGUA AGUAAGCUUU GAUCCAGAGA UUUCCGAAUG GGGAAACCCA GCAUGAGUUA UGUCAUGUUA UCGAUAUGUG AAUACAUAGC AUAUCAGAAG GCACACCCGG AGAACUGAAA CAUCUUAGUA CCCGGAGGAA GAGAAAGAAA AUUCGAUUCC CUUAGUAGCG GCGAGCGAAA UGGGAAGAGC CCAAACCAAC AAGCUUGCUU GUUGGGGUUG UAGGACACUC UAUACGGAGU UACAAAGGAC GACAUUAGAC GAAUCAUCUG GAAAGAUGAA UCAAAGAAGG UAAUAAUCCU GUAGUCGAAA AUGUUGUCUC UCUUGAGUGG AUCCUGAGUA CGACGGAGCA CGUGAAAUUC CGUCGGAAUC UGGGAGGACC AUCUCCUAAG GCUAAAUACU CUCUAGUGAC CGAUAGUGAA CCAGUACCGU GAGGGAAAGG UGAAAAGCAC CCCGGAAGGG GAGUGAAAUA GAACCUGAAA CCGUGUGCUU ACAAGUAGUC AGAGCCCGUU AAUGGGUGAU GGCGUGCCUU UUGUAGAAUG AACCGGCGAG UUACGAUUUG AUGCAAGGUU AAGCAGUAAA UGUGGAGCCG UAGCGAAAGC GAGUCUGAAU AGGGCGUUUA GUAUUUGGUC GUAGACCCGA AACCAGGUGA UCUACCCUUG GUCAGGUUGA AGUUCAGGUA ACACUGAAUG GAGGACCGAA CCGACUUACG UUGAAAAGUG AGCGGAUGAA CUGAGGGUAG CGGAGAAAUU CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGUG AUGAUUAUUG GAGGUAGAGC ACUGUUUGGA CGAGGGGCCC CUCUCGGGUU ACCGAAUUCA GACAAACUCC GAAUGCCAAU UAAUUUAACU UGGGAGUCAG AACAUGGGUG AUAAGGUCCG UGUUCGAAAG GGAAACAGCC CAGACCACCA GCUAAGGUCC CAAAAUAUAU GUUAAGUGGA AAAGGAUGUG GCGUUGCCCA GACAACUAGG AUGUUGGCUU AGAAGCAGCC AUCAUUUAAA GAGUGCGUAA UAGCUCACUA GUCGAGUGAC ACUGCGCCGA AAAUGUACCG GGGCUAAACA UAUUACCGAA GCUGUGGAUU GUCCUUUGGA CAAUGGUAGG AGAGCGUUCU AAGGGCGUUG AAGCAUGAUC GUAAGGACAU GUGGAGCGCU UAGAAGUGAG AAUGCCGGUG UGAGUAGCGA AAGACGGGUG AGAAUCCCGU CCACCGAUUG ACUAAGGUUU CCAGAGGAAG GCUCGUCCGC UCUGGGUUAG UCGGGUCCUA AGCUGAGGCC GACAGGCGUA GGCGAUGGAU AACAGGUUGA UAUUCCUGUA CCACCUAUAA UCGUUUUAAU CGAUGGGGGG ACGCAGUAGG AUAGGCGAAG CGUGCGAUUG GAUUGCACGU CUAAGCAGUA AGGCUGAGUA UUAGGCAAAU CCGGUACUCG UUAAGGCUGA GCUGUGAUGG GGAGAAGACA UUGUGUCUUC GAGUCGUUGA UUUCACACUG CCGAGAAAAG CCUCUAGAUA GAAAAUAGGU GCCCGUACCG CAAACCGACA CAGGUAGUCA AGAUGAGAAU UCUAAGGUGA GCGAGCGAAC UCUCGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGACCCC GUAACUUCGG GAGAAGGGGU GCUCUUUAGG GUUAACGCCC AGAAGAGCCG CAGUGAAUAG GCCCAAGCGA CUGUUUAUCA AAAACACAGG UCUCUGCUAA ACCGUAAGGU GAUGUAUAGG GGCUGACGCC UGCCCGGUGC UGGAAGGUUA AGAGGAGUGG UUAGCUUCUG CGAAGCUACG AAUCGAAGCC CCAGUAAACG GCGGCCGUAA CUAUAACGGU CCUAAGGUAG CGAAAUUCCU UGUCGGGUAA GUUCCGACCC GCACGAAAGG CGUAACGAUU UGGGCACUGU CUCAACGAGA GACUCGGUGA AAUCAUAGUA CCUGUGAAGA UGCAGGUUAC CCGCGACAGG ACGGAAAGAC CCCGUGGAGC UUUACUGUAG CCUGAUAUUG AAAUUCGGCA CAGCUUGUAC AGGAUAGGUA GGAGCCUUUG AAACGUGAGC GCUAGCUUAC GUGGAGGCGC UGGUGGGAUA CUACCCUAGC UGUGUUGGCU UUCUAACCCG CACCACUUAU CGUGGUGGGA GACAGUGUCA GGCGGGCAGU UUGACUGGGG CGGUCGCCUC CUAAAAGGUA ACGGAGGCGC UCAAAGGUUC CCUCAGAAUG GUUGGAAAUC AUUCAUAGAG UGUAAAGGCA UAAGGGAGCU UGACUGCGAG ACCUACAAGU CGAGCAGGGU CGAAAGACGG ACUUAGUGAU CCGGUGGUUC CGCAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGCUACCCC GGGGAUAACA GGCUUAUCUC CCCCAAGAGU UCACAUCGAC GGGGAGGUUU GGCACCUCGA UGUCGGCUCA UCGCAUCCUG GGGCUGUAGU CGGUCCCAAG GGUUGGGCUG UUCGCCCAUU AAAGCGGUAC GCGAGCUGGG UUCAGAACGU CGUGAGACAG UUCGGUCCCU AUCCGUCGUG GGCGUAGGAA AUUUGAGAGG AGCUGUCCUU AGUACGAGAG GACCGGGAUG GACAUACCUC UGGUGUACCA GUUGUCGUGC CAACGGCAUA GCUGGGUAGC UAUGUGUGGA CGGGAUAAGU GCUGAAAGCA UCUAAGCAUG AAGCCCCCCU CAAGAUGAGA UUUCCCAACU UCGGUUAUAA GAUCCCUCAA AGAUGAUGAG GUUAAUAGGU UCGAGGUGGA AGCAUGGUGA CAUGUGGAGC UGACGAAUAC UAAUCGAUCG AAGACUUAAU CAA
分子量理論値: 946.697625 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #31: 核酸, 5S Ribosomal RNA

核酸名称: 5S Ribosomal RNA / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGUCG AUGGUAGUCG AACUUACGUU CCGCUAGAGU AGAACGUUGC CAGGC
分子量理論値: 36.974945 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #32: タンパク質, 50S ribosomal protein L2

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L2 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.217164 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #33: タンパク質, 50S ribosomal protein L3

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L3 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.760256 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #34: タンパク質, 50S ribosomal protein L4

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L4 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.495697 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #35: タンパク質, 50S ribosomal protein L5

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L5 / 組換発現: No
分子量理論値: 20.296637 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #36: タンパク質, 50S ribosomal protein L6

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L6 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.81858 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #37: タンパク質, 50S ribosomal protein L13

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L13 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.359427 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #38: タンパク質, 50S ribosomal protein L14

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L14 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.157342 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #39: タンパク質, 50S ribosomal protein L15

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L15 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.62889 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #40: タンパク質, 50S ribosomal protein L16

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L16 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.274049 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #41: タンパク質, 50S ribosomal protein L17

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L17 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.771773 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #42: タンパク質, 50S ribosomal protein L18

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L18 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.124093 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #43: タンパク質, 50S ribosomal protein L19

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L19 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.392771 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #44: タンパク質, 50S ribosomal protein L20

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L20 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.720295 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #45: タンパク質, 50S ribosomal protein L21

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L21 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.354081 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #46: タンパク質, 50S ribosomal protein L22

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L22 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.857922 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #47: タンパク質, 50S ribosomal protein L23

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L23 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.625398 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #48: タンパク質, 50S ribosomal protein L24

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L24 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.561504 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #49: タンパク質, 50S ribosomal protein L25

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L25 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.810609 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #50: タンパク質, 50S ribosomal protein L27

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L27 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.334798 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #51: タンパク質, 50S ribosomal protein L28

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L28 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.995289 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #52: タンパク質, 50S ribosomal protein L29

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L29 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.5929 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #53: タンパク質, 50S ribosomal protein L30

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L30 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.565683 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #54: タンパク質, 50S ribosomal protein L31 type B

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L31 type Bリボソーム / 組換発現: No
分子量理論値: 9.737912 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #55: タンパク質, 50S ribosomal protein L32

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L32 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.500609 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #56: タンパク質, 50S ribosomal protein L33

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L33 / 組換発現: No
分子量理論値: 5.944937 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #57: タンパク質, 50S ribosomal protein L34

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L34 / 組換発現: No
分子量理論値: 5.454642 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #58: タンパク質, 50S ribosomal protein L35

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L35 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.722368 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #59: タンパク質, 50S ribosomal protein L36

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L36 / 組換発現: No
分子量理論値: 4.318422 kDa
由来生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
構成要素 #60: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 205 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2.3 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 224554
3次元再構成分解能: 2.9 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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