[日本語] English
万見
- EMDB-3628: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3628
タイトルRNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B
マップデータNon-B factor sharpened, locally filtered map
試料
  • 複合体: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B
    • 複合体: Paf1C
    • 複合体: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
    • 複合体: TFIIS
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Xu Y / Cramer P
資金援助 ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
European Research CouncilNo 693023 ドイツ
German Research FoundationSPP1935 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex.
著者: Youwei Xu / Carrie Bernecky / Chung-Tien Lee / Kerstin C Maier / Björn Schwalb / Dimitry Tegunov / Jürgen M Plitzko / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The conserved polymerase-associated factor 1 complex (Paf1C) plays multiple roles in chromatin transcription and genomic regulation. Paf1C comprises the five subunits Paf1, Leo1, Ctr9, Cdc73 and ...The conserved polymerase-associated factor 1 complex (Paf1C) plays multiple roles in chromatin transcription and genomic regulation. Paf1C comprises the five subunits Paf1, Leo1, Ctr9, Cdc73 and Rtf1, and binds to the RNA polymerase II (Pol II) transcription elongation complex (EC). Here we report the reconstitution of Paf1C from Saccharomyces cerevisiae, and a structural analysis of Paf1C bound to a Pol II EC containing the elongation factor TFIIS. Cryo-electron microscopy and crosslinking data reveal that Paf1C is highly mobile and extends over the outer Pol II surface from the Rpb2 to the Rpb3 subunit. The Paf1-Leo1 heterodimer and Cdc73 form opposite ends of Paf1C, whereas Ctr9 bridges between them. Consistent with the structural observations, the initiation factor TFIIF impairs Paf1C binding to Pol II, whereas the elongation factor TFIIS enhances it. We further show that Paf1C is globally required for normal mRNA transcription in yeast. These results provide a three-dimensional framework for further analysis of Paf1C function in transcription through chromatin.
履歴
登録2017年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月19日-
マップ公開2017年6月7日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3628.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-B factor sharpened, locally filtered map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.03488018 - 0.09223701
平均 (標準偏差)-0.00007515882 (±0.0043981983)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0350.092-0.000

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_3628_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_3628_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_3628_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B

全体名称: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B
要素
  • 複合体: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B
    • 複合体: Paf1C
    • 複合体: RNA polymerase IIRNAポリメラーゼII
    • 複合体: TFIIS

-
超分子 #1: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B

超分子名称: RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS-B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Elongation complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 900 KDa

-
超分子 #2: Paf1C

超分子名称: Paf1C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: Ctr9 C-terminal truncation
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 CodonPlus(DE3)RIL
分子量理論値: 340 KDa

-
超分子 #3: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: 12 subunits
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量実験値: 500 KDa

-
超分子 #4: TFIIS

超分子名称: TFIIS / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 詳細: TFIIS (D290A, E291A) inactive mutant
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 CodonPlus(DE3)RIL
分子量実験値: 35 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
2.0 mMDTTdithiothreitolジチオトレイトール
2.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.01 mMZnCl2zinc chloride
グリッドモデル: Quantifoil Cu R3.5/1 and Cu R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 4 micro-L of sample was placed onto Quantifoil Cu R3.5/1 and Cu R2/1 glow-discharged 200 mesh holey carbon grids, which were then blotted for 8.5 s with blot force 13 to remove the excess ...詳細: 4 micro-L of sample was placed onto Quantifoil Cu R3.5/1 and Cu R2/1 glow-discharged 200 mesh holey carbon grids, which were then blotted for 8.5 s with blot force 13 to remove the excess solution before they were flash-frozen in liquid ethane..
詳細Gradient fixation

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 37000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 595 / #0 - 平均露光時間: 0.4 sec. / #0 - 平均電子線量: 1.22 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 2146 / #1 - 平均露光時間: 0.4 sec. / #1 - 平均電子線量: 0.93 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 947597 / 詳細: total number of particles from two datasets
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3219


詳細: bovine Pol II elongation complex
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: RELION 1.4
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 詳細: RELION 1.4
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 54722
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る